COL18A1

COL18A1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1BNL, 3HON, 3HSH
Ідентифікатори
Символи	COL18A1, KNO, KNO1, KS, Collagen, type XVIII, alpha 1, collagen type XVIII alpha 1, collagen type XVIII alpha 1 chain, GLCC
Зовнішні ІД	OMIM: 120328 MGI: 88451 HomoloGene: 7673 GeneCards: COL18A1
Пов'язані генетичні захворювання
Knobloch syndrome
Реагує на сполуку
ocriplasmin
Онтологія гена Молекулярна функція • structural molecule activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • identical protein binding • extracellular matrix structural constituent • extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength Клітинна компонента • колаген • endoplasmic reticulum lumen • GO:0005578 Позаклітинна матриця • базальна мембрана • екзосома • міжклітинний простір • extracellular region • collagen-containing extracellular matrix Біологічний процес • positive regulation of cell migration • endothelial cell morphogenesis • response to hydrostatic pressure • extracellular matrix organization • positive regulation of endothelial cell apoptotic process • адгезія клітин • Ангіогенез • positive regulation of cell population proliferation • animal organ morphogenesis • collagen catabolic process • зір • negative regulation of cell population proliferation Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	80781	12822
Ensembl	ENSG00000182871	ENSMUSG00000001435
UniProt	P39060	P39061
RefSeq (мРНК)	NM_130445 NM_030582 NM_130444 NM_001379500	NM_001109991 NM_009929
RefSeq (білок)	NP_085059 NP_569711 NP_569712 NP_001366429	NP_001103461 NP_034059 NP_001393179 NP_001393180 NP_001393181 NP_001393182 NP_001393183 NP_001393184
Локус (UCSC)	Хр. 21: 45.41 – 45.51 Mb	Хр. 10: 76.89 – 77 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

COL18A1 (англ. Collagen type XVIII alpha 1 chain) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 21-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 754 амінокислот, а молекулярна маса — 178 188.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAPYPCGCHI		LLLLFCCLAA		ARANLLNLNW		LWFNNEDTSH		AATTIPEPQG
PLPVQPTADT		TTHVTPRNGS		TEPATAPGSP		EPPSELLEDG		QDTPTSAESP
DAPEENIAGV		GAEILNVAKG		IRSFVQLWND		TVPTESLARA		ETLVLETPVG
PLALAGPSST		PQENGTTLWP		SRGIPSSPGA		HTTEAGTLPA		PTPSPPSLGR
PWAPLTGPSV		PPPSSGRASL		SSLLGGAPPW		GSLQDPDSQG		LSPAAAAPSQ
QLQRPDVRLR		TPLLHPLVMG		SLGKHAAPSA		FSSGLPGALS		QVAVTTLTRD
SGAWVSHVAN		SVGPGLANNS		ALLGADPEAP		AGRCLPLPPS		LPVCGHLGIS
RFWLPNHLHH		ESGEQVRAGA		RAWGGLLQTH		CHPFLAWFFC		LLLVPPCGSV
PPPAPPPCCQ		FCEALQDACW		SRLGGGRLPV		ACASLPTQED		GYCVLIGPAA
ERISEEVGLL		QLLGDPPPQQ		VTQTDDPDVG		LAYVFGPDAN		SGQVARYHFP
SLFFRDFSLL		FHIRPATEGP		GVLFAITDSA		QAMVLLGVKL		SGVQDGHQDI
SLLYTEPGAG		QTHTAASFRL		PAFVGQWTHL		ALSVAGGFVA		LYVDCEEFQR
MPLARSSRGL		ELEPGAGLFV		AQAGGADPDK		FQGVIAELKV		RRDPQVSPMH
CLDEEGDDSD		GASGDSGSGL		GDARELLREE		TGAALKPRLP		APPPVTTPPL
AGGSSTEDSR		SEEVEEQTTV		ASLGAQTLPG		SDSVSTWDGS		VRTPGGRVKE
GGLKGQKGEP		GVPGPPGRAG		PPGSPCLPGP		PGLPCPVSPL		GPAGPALQTV
PGPQGPPGPP		GRDGTPGRDG		EPGDPGEDGK		PGDTGPQGFP		GTPGDVGPKG
DKGDPGVGER		GPPGPQGPPG		PPGPSFRHDK		LTFIDMEGSG		FGGDLEALRG
PRGFPGPPGP		PGVPGLPGEP		GRFGVNSSDV		PGPAGLPGVP		GREGPPGFPG
LPGPPGPPGR		EGPPGRTGQK		GSLGEAGAPG		HKGSKGAPGP		AGARGESGLA
GAPGPAGPPG		PPGPPGPPGP		GLPAGFDDME		GSGGPFWSTA		RSADGPQGPP
GLPGLKGDPG		VPGLPGAKGE		VGADGVPGFP		GLPGREGIAG		PQGPKGDRGS
RGEKGDPGKD		GVGQPGLPGP		PGPPGPVVYV		SEQDGSVLSV		PGPEGRPGFA
GFPGPAGPKG		NLGSKGERGS		PGPKGEKGEP		GSIFSPDGGA		LGPAQKGAKG
EPGFRGPPGP		YGRPGYKGEI		GFPGRPGRPG		MNGLKGEKGE		PGDASLGFGM
RGMPGPPGPP		GPPGPPGTPV		YDSNVFAESS		RPGPPGLPGN		QGPPGPKGAK
GEVGPPGPPG		QFPFDFLQLE		AEMKGEKGDR		GDAGQKGERG		EPGGGGFFGS
SLPGPPGPPG		PPGPRGYPGI		PGPKGESIRG		QPGPPGPQGP		PGIGYEGRQG
PPGPPGPPGP		PSFPGPHRQT		ISVPGPPGPP		GPPGPPGTMG		ASSGVRLWAT
RQAMLGQVHE		VPEGWLIFVA		EQEELYVRVQ		NGFRKVQLEA		RTPLPRGTDN
EVAALQPPVV		QLHDSNPYPR		REHPHPTARP		WRADDILASP		PRLPEPQPYP
GAPHHSSYVH		LRPARPTSPP		AHSHRDFQPV		LHLVALNSPL		SGGMRGIRGA
DFQCFQQARA		VGLAGTFRAF		LSSRLQDLYS		IVRRADRAAV		PIVNLKDELL
FPSWEALFSG		SEGPLKPGAR		IFSFDGKDVL		RHPTWPQKSV		WHGSDPNGRR
LTESYCETWR		TEAPSATGQA		SSLLGGRLLG		QSAASCHHAY		IVLCIENSFM
TASK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як клітинна адгезія, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у позаклітинному матриксі. Також секретований назовні.

Література

• Saarela J., Ylikarppa R., Rehn M., Purmonen S., Pihlajaniemi T. (1998). Complete primary structure of two variant forms of human type XVIII collagen and tissue-specific differences in the expression of the corresponding transcripts. Matrix Biol. 16: 319—328. PMID 9503365 DOI:10.1016/S0945-053X(98)95003-8
• Elamaa H., Snellman A., Rehn M., Autio-Harmainen H., Pihlajaniemi T. (2003). Characterization of the human type XVIII collagen gene and proteolytic processing and tissue location of the variant containing a frizzled motif. Matrix Biol. 22: 427—442. PMID 14614989 DOI:10.1016/S0945-053X(03)00073-8
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Feng Y., Cui L.B., Liu C.X., Ma Q.J. (2001). Inhibition effect in vitro of purified endostatin expressed in Pichia pastoris. Sheng Wu Gong Cheng Xue Bao. 17: 278—282. PMID 11517600

Див. також

• Хромосома 21