HMGA1

HMGA1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2EZD, 2EZE, 2EZF, 2EZG
Ідентифікатори
Символи	HMGA1, HMG-R, HMGA1A, HMGIY, high mobility group AT-hook 1
Зовнішні ІД	OMIM: 600701 MGI: 96160 HomoloGene: 128226 GeneCards: HMGA1
Онтологія гена Молекулярна функція • retinoid X receptor binding • retinoic acid receptor binding • enzyme binding • peroxisome proliferator activated receptor binding • DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • nuclear receptor coactivator activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • chromatin binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity • transcription factor binding • DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity • GO:0001158 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001105 transcription coactivator activity • structural constituent of chromatin Клітинна компонента • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • senescence-associated heterochromatin focus • хромосома • focal adhesion • transcription regulator complex • Хроматин • RNA polymerase II transcription regulator complex Біологічний процес • negative regulation of cell population proliferation • oncogene-induced cell senescence • establishment of integrated proviral latency • nucleosome disassembly • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of cellular senescence • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • response to virus • DNA unwinding involved in DNA replication • transcription, DNA-templated • transcription by RNA polymerase II • nuclear transport • GO:0022415 viral process • base-excision repair • GO:0034622 protein-containing complex assembly Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	3159	15361
Ensembl	ENSG00000137309	ENSMUSG00000046711
UniProt	P17096	P17095
RefSeq (мРНК)	NM_002131 NM_145899 NM_145901 NM_145902 NM_145903 NM_145904 NM_145905 NM_001319077 NM_001319078 NM_001319079 NM_001319080 NM_001319081 NM_001319082	NM_001025427 NM_001039356 NM_001166535 NM_001166536 NM_001166537 NM_001166539 NM_001166540 NM_001166541 NM_001166542 NM_001166543 NM_001166544 NM_001166545 NM_001166546 NM_016660
RefSeq (білок)	NP_001306006 NP_001306007 NP_001306008 NP_001306009 NP_001306010 NP_001306011 NP_002122 NP_665906 NP_665908 NP_665909 NP_665910 NP_665912	NP_001159948 NP_001159949 NP_001020598 NP_001034445 NP_001160007 NP_001160008 NP_001160009 NP_001160011 NP_001160012 NP_001160013 NP_001160014 NP_001160015 NP_001160016 NP_001160017 NP_001160018 NP_057869
Локус (UCSC)	Хр. 6: 34.24 – 34.25 Mb	Хр. 17: 27.78 – 27.78 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

HMGA1 (англ. High mobility group AT-hook 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 107 амінокислот, а молекулярна маса — 11 676.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSESSSKSSQ		PLASKQEKDG		TEKRGRGRPR		KQPPVSPGTA		LVGSQKEPSE
VPTPKRPRGR		PKGSKNKGAA		KTRKTTTTPG		RKPRGRPKKL		EKEEEEGISQ
ESSEEEQ

A: Аланін
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
G: Гліцин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін

V: Валін

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус, транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі, хромосомах.

Література

• Eckner R., Birnstiel M.L. (1989). Cloning of cDNAs coding for human HMG I and HMG Y proteins: both are capable of binding to the octamer sequence motif. Nucleic Acids Res. 17: 8637—5959. PMID 2505228 DOI:10.1093/nar/17.15.8637
• Johnson K.R., Lehn D.A., Reeves R. (1989). Alternative processing of mRNAs encoding mammalian chromosomal high-mobility-group proteins HMG-I and HMG-Y. Mol. Cell. Biol. 9: 2114—2123. PMID 2701943 DOI:10.1128/MCB.9.5.2114
• Friedmann M., Holth L.T., Zoghbi H.Y., Reeves R. (1993). Organization, inducible-expression and chromosome localization of the human HMG-I(Y) nonhistone protein gene. Nucleic Acids Res. 21: 4259—4267. PMID 8414980 DOI:10.1093/nar/21.18.4259
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Lund T., Dahl K.H., Mork E., Holtlund J., Laland S.G. (1987). The human chromosomal protein HMG I contains two identical palindrome amino acid sequences. Biochem. Biophys. Res. Commun. 146: 725—730. PMID 3619901 DOI:10.1016/0006-291X(87)90589-4
• Karlson J.R., Mork E., Holtlund J., Laland S.G., Lund T. (1989). The amino acid sequence of the chromosomal protein HMG-Y, its relation to HMG-I and possible domains for the preferential binding of the proteins to stretches of A-T base pairs. Biochem. Biophys. Res. Commun. 158: 646—651. PMID 2920035 DOI:10.1016/0006-291X(89)92770-8

Див. також

• Хромосома 6