JARID2

JARID2
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 5HYN
Ідентифікатори
Символи	JARID2, JMJ, jumonji and AT-rich interaction domain containing 2
Зовнішні ІД	OMIM: 601863 MGI: 104813 HomoloGene: 31279 GeneCards: JARID2
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin binding • histone demethylase activity • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • transcription factor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • methylated histone binding • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity Клітинна компонента • ESC/E(Z) complex • нуклеоплазма • клітинне ядро • histone methyltransferase complex • мітохондрія Біологічний процес • диференціація клітин • negative regulation of histone methylation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • thymus development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • spleen development • transcription, DNA-templated • stem cell differentiation • multicellular organism development • central nervous system development • negative regulation of gene expression, epigenetic • regulation of cell population proliferation • liver development • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of cell population proliferation • positive regulation of histone H3-K9 methylation • negative regulation of cardiac muscle hypertrophy • cellular response to leukemia inhibitory factor • negative regulation of cardiac muscle cell proliferation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • histone demethylation • ремоделювання хроматину • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	3720	16468
Ensembl	ENSG00000008083	ENSMUSG00000038518
UniProt	Q92833	Q62315
RefSeq (мРНК)	NM_001267040 NM_004973	NM_001205043 NM_001205044 NM_021878 NM_001360281
RefSeq (білок)	NP_001253969 NP_004964	NP_001191972 NP_001191973 NP_068678 NP_001347210
Локус (UCSC)	Хр. 6: 15.25 – 15.52 Mb	Хр. 13: 44.88 – 45.08 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

JARID2 (англ. Jumonji and AT-rich interaction domain containing 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 246 амінокислот, а молекулярна маса — 138 734.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSKERPKRNI		IQKKYDDSDG		IPWSEERVVR		KVLYLSLKEF		KNSQKRQHAE
GIAGSLKTVN		GLLGNDQSKG		LGPASEQSEN		EKDDASQVSS		TSNDVSSSDF
EEGPSRKRPR		LQAQRKFAQS		QPNSPSTTPV		KIVEPLLPPP		ATQISDLSKR
KPKTEDFLTF		LCLRGSPALP		NSMVYFGSSQ		DEEEVEEEDD		ETEDVKTATN
NASSSCQSTP		RKGKTHKHVH		NGHVFNGSSR		STREKEPVQK		HKSKEATPAK
EKHSDHRADS		RREQASANHP		AAAPSTGSSA		KGLAATHHHP		PLHRSAQDLR
KQVSKVNGVT		RMSSLGAGVT		SAKKMREVRP		SPSKTVKYTA		TVTKGAVTYT
KAKRELVKDT		KPNHHKPSSA		VNHTISGKTE		SSNAKTRKQV		LSLGGASKST
GPAVNGLKVS		GRLNPKSCTK		EVGGRQLREG		LQLREGLRNS		KRRLEEAHQA
EKPQSPPKKM		KGAAGPAEGP		GKKAPAERGL		LNGHVKKEVP		ERSLERNRPK
RATAGKSTPG		RQAHGKADSA		SCENRSTSQP		ESVHKPQDSG		KAEKGGGKAG
WAAMDEIPVL		RPSAKEFHDP		LIYIESVRAQ		VEKFGMCRVI		PPPDWRPECK
LNDEMRFVTQ		IQHIHKLGRR		WGPNVQRLAC		IKKHLKSQGI		TMDELPLIGG
CELDLACFFR		LINEMGGMQQ		VTDLKKWNKL		ADMLRIPRTA		QDRLAKLQEA
YCQYLLSYDS		LSPEEHRRLE		KEVLMEKEIL		EKRKGPLEGH		TENDHHKFHP
LPRFEPKNGL		IHGVAPRNGF		RSKLKEVGQA		QLKTGRRRLF		AQEKEVVKEE
EEDKGVLNDF		HKCIYKGRSV		SLTTFYRTAR		NIMSMCFSKE		PAPAEIEQEY
WRLVEEKDCH		VAVHCGKVDT		NTHGSGFPVG		KSEPFSRHGW		NLTVLPNNTG
SILRHLGAVP		GVTIPWLNIG		MVFSTSCWSR		DQNHLPYIDY		LHTGADCIWY
CIPAEEENKL		EDVVHTLLQA		NGTPGLQMLE		SNVMISPEVL		CKEGIKVHRT
VQQSGQFVVC		FPGSFVSKVC		CGYSVSETVH		FATTQWTSMG		FETAKEMKRR
HIAKPFSMEK		LLYQIAQAEA		KKENGPTLST		ISALLDELRD		TELRQRRQLF
EAGLHSSARY		GSHDGSSTVA		DGKKKPRKWL		QLETSERRCQ		ICQHLCYLSM
VVQENENVVF		CLECALRHVE		KQKSCRGLKL		MYRYDEEQII		SLVNQICGKV
SGKNGSIENC		LSKPTPKRGP		RKRATVDVPP		SRLSASSSSK		SASSSS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, регуляторів хроматину, білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, диференціація клітин, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Див. також

• Хромосома 6