Paquet : r-bioc-saturn (1.12.0 dfsg-1)

Liens pour r-bioc-saturn

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source r-bioc-saturn :

Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [bioconductor.org]

Paquets similaires :

analyse modulable de l’utilisation différentielle de transcriptions pour le séquençage d’ARN

Ce paquet de Bioconductor est utile pour l’analyse modulable de l’utilisation différentielle de transcriptions pour le séquençage d’ARN de masse ou de cellule unique.

L’application satuRn fournit un cadriciel très performant et modulable d’analyses d’utilisation différentielle de transcriptions. Le paquet se compose de trois fonctions principales. La première fonction, fitDTU, convient pour les modèles linéaires généralisés quasi-binomiaux qui modélisent l’utilisation de transcriptions par groupes d’intérêt. La seconde fonction, testDTU, teste l’utilisation différentielle de transcriptions entre les groupes d’intérêt. Finalement, plotDTU visualise les profils d’utilisation de transcriptions dans des groupes d’intérêt.

Autres paquets associés à r-bioc-saturn

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: r-api-4.0

paquet virtuel fourni par r-base-core
dep: r-api-bioc-3.19

paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics
dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.38.0)

BioConductor facilities for parallel evaluation
dep: r-bioc-limma (>= 3.60.4)

modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)
dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

BioConductor assay container
dep: r-cran-boot

paquet de GNU R pour des fonctions de « bootstrapping » de Davison et Hinkley
dep: r-cran-ggplot2

implementation of the Grammar of Graphics
dep: r-cran-locfdr

GNU R computation of local false discovery rates
dep: r-cran-matrix

paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses
dep: r-cran-pbapply

paquet de GNU R fournissant des barres de progression pour des fonctions de R vectorisées

sug: r-bioc-annotationhub (>= 3.12.0)

client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub
sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
sug: r-bioc-delayedarray (>= 0.30.1)

BioConductor delayed operations on array-like objects
sug: r-bioc-dexseq (>= 1.50.0)

GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq
sug: r-bioc-edger (>= 4.2.1)

analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R
sug: r-bioc-ensembldb (>= 2.28.0)

GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database
sug: r-cran-covr

test coverage for GNU R packages
sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-rmarkdown

convert R markdown documents into a variety of formats
sug: r-cran-testthat

GNU R testsuite

Télécharger r-bioc-saturn

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	2 948,2 ko	3 033,0 ko	[liste des fichiers]