Ribozom
Citoplazma je puna malih čestica, koje na prvi pogled izgledaju bezlično, koje se zovu ribozomi. Iako na prvi pogled izgledaju nebitno, imaju veoma važnu ulogu, a to je sinteza proteina. Ribozomi koji se nalazi u citoplazmičnom matriksu sintetišu proteine koji će da ostanu u ćeliji nakon sinteze, dok ribozomi koji su zakačeni za plazmatičnu membranu sintetišu proteine koji će nakon sinteze biti transportovani van ćelije. Ukoliko se ribozomi nalaze na površini endoplazmatičnog retikuluma, onda se on naziva hrapav ili granuliran. Oblik svakog novog sintetisanog proteina zavisi od sekvence amino kiselina. Posebni proteini, zvani molekularni pratioci, šaperoni, pomažu pri savijanju i uvijanju polinukleotidnog lanca koji se sastoji od velikog broja amino kiselina, i to uvijanje i savijanje lanca određuje oblika proteina.
Ribozomi prokariota su manji od ribozoma u eukariota. Oni se često nazivaju 70S ribozomima, i dimenzije su im oko od 14 nanometara sa 20 nanometara, i molekularnom težinom od 2.7 miliona, i sagrađeni su od podgrupa (subjedinica):velike (50S) i male (30S). S stoji za Svedbergovu jedinicu. Ova jedinica predstavlja koeficijent sedimentacije tokom centrifuge. Pibozomi eukariota su 80S i široki su oko 22 nanometara.
Sinteza proteina u ribozomima obavlja se kada se oni nakače na molekul informacione RNK (i-RNK). Ako se na jedan molekul i-RNK zakači veći broj ribozoma onda se obrazuju poliribozomi (odnosno polizomi).
Podaci o obliku i veličini ribozoma i njegovih subjedinica dobijeni su elektronskim mikroskopom. Oblik prokariotskih i eukariotskih ribozoma je veoma sličan. Kod prokariota mala subjedinica je spljopštena, izdužena i nesimetrična i podeljena je udubljenjem na glavu i telo, a velika se sastoji iz loptastog tela na kome su jasno izražena tri ispupčenja (produžetka). Ulogu u sintezi proteina povezivanju aminiokiselina u polipeptidni lanac ribozomi obavljaju samo ako su njihove subjedinice udružene i, istovremeno, ujedinjene sa molekulom informacione RNK (iRNK). Subjedinice se povezuju tako što se ostvaruje kontakt između udubljenja na maloj i centralnog produžetka na velikoj subjedinici. Pri ovakvom kontaktu obrazuje se slobodan prostor u vidu tunela kroz koji prolazi iRNK (informaciona RNK) za vreme translacije (prevođenje redosleda nukleotida iRNK u redosled aminokiselina u proteinu). Veći broj ribozoma može da se poveže jednim molekulom iRNK i tada se obrazuje struktura nazvana poliribozom (polizom). Kod eukariota se velike subjedinice unekoliko razlikuju od eukariotskih, mada treba napomenuti da detaljna struktura eukariotskih ribozoma još nije usvojena iako se smatra da je veoma slična prokariotskoj.
Dva veoma značajna mesta su ona za koja se vezuju transportne RNK (tRNK), to su P mesto (peptidil mesto) i A mesto (aminoacil tRNK mesto). P mesto je ono za koje se vezuje peptidiltRNK (tRNK koja nosi rastući polipeptidni lanac), a za A mesto se vezuje aminoaciltRNK (tRNK koja nosi aktiviranu aminokiselinu).
Transportna RNK ribozomima prinosi aminokiseline, koje se, u skladu sa redosledom zapisanom na iRNK, međusobno povezuju u polipeptidni lanac. Pošto su molekuli tRNK veliki u odnosu na ribozom, pretpostavlja se da ta mesta nisu negde u unutrašnjosti ribozoma već su na njegovoj površini u vidu udubljenjana. U A i P mestu tRNK su tako smeštene da su svojim antikodonima sparene sa naspramnim, komplementarnim kodonima u iRNK. Ova dva mesta su u neposrednoj blizini što omogućava da se dve tRNK svojim antikodonima vežu za susedne kodone iRNK, a istovremeno i da se dve amnokiseline približe dovoljno da bi se između njih obrazovala peptidna veza. Pored A i P mesta, na ribozomima postoji još jedno mesto, tzv. E mesto (od engl. exit), za koje se privremeno vezuje ona tRNK koja u datom trenutku napušta ribozom.
- BioNet škola Arhivirano 2009-06-18 na Wayback Machine-u
- 70S Ribosome Architecture Animation of a working ribosome Arhivirano 2001-07-27 na Archive.is-u. Requires the Chime browser plugin from this site Arhivirano 2006-03-20 na Wayback Machine-u (where registration is required).
- Lab computer simulates ribosome in motion
- Information on ribosomes Arhivirano 2006-10-27 na Wayback Machine-u
- Molecule of the Month Arhivirano 2009-10-27 na Wayback Machine-u © RCSB Protein Data Bank Arhivirano 2007-02-05 na Wayback Machine-u:
- Ribosome Arhivirano 2010-11-14 na Wayback Machine-u
- Elongation Factors Arhivirano 2011-03-16 na Wayback Machine-u
