Pakiet: vienna-rna (2.5.1 dfsg-1) [non-free]

Odnośniki dla vienna-rna

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego vienna-rna:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [www.tbi.univie.ac.at]

Podobne pakiety:

RNA sequence analysis

The Vienna RNA Package consists of a C code library and several stand-alone programs for the prediction and comparison of RNA secondary structures. It is developed and maintained by the group of Ivo Hofacker in Vienna.

RNA secondary structure prediction through energy minimization is the most used function in the package. It provides three kinds of dynamic programming algorithms for structure prediction:

 * the minimum free energy algorithm of (Zuker & Stiegler 1981) which
   yields a single optimal structure,
 * the partition function algorithm of (McCaskill 1990) which calculates
   base pair probabilities in the thermodynamic ensemble, and the
   suboptimal folding algorithm of (Wuchty et.al 1999) which generates
   all suboptimal structures within a given energy range of the optimal
   energy.

For secondary structure comparison, the package contains several measures of distance (dissimilarities) using either string alignment or tree-editing (Shapiro & Zhang 1990). Finally, is provided an algorithm to design sequences with a predefined structure (inverse folding). The RNAforester package is a tool for aligning RNA secondary structures and it's user interface integrates to those of the tools of the Vienna RNA package.

Inne pakiety związane z vienna-rna

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.35)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libdlib19.1 (>= 19.24 dfsg)

C toolkit for machine learning and computer vision - library
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgomp1 (>= 4.9)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libgslcblas0 (>= 2.7.1)

GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package
dep: liblapack3

Library of linear algebra routines 3 - shared version

lub liblapack.so.3

pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libmpfr6 (>= 3.1.3)

Obliczenia zmiennoprzecinkowe wysokiej precyzji
dep: libstdc 6 (>= 11)

Standardowa biblioteka GNU C , wersja 3

rec: readseq

Konwersja między różnymi formatami sekwencji białek

Pobieranie vienna-rna

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
s390x	2 868,7 KiB	95 424,0 KiB	[lista plików]