A Associação Joaçaba Esporte e Cultura foi criada em 31 de janeiro de 2001.[1] No entanto, o departamento de futsal foi estabilizado apenas no ano de 2012, por um grupo de ex-jogadores e empresários.[2] Em 2013, no primeiro ano de atividades do clube, a equipe sagrou-se campeã da Primeira Divisão do Campeonato Estadual de Futsal, equivalente a segunda divisão catarinense, e garantiu vaga na Divisão Especial do ano de 2014.[3]
Em outubro de 2016, foi confirmada a participação do Joaçaba Futsal na Liga Nacional de Futsal, a principal competição de futsal no Brasil, para a disputa da edição de 2017.[4] Em 2019, o Joaçaba Futsal conquistou a Divisão Especial do Campeonato Catarinense ao derrotar o Joinville na final por 3-2.[5]