Пакет: freecontact (1.0.21-14)
Ссылки для freecontact
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код freecontact:
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [rostlab.org]
Подобные пакеты:
fast protein contact predictor
FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).
FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.
A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.
jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.
This package contains the command line tool freecontact(1).
Другие пакеты, относящиеся к freecontact
|
|
|
|
-
- dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)
- program options library for C
-
- dep: libc6 (>= 2.38)
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21)
- fast protein contact predictor library
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libstdc 6 (>= 14)
- стандартная библиотека GNU C версии 3
-
- dep: libxerces-c3.2t64
- validating XML parser library for C
-
- dep: perl
- практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
-
- sug: bash-completion
- программируемое дополнение ввода для оболочки командной строки bash
-
- sug: hhsuite
- sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment
-
- sug: hmmer
- profile hidden Markov models for protein sequence analysis
Загрузка freecontact
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| s390x | 345,7 Кб | 1 778,0 Кб | [список файлов] |