Сем Фішер може більше не ховатися по укриттях, а брати участь в повномасштабну війну. Проте, звичну манеру проходження ніхто не відміняв — при бажанні гравець може проходити місії «непомітно»[2].
Всього в грі присутні три стилю проходження: «привид» (потайне проходження з можливістю несмертельно нейтралізувати ворогів), «пантера» (потайне проходження з усуненням ворогів) і «штурм» (пряме зіткнення)[3].
Після подій Conviction проходить 6 місяців. «Третій ешелон» був розформований.
Терористична організація «Інженери» пригрозила США влаштувати серію терактів, іменовану «Чорним списком», якщо США не виведуть свої війська зі всіх закордонних баз. Президент США особисто звертається до Сема Фішера за допомогою і створює «Четвертий ешелон», який очолює сам Фішер, а його помічником стає стара бойова подруга — Ганна Грімсдоттір. Президент повідомляє Сему, що це найстрашніша загроза в історії США і дає йому «П'яту свободу», свободу захищати перші чотири волі.
