A Copa Santa Catarina SICOOB 2019 será disputada em quatro fases. Na 1ª Fase – Inicial, onde as equipes se enfrentaram no sistema de pontos corridos em turno único. Os oito melhores colocados classificam-se à 2ª Fase – Quartas de Finais. A partir da 2ª Fase até definição do campeão os clubes se enfrentarão no sistema de confronto eliminatório, os populares mata-matas, em jogos de ida e volta.
Na 2ª Fase, o 1º colocado enfrentará o 4º colocado, e o 2º colocado encara o 3º colocado. Nos confrontos eliminatórios a equipe que somar mais pontos ao final do jogo de volta estará classificada, se houver empate em número de pontos, a equipe com melhor saldo de gols estará classificada, persistindo o empate no saldo de gols, a decisão do classificado será através da cobrança de pênaltis.
Em caso de empate por pontos entre dois ou mais clubes, os critérios de desempate são aplicados na seguinte ordem:
Número de vitórias;
Saldo de gols;
Gols pró;
Confronto direto;
Menor número de cartões vermelhos;
Menor número de cartões amarelos;
Sorteio.
Com relação ao quarto critério (confronto direto), considera-se o resultado dos jogos somados, ou seja, o resultado de 180 minutos. Permanecendo o empate, o desempate se dará pelo maior número de gols marcados no campo do adversário. O quarto critério não será considerado no caso de empate entre mais de dois clubes.