Пакет: freecontact (1.0.21-9)

Ссылки для freecontact

Ресурсы Debian:

Исходный код freecontact:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [rostlab.org]

Подобные пакеты:

fast protein contact predictor

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the command line tool freecontact(1).

Другие пакеты, относящиеся к freecontact

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

program options library for C
dep: libc6 (>= 2.7)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21)

fast protein contact predictor library
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

вспомогательная библиотека GCC
dep: libstdc 6 (>= 9)

стандартная библиотека GNU C версии 3
dep: libxerces-c3.2

validating XML parser library for C
dep: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

sug: bash-completion

программируемое дополнение ввода для оболочки командной строки bash
sug: hhsuite

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment
sug: hmmer

profile hidden Markov models for protein sequence analysis

Загрузка freecontact

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
s390x	327,9 Кб	1 765,0 Кб	[список файлов]