Package: glam2 (1064-9) [debports]

motivi proteici con interruzioni da sequenze non allineate

GLAM2 è un pacchetto software per trovare motivi all'interno di sequenze, tipicamente sequenze amminoacidiche o nucleotidiche. Un motivo è un modello di sequenze che si ripete: esempi tipici sono i TATA box o il motivo di prenilazione CAAX. La maggiore innovazione portata da GLAM2 è che permette di avere inserzioni e delezioni all'interno dei motivi.

Questo pacchetto include programmi per scoprire motivi condivisi da un insieme di sequenze e trovare le corrispondenze a questi motivi in un database di sequenze, così come utilità per convertire motivi glam2 in formati standard per allineamenti, fare maschere di motivi glam2 in sequenze in modo da poter trovare motivi più deboli e rimuovere membri altamente simili da un insieme di sequenze.

Questo pacchetto include i seguenti programmi:

 glam2:       scopre motivi condivisi da un insieme di sequenze;
 glam2scan:   trova corrispondenze, all'interno di un database di
              sequenze, con un motivo scoperto da glam2;
 glam2format: converte motivi glam2 in formati di allineamento standard;
 glam2mask:   maschera motivi glam2 dalle sequenze, così che possano
              essere trovati motivi più deboli;
 glam2-purge: rimuove elementi altamente simili da un insieme di sequenze.

In questo pacchetto binario è stato abilitato l'algoritmo FFT (Fast Fourier Transform) per glam2.

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