[ ソース: spades ]
パッケージ: spades (3.13.1 dfsg-2 など)
spades に関するリンク
Debian の資源:
spades ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
- Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)
- Andreas Tille (QA ページ)
- Sascha Steinbiss (QA ページ)
- Michael R. Crusoe (QA ページ)
- Alexandre Mestiashvili (QA ページ)
外部の資源:
- ホームページ [cab.spbu.ru]
類似のパッケージ:
genome assembler for single-cell and isolates data sets
The SPAdes – St. Petersburg genome assembler is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads.
その他の spades 関連パッケージ
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- dep: bamtools
- BAM（ゲノムアラインメント）ファイルの操作用ツール
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- dep: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 4.0)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
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- dep: libhat-trie0
- HAT-trie, an extremely efficient (space and time) modern variant of tries
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- dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)
- nonlinear optimization library
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- dep: libssw0 (>= 1.1)
- fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
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- dep: libstdc 6 (>= 9)
- GNU 標準 C ライブラリ v3
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- dep: python3
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
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- dep: python3-distutils
- distutils package for Python 3.x
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- dep: python3-joblib
- tools to provide lightweight pipelining in Python
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- dep: python3-yaml
- YAML parser and emitter for Python3
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- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム