Пакет: spades (4.0.0 dfsg1-1)

Ссылки для spades

Ресурсы Debian:

Исходный код spades:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

Экспериментальный пакет

Предупреждение: данный пакет находится в экспериментальной ветке дистрибутива. Это означает, что он нестабилен или содержит ошибки, и даже может вызвать потерю данных. Перед использованием внимательно прочитайте файл changelog и другую доступную документацию.

genome assembler for single-cell and isolates data sets

The SPAdes – St. Petersburg genome assembler is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads.

This package provides the following additional pipelines:

 * metaSPAdes – a pipeline for metagenomic data sets
 * plasmidSPAdes – a pipeline for extracting and assembling plasmids
   from WGS data sets
 * metaplasmidSPAdes – a pipeline for extracting and assembling
   plasmids from metagenomic data sets
 * rnaSPAdes – a de novo transcriptome assembler from RNA-Seq data
 * truSPAdes – a module for TruSeq barcode assembly
 * biosyntheticSPAdes – a module for biosynthetic gene cluster
   assembly with paired-end reads

SPAdes provides several stand-alone binaries with relatively simple command-line interface: k-mer counting (spades-kmercounter), assembly graph construction (spades-gbuilder) and long read to graph aligner (spades-gmapper).

Теги: Биология: Нуклеиновые кислоты, Область: Биология, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c , Реализовано на: Python, Пользовательский интерфейс: interface::commandline, role::program, Область: Утилита, Работает с: works-with::biological-sequence, works-with::file

Другие пакеты, относящиеся к spades

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: bamtools

toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: bwa

Burrows-Wheeler Aligner
dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2 dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.38)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

nonlinear optimization library
dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.5)

SIMD partial order alignment library
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc 6 (>= 14)

стандартная библиотека GNU C версии 3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-joblib

tools to provide lightweight pipelining in Python
dep: python3-packaging

core utilities for python3 packages
dep: python3-yaml

YAML parser and emitter for Python3
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

библиотека сжатия

Загрузка spades

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	7 872,8 Кб	46 657,0 Кб	[список файлов]