PyMOL

PyMOL是一個開放原始碼，由用戶贊助的分子三維結構顯示軟件。由Warren Lyford DeLano編寫，並且由DeLano Scientific LLC將它商業化。DeLano Scientific LLC是一個私人的軟件公司，它致力於創造讓普遍的科學與教育社群都能取得的好用軟件工具。

PyMOL

PyMOL的使用介面：包括一個圖形顯示窗口和一個GUI窗口。
開發者	DeLano Scientific LLC
目前版本	1.0rev1（2007年7月31日）
原始碼庫	github.com/schrodinger/pymol-open-source
作業系統	Windows、各類Linux和Unix、OSX
類型	分子建模
許可協定	開放原始碼，用戶贊助
網站	pymol.sourceforge.net

PyMOL適用於創作高質素的小分子或是生物大分子（特別是蛋白質）的三維結構圖像。軟件的作者宣稱，在所有正式發表的科學文獻中的蛋白質結構圖像中，有四分之一是使用PyMOL來製作。

PyMOL是少數可以用在結構生物學領域的開放原始碼視覺化工具。

軟件以Py MOL命名：「Py」表示它是由一種電腦語言Python所衍生出來的，「MOL」表示它是用於顯示分子（英文為molecule）結構的軟件。

商業化舉措

自2006年8月1日起，DeLano Scientific對於事先編譯過的PyMOL執行程式（包括beta版）的取得採取限定下載的措施。 目前，完全無限制的可執行程式只有付費用戶可以取得。學生和教師可以通過一項聲明來取得教育版PyMOL以用於教學和其它受限制的領域。用戶還可以在一定時間內免費使用評估版本，以便於決定是否購買該軟件。

PyMOL的原始碼目前仍可以免費下載，供用戶編譯。對於Linux、Unix以及Mac OS X等作業系統，非付費用戶可以通過自行編譯原始碼來獲得PyMOL執行程式；而對於Windows的用戶，如果不安裝第三方軟件，則無法編譯原始碼。這表示使用Windows的用戶取得新版PyMOL（PyMOL1.0及之後的版本）執行程式的方式就是成為付費會員，或者使用第三方軟件（如Cygwin）進行編譯。

類似軟件

• VMD
• Gabedit
• Molden
• Moleke
• Molecular modelling
• Jmol
• RasMol
• WHAT IF software
• Cn3D

外部連結

• PyMOL首頁（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
• PyMOL Wiki（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
• DeLano Scientific LLC（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
• Protein alignment program coupled with PyMOL（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
• Molecular movie-making with PyMOL