AMBER力場
外觀
原作者 | Peter Kollman, David Case, Tom Cheatham, Ken Merz, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling, Ray Luo, Junmei Wang, Ross Walker |
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開發者 | UCSF |
首次發佈 | 2002年 |
程式語言 | C, C , Fortran 95 |
作業系統 | Windows, OS X, Linux, Unix, CNK |
平台 | x86, Nvidia GPU, Blue Gene |
文件大小 | 視情況 |
語言 | 英語 |
類型 | 分子動力學 |
許可協議 | Amber: 專有軟件 AmberTools: GPL, 公有領域, 其它開源軟件 |
網站 | ambermd |
AMBER力場是在生物大分子的模擬計算領域有着廣泛應用的一個分子力場。開發這個力場的是Peter Kollman課題組,最初AMBER力場是專門為了計算蛋白質和核酸體系而開發的,計算其力場參數的數據均來自實驗值,後來隨着AMBER力場的廣泛應用,包括Kollman在內的很多課題組對AMBER力場的內容不斷進行豐富,逐漸開發出了一個可以用於生物大分子、有機小分子和高分子模擬計算的力場體系。但是總體來講,AMBER力場的優勢在於對生物大分子的計算,其對小分子體系的計算結果常常不能令人滿意。
AMBER力場的勢能函數形勢較為簡單,所需參數不多,計算量也比較小,這是這個力場的一大特色,但也在一定程度上限制了這個力場的擴展性。本力場用諧振子模型計算鍵長伸縮能和鍵角彎轉能,用傅立葉級數的形式來描述二面角扭轉能,選用Lennard-Jones勢來模擬范德華力;用庫侖公式來描述靜電相互作用,其勢能表達式為[1]:
現在有很多主流計算軟件包應用了AMBER力場,其中除了Kollman課題組開發的AMBER軟件之外,還有Insight II、Sybyl、Cerius2、MOE和HyperChem等。
參見
[編輯]參考資料
[編輯]- ^ Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, Merz KM Jr, Ferguson DM, Spellmeyer DC, Fox T, Caldwell JW, Kollman PA. A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117: 5179–5197. doi:10.1021/ja00124a002.
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