Пакунок: yanosim (0.1-3)

Links for yanosim

Debian Resources:

Download Source Package yanosim:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

read simulator nanopore DRS datasets

Yanosim has three options:

1. yanosim model:

   Creates an model of mismatches, insertions and deletions
   based on an alignment of nanopore DRS reads to a
   reference. Reads should be aligned to a transcriptome
   i.e. without spliced alignment, using minimap2. They
   should have the cs tag.

2. yanosim quantify:

   Quantify the number of reads mapping to each
   transcript in a reference, so that the right number
   of reads can be simulated.

3. yanosim simulate:

   Given a model created using yanosim model, and
   per-transcript read counts created using yanosim
   simulate, simulate error-prone long-reads from the
   given fasta file.

Інші пакунки пов'язані з yanosim

depends

recommends

suggests

enhances

dep: python3

Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)
dep: python3-click

Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
dep: python3-numpy

Швидкі методи для роботи з числовими масивами для мови Python 3
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-scipy

scientific tools for Python 3

Завантажити yanosim

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	9.1 kB	45.0 kB	[список файлів]
arm64	9.1 kB	45.0 kB	[список файлів]
armel	9.1 kB	45.0 kB	[список файлів]
armhf	9.1 kB	45.0 kB	[список файлів]
i386	9.1 kB	45.0 kB	[список файлів]
mips64el	9.1 kB	45.0 kB	[список файлів]
mipsel	9.1 kB	45.0 kB	[список файлів]
ppc64el	9.1 kB	45.0 kB	[список файлів]