Pakiet: pirs (2.0.2 dfsg-9)

Odnośniki dla pirs

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego pirs:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

The program pIRS can be used for simulating Illumina PE reads, with a series of characters generated by Illumina sequencing platform, such as insert size distribution, sequencing error(substitution, insertion, deletion), quality score and GC content-coverage bias.

The insert size follows a normal distribution, so users should set the mean value and standard deviation. Usually the standard deviation is set as 1/20 of the mean value. The normal distribution by Box-Muller method is simulated.

The program simulates sequencing error, quality score and GC content- coverage bias according to the empirical distribution profile. Some default profiles counted from lots of real sequencing data are provided.

To simulate reads from diploid genome, users should simulate the diploid genome sequence firstly by setting the ratio of heterozygosis SNP, heterozygosis InDel and structure variation.

Inne pakiety związane z pirs

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: fonts-liberation

Fonty o tych samych wymiarach jak Times, Arial i Courier
dep: gnuplot

Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: libc6 (>= 2.29)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgomp1 (>= 4.9)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libgzstream0 (>= 1.5 dfsg)

provide functionality of zlib C-library in a C iostream
dep: libstdc 6 (>= 5.2)

Standardowa biblioteka GNU C , wersja 3
dep: pirs-profiles

profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie pirs

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
i386	121,7 KiB	402,0 KiB	[lista plików]