Paquet : examl (3.0.22-6 et autres)

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Paquets similaires :

code Exascale Maximum Likelihood (ExaML) pour l’inférence phylogénétique

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) est un code pour les inférences phylogénétiques utilisant MPI. Ce code met en œuvre l’algorithme populaire de recherche RAxML pour l’inférence basée sur le maximum de vraisemblance dans les arbres phylogénétiques.

ExaML est une version légère réduite à l’essentiel de RAxML pour l’inférence phylogénétique d’ensembles de données énormes. Il ne peut exécuter que quelques fonctions basiques et est destiné aux utilisateurs avertis pouvant écrire de petits scripts Perl et ayant une expérience sur les scripts de mise en file d’attente pour des grappes. ExaML ne met en œuvre que les modèles CAT et GAMMA d’hétérogénéité de taux pour des données binaires d’ADN et protéines.

ExaML utilise une approche radicalement nouvelle de parallélisation MPI apportant une meilleure capacité parallèle, en particulier sur des ensembles de données partitionnés multi-gènes ou du génome entier. Il met en œuvre aussi un nouvel algorithme de répartition de charge qui apporte une meilleure capacité parallèle.

Il est quatre fois plus rapide que son prédécesseur RAxML-Light et s’étend à un plus grand nombre de processeurs.

Autres paquets associés à examl

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.38)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libmpich12 [armel, armhf, i386]

Shared libraries for MPICH
dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [non armel, armhf, i386]

high performance message passing library -- shared library
dep: mpi-default-bin

Standard MPI runtime programs (metapackage)

Télécharger examl

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	3.0.22-6 b1	938,0 ko	6 019,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3.0.22-6 b1	778,7 ko	1 665,0 ko	[liste des fichiers]
armel	3.0.22-6	798,8 ko	1 873,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	3.0.22-6	785,5 ko	1 513,0 ko	[liste des fichiers]
i386	3.0.22-6	1 078,7 ko	7 012,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	3.0.22-6 b1	818,2 ko	1 813,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3.0.22-6 b1	837,4 ko	1 793,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	3.0.22-6 b1	835,4 ko	1 577,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	3.0.22-6 b1	826,3 ko	2 061,0 ko	[liste des fichiers]