Rfam
| Kontent | |
|---|---|
| Opis | Rfam baza podataka sadrži modele poravnanja, konsenzusnih sekundarnnih struktura i kovarijansi RNK familija. |
| Tipovi podataka | RNK familije |
| Organizam | svi |
| Kontakt | |
| Istraživački centar | EBI |
| Primarni citat | PMID 23125362 |
| Pristup | |
| Format podataka | Stokholmski format |
| Veb stranica | Rfam |
| URL za preuzimanje | Rfam ftp |
| Alati | |
| Razno | |
| Licenca | Javno vlasništvo |
| Obeležavajuća etiketa | yes |
Rfam je baza podataka koja sadrži informacije o familijama nekodirajućih RNK (ncRNK) i drugih strukturnih RNK elemenata. Ona je anotirana baza podataka otvorenog pristupa koju je originalno razvio Wellcome Trust Sanger Institute u kolaboraciji sa Janelia Farm,[1][2][3][4] i koju trenutno održava Evropski bioinformatički institut.[5] Rfam je dizajnirana na sličan način sa Pfam bazom podataka za anotaciju proteinskih familija.
Za razliku od proteina, ncRNK sekvence često imaju slične sekundarne strukture, mada njihove primarne strukture nisu slične. Rfam deli ncRNK sekvence u familije na bazi evolucije iz zajedničlig pretka. Poravnavanja višestrukih sekvenci (MSA) tih familija može da pruži uvid u njihovou strukturu i funkciju, kao što je to slučaj sa proteinskim familijama. MSA su postale još korisnije dodatkom sekundarne strukture. Rfam istraživači takođe doprinose vikipedijinoj inicijativi: RNA WikiProject.[4][6]
Reference
[уреди | уреди извор]- ^ Griffiths-Jones S, Bateman A, Marshall M, Khanna A, Eddy SR (2003). „Rfam: an RNA family database”. Nucleic Acids Res. 31 (1): 439—41. PMC 165453
. PMID 12520045. doi:10.1093/nar/gkg006.
- ^ Griffiths-Jones S, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Eddy SR, Bateman A (2005). „Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes”. Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D121—4. PMC 540035 . PMID 15608160. doi:10.1093/nar/gki081.
- ^ Gardner PP, Daub J, Tate JG, et al. (2008). „Rfam: updates to the RNA families database”. Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D136. PMC 2686503 . PMID 18953034. doi:10.1093/nar/gkn766.
- ^ а б Gardner PP, Daub J, Tate J, Moore BL, Osuch IH, Griffiths-Jones S, Finn RD, Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR, Bateman A (2011). „Rfam: Wikipedia, clans and the "decimal" release.”. Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D141—5. PMC 3013711 . PMID 21062808. doi:10.1093/nar/gkq1129.
- ^ „Moving to xfam.org”. Xfam Blog. Pristupljeno 3. 5. 2014.
- ^ Daub J, Gardner PP, Tate J, et al. (2008). „The RNA WikiProject: Community annotation of RNA families”. RNA. 14 (12): 2462—4. PMC 2590952 . PMID 18945806. doi:10.1261/rna.1200508.