Paquet : sickle (1.33 git20150314.f3d6ae3-2)

outil de réduction adaptative à des fenêtres pour des fichiers FASTQ utilisant la qualité

La plupart des technologies de séquençage produisent des lectures dont la qualité diminue vers l’extrémité 3'. Les bases appelées incorrectement ont un impact négatif sur les assemblages, les correspondances et les analyses bioinformatiques en aval.

Sickle est un outil qui utilise des fenêtres coulissantes selon des seuils de qualité et de longueur pour déterminer quand la qualité est suffisamment basse pour couper l’extrémité 3' des lectures. Il supprime aussi des lectures en se basant sur le seuil de longueur. Il prend les valeurs de qualité et fait coulisser une fenêtre parmi celles dont la longueur est 0,1 fois la longueur de la lecture. Si la longueur est inférieure à 1, alors la fenêtre est définie pour être égale à la longueur de la lecture. Sinon, la fenêtre coulisse le long des valeurs de qualité jusqu’à ce que la qualité moyenne descend en dessous du seuil. À ce point, l’algorithme détermine où dans la fenêtre la baisse se produit et coupe à cet endroit les chaines de lecture et de qualité. Cependant, si le point de coupure est inférieur au seuil de longueur minimale alors la lecture est entièrement rejetée.

Sickle prend en charge quatre type de valeurs de qualité : Illumina, Solexa, Phred et Sanger. Remarquez que le réglage de qualité Solexa est une approximation (la conversion réelle est une transformation non linéaire). L’approximation d’extrémité est bonne.

Sickle prend aussi en charge des fichiers d’entrée compressés.

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