Пакет: hisat2 (2.2.1-2 и другие)

Ссылки для hisat2

Ресурсы Debian:

Исходный код hisat2:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [daehwankimlab.github.io]

Подобные пакеты:

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2 uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome (each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes needed to cover the human population). These small indexes (called local indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a Hierarchical Graph FM index (HGFM).

Другие пакеты, относящиеся к hisat2

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

вспомогательная библиотека GCC
dep: libstdc 6 (>= 9)

стандартная библиотека GNU C версии 3
dep: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

rec: bcftools

genomic variant calling and manipulation of VCF/BCF files
rec: python3-hisat2

Python scripts accompanying hisat2
rec: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Загрузка hisat2

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
armel	2.2.1-2 b3	3 282,8 Кб	12 932,0 Кб	[список файлов]