パッケージ: samtools (1.11-1)

samtools に関するリンク

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メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [www.htslib.org]

類似のパッケージ:

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, ネットワークの利用方法: クライアント, ネットワークプロトコル: FTP, protocol::http, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, インタフェースツールキット: Ncurses TUI, 目的: use::analysing, use::calculating, フィルタリング, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の samtools 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libhts3 (>= 1.11)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libncurses6 (>= 6)

端末処理用共有ライブラリ
dep: libtinfo6 (>= 6)

端末を扱う低レベルの terminfo 共有ライブラリ
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf, i386, mipsel 以外]

圧縮ライブラリ - ランタイム

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386, mipsel]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

samtools のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	531.8 kB	1,201.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	513.2 kB	1,149.0 kB	[ファイル一覧]
armel	503.0 kB	1,134.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	507.0 kB	978.0 kB	[ファイル一覧]
i386	562.3 kB	1,306.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	518.2 kB	1,281.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	525.7 kB	1,240.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	559.1 kB	1,669.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	512.5 kB	1,229.0 kB	[ファイル一覧]