Flygbolaget grundades 1980 och startade sin verksamhet 1981 under namnet Interot Airways med inledningsvis med flyg från Augsburg till Düsseldorf. 1993 började bolaget flyga till europeiska semesterorter för researrangörer. 1994 startades den första internationella linjen till Florens. Samarbetet med Lufthansa inleddes 1996 vilket åtföljdes av ett namnbyte till Augsburg Airways. Från 1 juni2002 omstrukturerades verksamheten och 2003 blev det en del av Lufthansa Regional. Augsburg Airways köptes av Cirrus Airlines och ingår i Cirrus gruppen.