Package: t-coffee (13.41.0.28bdc39 dfsg-4)

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Homepage [www.tcoffee.org]

Similar packages:

allineamento di sequenze multiple

T-Coffee è un pacchetto per allineamenti di sequenze multiple. Dato un insieme di sequenze (proteiche o di DNA), T-Coffee genera un allineamento di sequenze multiple. La versione 2.00 e le successive possono mescolare sequenze e strutture.

T-Coffee permette di combinare una raccolta di allineamenti multipli/di coppie, globali o locali, in un singolo modello. Permette anche di stimare il livello di coerenza di ogni posizione all'interno del nuovo allineamento rispetto agli altri allineamenti. Si veda pre-print per maggiori informazioni.

T-Coffee ha una versione speciale, che si chiama M-Coffee, che rende possibile combinare l'output di molti pacchetti di allineamento di sequenze multiple. Nella sua versione pubblicata, usa MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA e T-Coffee. Per Debian è stata creata una versione speciale, DM-Coffee, che usa solo software libero rimpiazzando Clustal W con Kalign. Usare gli 8 metodi forniti da M-Coffee può a volte essere un po' pesante; se si preferisce si può usare un sottoinsieme con i propri metodi preferiti.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

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dep: libc6 (>= 2.29)

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rec: dialign-tx

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rec: fsa

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rec: muscle

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rec: poa

Partial Order Alignment per allineamenti multipli di sequenza
rec: prank

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rec: probcons

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rec: proda

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rec: tm-align

allineamento strutturale di proteine

sug: boxshade

belle stampe di allineamenti multisequenza
sug: seaview

interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia
sug: t-coffee-examples

esempi con annotazioni sull'uso di T-Coffee

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armel	829.9 kB	2,504.0 kB	[list of files]