Aidan Quinn voit le jour le 8 mars 1959 dans l’Illinois aux États-Unis. Passionné par le monde du cinéma depuis toujours, il démarre sa carrière en 1984 avec le film Reckless.
L’année suivante, il se fait remarquer en jouant l’amoureux de Rosanna Arquette dans Recherche Susan désespérément et en décrochant sa première nomination pour un Emmy Award avec le téléfilm Un printemps de glace. Grâce à ces projets, il décroche le rôle du frère de Robert de Niro dans le film The Mission. Pendant un temps, la Paramount pense à lui pour jouer Jesus dans La dernière tentation du Christ, mais il perd le rôle lorsque le projet termine chez Universal.
S’il ne décroche jamais de grand rôle au cinéma et à la télévision, il réussit à se faire une place, multipliant les projets sans grande difficulté. Il joue ainsi l’officier Gary Hallet, un jeune policier qui fait chavirer le cœur de Sandra Bullock dans Les Ensorceleuses en 1998. Après divers séries et téléfilms, il est à nouveau nommé pour un Emmy Award pour le téléfilm Bury My Heart at Wounded Knee. Quelques années plus tard, il décroche le rôle récurrent du Capitaine Gregson dans la série Elementary, une adaptation libre des aventures de Sherlock Holmes.
Côté vie privée, il est marié depuis 1987 avec l’actrice Elizabeth Bracco. Ensemble, ils ont deux filles : Mia et Ava.