Pakiet: circlator (1.5.6-5)

Odnośniki dla circlator

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego circlator:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [sanger-pathogens.github.io]

Podobne pakiety:

Program do cyrkularyzacji zespołów genomowych

Circlator to narzędzie do automatyzacji składania cyrkulacji bakterii i małych genomów eukariotycznych i tworzenia dokładnych liniowych reprezentacji sekwencji kołowych.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, Rola: Program, Nauka: science::calculation, works-with::biological-sequence, Działa z: Pliki

Inne pakiety związane z circlator

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: bwa (>= 0.7.12)

Burrows-Wheeler Aligner
dep: canu

single molecule sequence assembler for genomes
dep: fastaq (>= 3.12.1)

Narzędzia do obsługi plików FASTA i FASTQ
dep: mummer

Efficient sequence alignment of full genomes
dep: prodigal

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-openpyxl

Python 3 module to read/write OpenXML xlsx/xlsm files
dep: python3-pymummer

Python 3 interface to MUMmer
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
dep: spades

genome assembler for single-cell and isolates data sets

Pobieranie circlator

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	4 369,4 KiB	10 531,0 KiB	[lista plików]