Package: fsa (1.15.9 dfsg-6)

allineamento statistico veloce di proteine, sequenze di DNA e RNA

FSA (Fast Statistical Alignment) è un algoritmo probabilistico per l'allineamento di sequenze multiple che usa un approccio "basato sulla distanza" per allineare sequenze di proteine, DNA o RNA omologhe. Come i metodi di ricostruzione filogenetica basati sulla distanza, come il Neighbor-Joining, costruiscono una filogenia usando solo stime di divergenza a coppie, FSA costruisce un allineamento multiplo usando solo stime di omologia a coppie. Ciò è reso possibile dalla tecnica di annealing delle sequenze per costruire un allineamento multiplo da confronti a coppie sviluppata da Ariel Schwartz.

FSA porta l'elevata accuratezza, precedentemente disponibile solo per l'analisi su piccola scala di proteine o RNA, a problemi ad ampia scala come l'allineamento di migliaia di sequenze o sequenze con milioni di basi. FSA introduce diversi metodi innovativi per costruire allineamenti migliori:

 * FSA usa tecniche di apprendimento automatico per stimare al volo
   parametri di sostituzione e gap per ciascun insieme di sequenze in
   input; questo metodo di allineamento con "apprendimento specifico per
   la richiesta" rende FSA molto robusto: può produrre allineamenti
   superiori di insiemi di sequenze omologhe che sono soggetti a vincoli
   evolutivi molto differenti;
 * FSA è in grado di allineare centinaia o anche migliaia di sequenze
   usando un algoritmo di inferenza randomizzata per ridurre il costo
   computazionale degli allineamenti multipli; questa inferenza
   randomizzata può essere fino a 10 volte più veloce di un approccio
   diretto con poca perdita di accuratezza;
 * FSA può allineare velocemente sequenze molto lunghe usando la tecnica
   "anchor annealing" per risolvere i punti di ancoraggio e proiettarli con
   l'ancoraggio transitivo, poi ricuce l'allineamento tra i punti di
   ancoraggio usando i metodi descritti sopra;
 * la GUI inclusa, MAD (Multiple Alignment Display), può visualizzare gli
   allineamenti intermedi prodotti da FSA, in cui ciascun carattere è
   colorato a seconda della probabilità che sia allineato correttamente.

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