Package: chimeraslayer (20101212 dfsg1-2)

rileva probabili chimere in DNA amplificato con PCR

ChimeraSlayer è un'utilità per la rilevazione di sequenze chimeriche, compatibile con sequenze di lunghezza quasi completa Sanger e sequenze 454-FLX più corte (~500bp).

ChimeraSlayer comporta la seguente serie di passi che operano per contrassegnare sequenze di rRNA 16S chimeriche.

 1. I terminali di una sequenza di interrogazione vengono cercati in un
    database accluso di sequenze 16S di riferimento libere da chimere per
    identificare potenziali genitori di una chimera.
 2. Vengono selezionati i candidati ad essere genitori di una chimera per
    il fatto che formano un allineamento con rami con il punteggio
    migliore con la sequenza di interrogazione formattata NAST.
 3. L'allineamento NAST della sequenza di interrogazione viene migliorato
    in un riallineamento NAST con "considerazione delle chimere" basato su
    profili con le sequenze genitrici di riferimento selezionate.
 4. Viene utilizzata un'infrastruttura evolutiva per contrassegnare le
    sequenze di interrogazione trovate che hanno dimostrato una maggiore
    omologia di sequenza con una chimera in silico formata tra due
    qualsiasi delle sequenze genitrici di riferimento selezionate.

Per eseguire ChimeraSlayer sono necessarie sequenze in formato NAST generate dall'utilità nast-ier.

ChimeraSlayer fa parte della suite microbiomeutil.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology

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