パッケージ: sga (0.10.15-5)

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類似のパッケージ:

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

その他の sga 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1 dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

パッケージは利用できません

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [mipsel]

dep: libgcc1 (>= 1:7) [i386]
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
dep: libstdc 6 (>= 9)

GNU 標準 C ライブラリ v3
dep: python3

対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-ruffus

Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

圧縮ライブラリ - ランタイム

rec: abyss (>= 2.0.2-1)

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

sga のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	815.0 kB	2,443.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	591.0 kB	1,747.0 kB	[ファイル一覧]
armel	573.9 kB	1,710.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	603.8 kB	1,258.0 kB	[ファイル一覧]
i386	878.4 kB	2,634.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	750.3 kB	3,008.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	788.6 kB	2,954.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	677.1 kB	2,239.0 kB	[ファイル一覧]