Pakiet: cufflinks (2.2.1 dfsg.1-10) [non-free]

Odnośniki dla cufflinks

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego cufflinks:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [cufflinks.cbcb.umd.edu]

Podobne pakiety:

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e. compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and gtf_to_sam.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c , Rola: Program, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z cufflinks

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

serialization library for C
dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

portable C multi-threading
dep: libc6 (>= 2.38)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.1)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libstdc 6 (>= 14)

Standardowa biblioteka GNU C , wersja 3
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

rec: gffread

Konwertowanie formatu GFF/GTF, filtrowanie regionów, ekstrakcja sekwencji FASTA

enh: tophat

Pakiet niedostępny

Pobieranie cufflinks

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
s390x	1 494,6 KiB	11 938,0 KiB	[lista plików]