Package: toppred (1.10-7)
Links for toppred
Debian Resources:
Download Source Package toppred:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
predizione della topologia transmembrana
Toppred è un programma per determinare la topologia di una proteina transmembrana basandosi sull'algoritmo di G. von Heijne.
Ciascuna sequenza dai dati di sequenziamento in formato fasta è elaborata e toppred genera il profilo Hydrophobycity della sequenza e i corrispondenti valori di idrofobicità nel file sequence-ID.hydro.
Inoltre, le topologie predette sono rappresentate come immagini PNG. Ciascuna topologia è memorizzata nel file sequence-ID-number.png.
Il profilo di idrofobicità è calcolato usando una finestra formata da una finestra centrale rettangolare di dimensione n, affiancata da 2 finestre triangolari di dimensione q. N.B.: rettangolare e triangolare indicano che i valori di ponderazione all'interno di tali finestre sono rispettivamente costanti e variabili.
Questo programma è una nuova implementazione del programma toppred originale, basato sull'algoritmo di G. von Heijne.
Other Packages Related to toppred
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.4)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgd3 (>= 2.1.0~alpha~)
- libreria grafica GD
-
- dep: libpng16-16 (>= 1.6.2-1)
- libreria PNG - runtime (versione 1.6)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- libreria di compressione - runtime
Download toppred
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| i386 | 62.0 kB | 151.0 kB | [list of files] |