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パッケージ: mummer (3.23 dfsg-8)

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遺伝子全体の効率的な配列アライメント

MUMmer は完全な形式又はドラフトの形式かどうかにかかわらず、遺伝子全体を高速に アライメントするためのシステムです。例えば、MUMmer 3.0 は 2.4 GHz CPU を搭載した Linux デスクトップコンピュータ上で 78 MB のメモリを使って 5 メガバイトの ゲノムの対から 20 basepair 又はより長い完全マッチングを全て 13.7 秒で発見できます。 MUMmer は不完全なゲノムもアライメントできます; shotgun アライメントプロジェクト 由来の 100 個又は 1000 個の contig を簡単に処理でき、それらを他の contig や システムに含まれる NUCmer プログラムを使った遺伝子にアライメントできます。 種が DNA 配置アライメントには分散しすぎて類似性を見つけられない場合、PROmer プログラムは両者の入力配列の 6 フレーム変換に基づき配列を生成できます。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c , interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::comparing, works-with-format::TODO, サポート形式: プレーンテキスト, 取り扱い対象: 追加のタグが必要

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