Software de alinhamento de sequências

Esta lista de software de alinhamento de sequências é uma compilação de ferramentas software e portais web usados em alinhamento de sequências de pares e alinhamento múltiplo de sequências. Ver software para alinhamento estrutural para alinhamento estrutural de proteínas.

Apenas pesquisas em bancos de dados

Nome	Descrição	Tipo de sequência*	Ligação
BLAST	Busca local de k-tuplas (Basic Local Alignment Search Tool)	Ambos	NCBI EBI DDBJ DDBJ (psi-blast) GenomeNet PIR (Apenas proteínas)
Extensão combinatória	Busca de alinhamento estrutural	Proteína	servidor
FASTA	Busca local de k-tuplas	Ambos	EBI DDBJ GenomeNet PIR (Apenas proteínas)
GGSEARCH / GLSEARCH	Alinhamento com estatística Global:Global (GG), Global:Local (GL)	Proteína	servidor FASTA
HMMER	Busca de perfis ocultos de Markov	Proteína/ADN	Descarregar (S. Eddy) DDBJ (HMMPFAM)
IDF	Inverse Document Frequency	Ambos	Descarregar
Infernal	Busca SCFG de perfil	ARN	Descarregar (S. Eddy)
SAM	Busca de perfis ocultos de Markov	Proteína/ADN	SAM (K. Karplus, A. Krogh)
SSEARCH	Busca Smith-Waterman (mais sensível que FASTA)	Ambos	servidor EBI DDBJ
SWIMM	Busca Smith-Waterman em arquiteturas multicore e manycore da Intel	Proteína	Descarregar (Rucci et al)
*Tipo de sequência: Proteína ou nucleotídeo

Alinhamento múltiplo de sequências

Nome	Descrição	Tipo de sequência*	Tipo de alinhamento Type**	Ligação	Autor	Ano
ABA	Alinhamento A-Bruijn	Proteína	Global	Descarregar	B.Raphael et al.	2004
ALE	Alinhamento manual; alguma assistência de software	Nucleotídeos	Local	Descarregar	J. Blandy y K. Fogel	1994 (última versão 2007)
AMAP	Annealing de sequências	Ambos	Global	servidor	A. Schwartz e L. Pachter	2006
BAli-Phy	Alinhamentos árvore multi; probabilísticos/bayesianos; joint estimation	Ambos	Global	WWW Descarregar	BD Redelings e MA Suchard	2005 (última versão 2013)
CHAOS/DIALIGN	Alinhamento iterativo	Ambos	Local (preferida)	servidor	M. Brudno e B. Morgenstern	2003
ClustalW	Alinhamento progressivo	Ambos	Local ou Global	Descarregar EBI DDBJ PBIL EMBNet GenomeNet	Thompson et al.	1994
CodonCode Aligner	Multi-alinhamento; suporte ClustalW e Phrap	Nucleotídeos	Local ou Global	Descarregar	P. Richterich et al.	2003 (última versão 2007)
DIALIGN-TX y DIALIGN-T	Método baseado em segmentos	Ambos	Local (preferida) ou Global	Descarregar e servidor	A.R.Subramanian	2005 (última versão 2008)
ADN Baser	Multi-alinhamento	Ambos	Local ou Global pós-processo	ADN Baser (comercial)[ligação inativa]	M. Gabriel	publicado em 2005
Ed'Nimbus	Seeded filtration	Nucleotídeos	Local	servidor	P. Peterlongo et al.	2006
Geneious	Alinhamento progressivo/iterativo; plugin para ClustalW	Ambos	Local ou Global	Descarregar	A.J. Drummond et al.	2005 / 2006
Kalign	Alinhamento progressivo	Ambos	Global	servidorEBI MPItoolkit	T. Lassmann	2005
MSA	Programação dinâmica	Ambos	Local ou Global	Descarregar	D.J. Lipman et al.	1989 (modificado 1995)
PRRN/PRRP	Alinhamento iterativo (especialmente refinamento)	Proteína	Local ou Global	PRRP PRRN	Y. Totoki (baseado em O. Gotoh)	1991 e posteriores
POA	Modelo oculto de Markov/ordem parcial	Proteína	Local ou Global	Descarregar	C. Lee	2002
SAM	Modelo oculto de Markov	Proteína	Local ou Global	servidor	A. Krogh et al.	1994 (versão mais recente 2002)
MAFFT	Alinhamento progressivo/iterativo	Ambos	Local ou Global	GenomeNet MAFFT[ligação inativa]	K. Katoh et al.	2005
MAVID	Alinhamento progressivo	Ambos	Global	servidor	N. Bray e L. Pachter	2004
MULTALIN	Programação dinâmica/clustering	Ambos	Local ou Global	servidor	F. Corpet	1988
Multi-LAGAN	Alinhamento progressivo por programação dinâmica	Ambos	Global	servidor	M. Brudno et al.	2003
MUSCLE	Alinhamento progressivo/iterativo	Ambos	Local ou Global	servidor	R. Edgar	2004
ProbCons	Probabilístico/consistência	Proteína	Local ou Global	servidor	C. Do et al.	2005
PSAlign	Alinhamento preservando não-heurística	Ambos	Local ou Global	Descarregar	S.H. Sze, Y. Lu, Q. Yang.	2006
SAGA	Alinhamento de sequências por algoritmo genético	Proteína	Local ou Global	Descarregar	C. Notredame et al.	1996 (nova versão 1998)
T-Coffee	Alinhamento progressivo mais sensível	Ambos	Local ou Global	servidor	C. Notredame et al.	2000
RevTrans	Combina ADN e alinhamento de proteínas, por tradução inversa de alinhamento de proteínas a ADN.	ADN/Proteína (especial)	Local ou Global	servidor	Wernersson e Pedersen	2003 (versão mais recente 2005)
*Tipo de sequência: Proteína ou nucleotídeo. **Tipo de alinhamento: Local ou global

Análise genômica

Nome	Descrição	Tipo de sequência*	Ligação
SLAM	Previsão de genes, alinhamento, anotação (identificação de homologia humano-rato)	Nucleotídeo	servidor
Mauve	Alinhamento múltiplo de genomas reorganizados	Nucleotídeo	decarregar
MGA	Alinhador múltiplo de genomas	Nucleotídeo	descarregar
Mulan	Alinhamentos múltiplos locais de sequências de tamanho genêmico	Nucleotídeo	servidor
Sequerome	Perfil de informação sobre alinhamento de sequências recorrendo aos principais servidores/serviços	Nucleotídeo/peptídeo	servidor
AVID	Alinhamento global por pares com genomas completos	Nucleotídeo	servidor
SIBsim4 / Sim4	Programa projetado para alinhar uma sequência expressa de ADN com uma sequência genômica, permitindo íntrons	Nucleotídeo	descarregar
Shuffle-LAGAN	Alinhamento glocal de pares de regiões de genoma completas	Nucleotídeo	servidor
ACT (Artemis Comparison Tool)	Sintenia e genômica comparativa	Nucleotídeo	servidor
*Tipo de sequência: Proteína ou nucleotídeo

Previsão de motivos

Nome	Descrição	Tipo de sequência*	Ligação
MEME/MAST	Busca descobrimento de motivos	Ambos	servidor
BLOCKS	Identificação de motivos sem jogos na base de dados BLOCKS	Ambos	servidor
eMOTIF	Extração e identificação de motivos curtos	Ambos	servidores
Gibbs motif sampler (Amostrador de motivos Gibbs)	Extração estocástica de motivos por probabilidade estadística	Ambos	servidor (uma das várias implementações)
TEIRESIAS	Extração de motivos e busca na base de dados	Ambos	servidor
PRATT	Geração de padrões para usar com ScanProsite	Proteína	servidor
ScanProsite	Ferramenta de busca de motivos na base de dados	Proteína	servidor
PHI-Blast	Busca de motivos e ferramenta de alinhamento	Ambos	servidor
I-sites	Biblioteca de motivos estruturais locais	Proteína	servidor
*Tipo de sequência: Proteína ou nucleotídeo