[ Source: roary ]
Package: roary (3.13.0 dfsg-2)
Links for roary
Debian Resources:
Download Source Package roary:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [sanger-pathogens.github.io]
Similar packages:
catena di strumenti autonoma ad alta velocità per pan-genomi
Roary è una catena di strumenti autonoma ad alta velocità per pan-genomi, che accetta assemblati annotati in formato GFF3 (come prodotti, ad esempio, da Prokka) e calcola il pan-genoma. Utilizzando un PC desktop standard può analizzare insiemi di dati con migliaia di campioni, cosa che è impossibile, dal punto di vista del calcolo, con i metodi esistenti senza compromettere la qualità dei risultati. 128 campioni possono essere analizzati in meno di 1 ora, usando 1 GB di RAM e un processore singolo. Per effettuare questa analisi utilizzando metodi esistenti servirebbero settimane e centinaia di GB di RAM. Roary non è pensato per la meta-genomica o per confrontare insiemi estremamente diversi di genomi.
Other Packages Related to roary
|
|
|
|
-
- dep: bedtools
- suite di utilità per confrontare tratti genomici
-
- dep: bioperl (>= 1.7.4)
- strumenti Perl per biologia molecolare computazionale
-
- dep: cd-hit
- suite di programmi progettati per raggruppare velocemente sequenze
-
- dep: fasttree
- alberi filogenetici da allineamenti di sequenze di proteine o nucleotidi
-
- dep: libarray-utils-perl
- raccolta di piccole utilità per manipolazione di array
-
- dep: libdigest-md5-file-perl
- estensione Perl per ottenere codici MD5 per file e URL
-
- dep: libenv-path-perl
- modulo Perl che implementa operazioni avanzate su variabili di percorso
-
- dep: libexception-class-perl
- modulo per dichiarare delle vere classi d'eccezione in Perl
-
- dep: libfile-find-rule-perl
- modulo per cercare file in base a regole
-
- dep: libfile-grep-perl
- modulo per corrispondenza a modelli in una serie di file
-
- dep: libfile-slurper-perl
- simple, sane and efficient module to slurp a file
-
- dep: libfile-which-perl
- modulo Perl per cercare programmi eseguibili nel PATH
-
- dep: libfindbin-libs-perl
- Perl module to use a relative path for lib directories
-
- dep: libgraph-perl
- Perl module for graph data structures and algorithms
-
- dep: libgraph-readwrite-perl
- module for reading and writing directed graphs
-
- dep: liblog-log4perl-perl
- port in Perl dell'ampiamente popolare pacchetto di log log4j
-
- dep: libmoose-perl
- moderna infrastruttura per sistema ad oggetti Perl
-
- dep: libperlio-utf8-strict-perl
- fast and correct UTF-8 Perl IO module
-
- dep: libtest-file-perl
- modulo Perl per testare attributi di file
-
- dep: libtest-files-perl
- modulo per facilitare i test con file e directory
-
- dep: libtest-most-perl
- Perl module with the most commonly needed test functions and features
-
- dep: libtest-output-perl
- perl module to test stdout and stderr messages
-
- dep: libtext-csv-perl
- manipolatore di valori separati da virgole (tramite XS o PurePerl)
-
- dep: mafft
- programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche
-
- dep: mcl
- algoritmo Cluster di Markov
-
- dep: ncbi-blast
- suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST
-
- dep: parallel
- crea ed esegue righe di comando dallo standard input in parallelo
-
- dep: perl
- "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall
-
- dep: prank
- kit per allineamenti probabilistici di sequenze di DNA, codoni e amminoacidi
-
- dep: r-base-core
- nocciolo del sistema per calcoli e grafici statistici GNU R
-
- dep: r-cran-ggplot2
- implementazione di Grammar of Graphics
Download roary
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| all | 181.0 kB | 732.0 kB | [list of files] |