Serge Cluvarias, présentateur de cirque et sa petite amie, dresseuse de chevaux, dînent tranquillement au restaurant. Soudain, un inconnu déguisé en ninja abat l'homme et prend la fuite.
Jane et Lisbon partent pour une dangereuse mission à Beyrouth où ils doivent collaborer avec une adversaire qu'ils connaissent bien, la femme fatale Erica Flynn (vedette invitée récurrente Morena Baccarin), qui accepte d'aider le FBI à mettre le grappin sur son petit ami, messager pour des organisations terroristes, en échange d'une amnistie pour ses crimes passés.
Jack et son équipe recherchent une brillante mais complexe violoniste russe de 14 ans, Natasha Tzetcovich, qui a disparu après les répétitions pour un important concert.
McGarrett se trouve chez son coiffeur-barbier Odell lorsque tous deux voient débarquer un jeune homme blessé par balle. Témoin d'un meurtre, ce dernier est pourchassé par les auteurs, des membres d'un gang arménien, venus encercler et mitrailler l'échoppe. Ignorant tout de la situation, le 5-0 tente de disculper Jerry, accusé à tort de s'être introduit dans plusieurs domiciles.
Un mystérieux voleur d’organes prend soin d’appeler les secours après avoir amputé ses victimes. Toutes ont en commun avoir subi une greffe. Walter détecte grâce à l’autopsie des corps la présence d’un sérum qui ralentit considérablement la dégénérescence des cellules. De son côté, Olivia insiste pour reprendre du service et apprend que Peter entretenait une liaison avec son alter ego de l’autre monde.
