Fundado em 1 de Janeiro de 1940, o Guarany era composto por jovens daquela época tendo como um dos seus fundadores o Sr. Maneca Ciriaca.
Defendendo as cores verde e branca, foi o primeiro time de Porto da Folha a ser constituído por uma direção e por um quadro de sócios. O estatuto do clube foi feito em 1979 pelo então presidente Genildo que era atleta do clube e filho de seu Maneca Siriaca. O clube foi profissionalizado em 1988 ano que foi Campeão Sergipano da Segunda Divisão na época administrado por Luiz Gonçalves Lima (Luiz Negrinho).
A Associação Atlética Guarany, como é oficialmente conhecida, já teve vários momentos difíceis como qualquer outro clube do interior sergipano, mas um dos momentos mais difíceis foi quando um ex-funcionário recorreu à justiça para receber seus vencimentos atrasados e como o clube não tinha condições de efetuar o pagamento, teve pela justiça seus bens penhorados para quitar o pagamento com o referido funcionário.
Na época a direção convocou a sociedade portofolhense e os torcedores do clube, sendo criado o Título de Sócio Proprietário onde cada torcedor teria uma parte do patrimônio do clube. Foram vendidos vários títulos do terreno que hoje é a sede social do clube, sendo cadastrados em torno de 100 torcedores proprietários, de modo que a dívida foi paga e hoje a sede do clube ainda existe, só que seus proprietários são os próprios sócios do clube. Um dos fundadores do clube recreativo do Guarany foi o Sr. Ivo Barros.
O Guarany começou a participar do Campeonato Sergipano da Segunda Divisão na década de 80 onde, com atletas da própria cidade e das cidades vizinhas, foi Campeão da Segunda Divisão. Em 2009, o clube disputou a Primeira Divisão do Campeonato Sergipano de Futebol, se mantendo na mesma até hoje.