Balík: alien-hunter (1.7-10)

Odkazy pre alien-hunter

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík alien-hunter:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [www.sanger.ac.uk]

Podobné balíky:

Interpolated Variable Order Motifs na identifikáciu DNA získanej horizontálnym prenosom

Alien_hunter je aplikácia na predpovedanie predpokladaných udalostí horizontálneho prenosu génov (HGT) s implementáciou Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs). Prístup IVOM využíva kompozičné sklony pomcou rozdelení motívov s variabilným poradím a spoľahlivejšie zachytáva lokálnu kompozíciu sekvencie v porovnaní s metódami s pevným poradím. Voliteľne je možné predpovede spracovať do dvojstavového skrytého markovovho modelu (HMM) druhého rádu na báze detekcie bodu zmeny za účelom optimalizácie lokalizáie hraníc predpovedaných oblastí. Predpovede (vo formáte embl) je možné automaticky načítať do prehliadača genómu Artemis, ktorý je voľne dostupný na adrese http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/

Značky: Pole: Biológia, Structural Biology, Implementované v: implemented-in::java, implemented-in::perl, User Interface: Príkazový riadok, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Analyzovanie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom alien-hunter

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libbiojava-java (>= 1:1.9.5 dfsg)

Java API to biological data and applications (default version)
dep: libbytecode-java

Java bytecode manipulation library
dep: libcommons-cli-java

knižnica na spracovanie argumentov a volieb príkazového riadka
dep: libcommons-collections3-java

Apache Commons Collections - rozšírené API Collections pre Javu
dep: libcommons-dbcp-java

služby DBCP (Database Connection Pooling)
dep: libcommons-pool-java

implementácia fondu spojení pre objekty Java

sug: bioperl

nástroje jazyka Perl na výpočtovú molekulárnu biológiu

Stiahnuť alien-hunter

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
all	27.8 kB	113.0 kB	[zoznam súborov]