1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
|
###############################################################################
# OPTIONS DU PROGRAMME ########################################################
#Affichage du nombre d'occurrences pour chaque modele trouve
NB_OCCS=1
#Affichage des positions des occurrences de chaque modele trouve
AFF_OCCS=0
###############################################################################
#Compilateur :
CC=gcc
OPT=-Wall -ansi -O3
#OPT=-g
#definition des repertoires des arbres:
INCL_DIR=include/
OBJ_DIR=obj/
SRC_DIR=src/
LIB_DIR=lib/
BIN_DIR=bin/
# definition de repertoires de spell :
SPELL_INCL_DIR=Spell/include/
SPELL_SRC_DIR=Spell/src/
SPELL_OBJ_DIR=Spell/obj/
# Options de compilation :
C_FLAG= $(OPT) -I$(INCL_DIR) -I$(SPELL_INCL_DIR)
O_FLAG= -c $(OPT) -I$(INCL_DIR) -I$(SPELL_INCL_DIR) -DOCC=$(NB_OCCS) -DAFF_OCC=$(AFF_OCCS)
LIB_FLAG= -lm
# Nom du programme , de l'archive
PROG_NAME=x-smile_delta
ARCHIVE_NAME=x-smile_delta.tar.gz
#Objet ...
OBJ_FILE=$(OBJ_DIR)*.o $(SPELL_OBJ_DIR)*.o
TREE_OBJ=$(OBJ_DIR)global_fonctions.o $(OBJ_DIR)construction.o $(OBJ_DIR)liste_pos.o $(OBJ_DIR)allocateurs.o $(OBJ_DIR)bit_tab.o $(OBJ_DIR)libfasta.o $(OBJ_DIR)global_variables.o $(SPELL_OBJ_DIR)global.o $(SPELL_OBJ_DIR)criteres.o #$(OBJ_DIR)sub_suffix_tree.o
TREE_OBJ_DEB=$(OBJ_DIR)global_fonctions.o $(OBJ_DIR)construction.o $(OBJ_DIR)liste_pos2.o $(OBJ_DIR)allocateurs.o $(OBJ_DIR)bit_tab2.o $(OBJ_DIR)libfasta.o $(OBJ_DIR)global_variables.o $(SPELL_OBJ_DIR)global.o $(SPELL_OBJ_DIR)criteres.o $(OBJ_DIR)sub_suffix_tree.o
SPELL_OBJ=$(SPELL_OBJ_DIR)global.o $(SPELL_OBJ_DIR)pile_occ.o $(SPELL_OBJ_DIR)spell.o $(SPELL_OBJ_DIR)occ.o $(SPELL_OBJ_DIR)criteres.o $(SPELL_OBJ_DIR)barre.o $(SPELL_OBJ_DIR)alphabet.o $(SPELL_OBJ_DIR)model.o
all: $(BIN_DIR)$(PROG_NAME)
echo ALL!!!
debug: $(TREE_OBJ_DEB)
$(CC) $(C_FLAG) $(OBJ_FILE) -o $(BIN_DIR)$(PROG_NAME) $(LIB_FLAG)
$(BIN_DIR)$(PROG_NAME): $(TREE_OBJ) $(SPELL_OBJ)
$(CC) $(C_FLAG) $(OBJ_FILE) -o $(BIN_DIR)$(PROG_NAME) $(LIB_FLAG)
$(OBJ_DIR)sub_suffix_tree.o : $(SRC_DIR)sub_suffix_tree.c
$(CC) $(SRC_DIR)sub_suffix_tree.c -o $(OBJ_DIR)sub_suffix_tree.o $(O_FLAG)
$(OBJ_DIR)global_fonctions.o : $(INCL_DIR)global_fonctions.h $(SRC_DIR)global_fonctions.c
$(CC) $(SRC_DIR)global_fonctions.c -o $(OBJ_DIR)global_fonctions.o $(O_FLAG)
$(OBJ_DIR)construction.o : $(INCL_DIR)construction.h $(SRC_DIR)construction.c
$(CC) $(SRC_DIR)construction.c -o $(OBJ_DIR)construction.o $(O_FLAG)
$(OBJ_DIR)liste_pos.o : $(INCL_DIR)liste_pos.h $(SRC_DIR)liste_pos.c
$(CC) $(SRC_DIR)liste_pos.c -o $(OBJ_DIR)liste_pos.o $(O_FLAG)
$(OBJ_DIR)liste_pos2.o : $(INCL_DIR)liste_pos.h $(SRC_DIR)liste_pos2.c
$(CC) $(SRC_DIR)liste_pos2.c -o $(OBJ_DIR)liste_pos2.o $(O_FLAG)
$(OBJ_DIR)allocateurs.o : $(INCL_DIR)allocateurs.h $(SRC_DIR)allocateurs.c
$(CC) $(SRC_DIR)allocateurs.c -o $(OBJ_DIR)allocateurs.o $(O_FLAG)
$(OBJ_DIR)bit_tab.o : $(INCL_DIR)bit_tab.h $(SRC_DIR)bit_tab.c
$(CC) $(SRC_DIR)bit_tab.c -o $(OBJ_DIR)bit_tab.o $(O_FLAG)
$(OBJ_DIR)bit_tab2.o : $(INCL_DIR)bit_tab.h $(SRC_DIR)bit_tab2.c
$(CC) $(SRC_DIR)bit_tab2.c -o $(OBJ_DIR)bit_tab2.o $(O_FLAG)
$(OBJ_DIR)libfasta.o : $(INCL_DIR)libfasta.h $(SRC_DIR)libfasta.c
$(CC) $(SRC_DIR)libfasta.c -o $(OBJ_DIR)libfasta.o $(O_FLAG)
$(OBJ_DIR)global_variables.o : $(SRC_DIR)global_variables.c
$(CC) $(SRC_DIR)global_variables.c -o $(OBJ_DIR)global_variables.o $(O_FLAG)
#Dependance pour le programme spell :
$(SPELL_OBJ_DIR)global.o : $(SPELL_INCL_DIR)global.h $(SPELL_SRC_DIR)global.c
$(CC) $(SPELL_SRC_DIR)global.c -o $(SPELL_OBJ_DIR)global.o $(O_FLAG)
$(SPELL_OBJ_DIR)criteres.o : $(SPELL_INCL_DIR)criteres.h $(SPELL_SRC_DIR)criteres.c $(SPELL_INCL_DIR)global.h
$(CC) $(SPELL_SRC_DIR)criteres.c -o $(SPELL_OBJ_DIR)criteres.o $(O_FLAG)
$(SPELL_OBJ_DIR)pile_occ.o : $(SPELL_INCL_DIR)pile_occ.h $(SPELL_SRC_DIR)pile_occ.c $(SPELL_INCL_DIR)global.h
$(CC) $(SPELL_SRC_DIR)pile_occ.c -o $(SPELL_OBJ_DIR)pile_occ.o $(O_FLAG)
$(SPELL_OBJ_DIR)spell.o : $(SPELL_INCL_DIR)spell.h $(SPELL_SRC_DIR)spell.c $(SPELL_INCL_DIR)global.h $(SPELL_INCL_DIR)model.h
$(CC) $(SPELL_SRC_DIR)spell.c -o $(SPELL_OBJ_DIR)spell.o $(O_FLAG)
$(SPELL_OBJ_DIR)occ.o : $(SPELL_INCL_DIR)occ.h $(SPELL_SRC_DIR)occ.c
$(CC) $(SPELL_SRC_DIR)occ.c -o $(SPELL_OBJ_DIR)occ.o $(O_FLAG)
$(SPELL_OBJ_DIR)barre.o : $(SPELL_INCL_DIR)barre.h $(SPELL_SRC_DIR)barre.c
$(CC) $(SPELL_SRC_DIR)barre.c -o $(SPELL_OBJ_DIR)barre.o $(O_FLAG)
$(SPELL_OBJ_DIR)alphabet.o : $(SPELL_INCL_DIR)alphabet.h $(SPELL_SRC_DIR)alphabet.c
$(CC) $(SPELL_SRC_DIR)alphabet.c -o $(SPELL_OBJ_DIR)alphabet.o $(O_FLAG)
$(SPELL_OBJ_DIR)model.o : $(SPELL_INCL_DIR)model.h $(SPELL_SRC_DIR)model.c
$(CC) $(SPELL_SRC_DIR)model.c -o $(SPELL_OBJ_DIR)model.o $(O_FLAG)
clean: clean_emacs clean_obj
echo CLEAN OK!!!
clean_emacs:
find . -name "*~" -exec rm -f {} \;
clean_obj:
rm -f $(OBJ_DIR)*o $(SPELL_OBJ_DIR)*o
rm -f $(BIN_DIR)$(PROG_NAME)
clean_arch:
rm ./$(ARCHIVE_NAME)
tgz: clean
tar -zcvf $(ARCHIVE_NAME) ./*
depend:
makedepend -o.o $(SPELL_INCL_DIR)*.h $(INCL_DIR)*.h $(SPELL_SRC_DIR)*.c $(SRC_DIR)*.c -I$(INCL_DIR) -I$(SPELL_INCL_DIR)
DESTDIR=""
DESTLIBDIR=$(DESTDIR)/usr/lib/mlv-smile/
install: all
-mkdir -p $(DESTLIBDIR)/bin
cp $(BIN_DIR)$(PROG_NAME) $(DESTLIBDIR)/bin
# DO NOT DELETE
|
