Pakiet: stacks (2.68 dfsg-1)

Odnośniki dla stacks

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego stacks:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [creskolab.uoregon.edu]

Podobne pakiety:

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Inne pakiety związane z stacks

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: bsdextrautils

Dodatkowe narzędzia z 4.4BSD-Lite
dep: libc6 (>= 2.38)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libdbi-perl

Interfejs bazodanowy Perl (DBI)
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc 6 (>= 14)

Standardowa biblioteka GNU C , wersja 3
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
dep: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

module to create Excel spreadsheets
rec: littler

GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
również pakiet wirtualny udostępniany przez r-cran-littler

sug: gdb

GNU Debugger
również pakiet wirtualny udostępniany przez gdb-minimal

Pobieranie stacks

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
s390x	1 156,0 KiB	6 289,0 KiB	[lista plików]