W lidze wystąpiły 22 zespoły, które walczyły o awans do Ekstraklasy. Drużyny zostały podzielone na dwie grupy. Decydującym kryterium przy podziale było położenie geograficzne.
W sezonie 2008/2009 drużyny obu grup miały do rozegrania 22 kolejki ligowe po 5 meczów (razem 110 spotkań). W obu grupach w każdej kolejce jedna z drużyn pauzowała. Inauguracja rozgrywek miała miejsce 27 września2008 roku.
Zwycięstwo w końcowej tabeli każdej z grup premiowane było awansem do ekstraklasy. Drużyny z drugich miejsc rozgrywać miały mecze barażowe o awans z drużynami ekstraklasy z miejsc 9-10. Natomiast zespoły z czterech ostatnich miejsc w każdej z grup (w praktyce z trzech ostatnich miejsc, gdyż w lidze początkowo występować miało 12 zespołów w każdej grupie) miały zostać zdegradowane do II ligi. W trakcie sezonu na skutek nie uznania przez Komisję Futsalu rozgrywek w grupie podkarpackiej II ligi, zdecydowano, że z ligi spadną po trzy ostatnie zespoły z każdej z grup (w praktyce – dwa).
Drużyna Kanglida Gorzów Wlkp. po pierwszej rundzie jesiennej wycofała się z rozgrywek. Decyzją Komisji Futsalu drużyna ta została automatycznie przesunięta na ostatnią pozycję w tabeli, niezależnie od ilości zdobytych punktów, a w pozostałych do końca sezonu spotkaniach przyznawano walkowery rywalom.
