После окончания карьеры Крупп был назначен ассистентом главного тренера молодёжной сборной, а в 2005-м — помощником наставника сборной Германии Грега Посса. В 2006 году Крупп возглавил сборную Германии — перед Олимпиадой в Турине, где сборная Германии заняла 10-е место. В том же году Крупп вернул сборную в группу А чемпионата мира. На Чемпионатах мира по хоккею с шайбой 2007 и 2008 команда становилась 9-й и 10-й соответственно. Однако на мировом первенстве-2009 в Швейцарии немцев ждал провал, они заняли лишь 15-е место и выбыли бы из группы сильнейших, если бы чемпионат мира-2010 не проходил бы в Германии. На Олимпийских играх в Ванкувере 2010 сборная Германии вновь заняла неутешительное для себя 11-е место. Руководством Хоккейного союза Германии, Круппу был предъявлен ультиматум вплоть до отставки с поста главного тренера команды с условием, что на домашнем чемпионате мира по хоккею 2010 г. сборная должна пробиться в четвертьфинал. В итоге сборная Германии пробилась не только в четвертьфинал, но и вышла в полуфинал и заняла четвёртое место. На следующем чемпионате Мира 2011, который проходил в Словакии, сборная Германии так же показала достойный результат. В своей группе заняла первое место выиграв все матчи (у сборной России 2:0, у Словакии 4:3 и Словении 3:2). В четвертьфинале команда уступила сборной Швеции 5:2 и заняла в итоге седьмое место. В 2011 году Уве Крупп и Федерация хоккея Германии не договорились о новом контракте. Крупп покинул свой пост и ушёл в клуб немецкой хоккейной лиги (DEL) Кёльнер Хайе на должность главного тренера и спортивного директора одновременно. В начале октября 2014 года весь тренерский состав клуба был отправлен в отставку. С декабря 2014 до лета 2018 года был главным тренером клуба «Айсберен Берлин». С лета 2018 до конца января 2020 года занимал должность главного тренера чешского клуба «Спарта Прага».