خودمختار کلیسیا یا کانگریگیشنل چرچ (انگریزی: Congregationalism) ایک پروٹسٹنٹ، اصلاح شدہ (کالوینیت) روایت ہے جس میں کلیسیا اجتماعی حکومت پر عمل کرتے ہیں۔ جہاں ہر جماعت آزادانہ اور خود مختار طور پر اپنے معاملات چلاتی ہے۔
