Balík: ea-utils (1.1.2 dfsg-9 a iné)

Odkazy pre ea-utils

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík ea-utils:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [expressionanalysis.github.io]

Podobné balíky:

command-line tools for processing biological sequencing data

Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc.

Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with any FASTQs.

Main Tools are:

 * fastq-mcf

Scans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold, determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does skewing detection and quality filtering.

 * fastq-multx

Demultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not.

 * fastq-join

Similar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for anchored alignment" as other tools.

 * varcall

Takes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner than some other tools.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom ea-utils

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libc6 (>= 2.34)

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, i386, mipsel]

podporná knižnica GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

GNU Scientific Library (GSL) - balík knižnice
dep: libstdc 6 (>= 11)

štandardná knižnica C GNU v3
dep: r-base-core

jadro GNU R na štatistické výpočty a grafický systém
dep: r-cran-formula

balík GNU R vzorcov rozšírených modelov
dep: r-cran-getopt

GNU R package providing command-line parsing functionality
dep: r-cran-ggplot2

implementácia Gramatiky grafiky
dep: r-cran-hmisc

rozličné funkcie pre GNU R, ktoré napísal Frank Harrell
dep: r-cran-lattice

balík GNU R pre grafiku „Trellis“
dep: r-cran-survival

balík GNU R na analýzu prežitia
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

komprimačná knižnica - dynamická verzia

rec: med-config (>= 2.1)

Debian Med general config package

Stiahnuť ea-utils

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	1.1.2 dfsg-9 b2	230.6 kB	747.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.1.2 dfsg-9 b2	208.9 kB	1,003.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1.1.2 dfsg-9 b2	208.8 kB	996.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.1.2 dfsg-9 b2	205.7 kB	740.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.1.2 dfsg-9 b2	242.5 kB	760.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.1.2 dfsg-9 b2	229.8 kB	1,094.0 kB	[zoznam súborov]
mipsel	1.1.2 dfsg-9 b2	233.5 kB	1,084.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.1.2 dfsg-9 b2	241.5 kB	1,323.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.1.2 dfsg-9 b2	212.0 kB	747.0 kB	[zoznam súborov]