Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
HOXC9
Ідентифікатори
Символи
HOXC9 , HOX3, HOX3B, homeobox C9
Зовнішні ІД
OMIM : 142971 MGI: 96199 HomoloGene: 130558 GeneCards: HOXC9
Онтологія гена
Молекулярна функція
• sequence-specific DNA binding • DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• клітинне ядро • нуклеоплазма • aggresome
Біологічний процес
• embryonic skeletal system morphogenesis • multicellular organism development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • anterior/posterior pattern specification • embryonic skeletal system development • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1950094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 12: 53.99 – 54 Mb
Хр. 15: 102.88 – 102.89 Mb
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
HOXC9 (англ. Homeobox C9 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.[ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 260 амінокислот , а молекулярна маса — 29 248[ 4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MSATGPISNY YVDSLISHDN EDLLASRFPA TGAHPAAARP SGLVPDCSDF
PSCSFAPKPA VFSTSWAPVP SQSSVVYHPY GPQPHLGADT RYMRTWLEPL
SGAVSFPSFP AGGRHYALKP DAYPGRRADC GPGEGRSYPD YMYGSPGELR
DRAPQTLPSP EADALAGSKH KEEKADLDPS NPVANWIHAR STRKKRCPYT
KYQTLELEKE FLFNMYLTRD RRYEVARVLN LTERQVKIWF QNRRMKMKKM
NKEKTDKEQS
Кодований геном білок за функціями належить до білків розвитку , фосфопротеїнів .
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція , регуляція транскрипції .
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у ядрі .
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI :10.1101/gr.2596504
Zhou B., Liu C., Xu Z., Zhu G. (2012). Structural basis for homeodomain recognition by the cell-cycle regulator Geminin. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A . 109 : 8931—8936. PMID 22615398 DOI :10.1073/pnas.1200874109
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші