Paquets logiciels dans « trixie », Sous-section science

abacas (1.3.1-9)

fermeture d'espaces dans des alignements génomiques depuis des lectures courtes

abacas-examples (1.3.1-9)

données d’exemple pour abacas pour combler les trous dans les alignements génomiques

abpoa (1.5.3-1 b1)

adaptive banded Partial Order Alignment

abyss (2.3.10-1 b1)

assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

achilles (2-13)

simulateur de vie artificielle et d'évolution

adapterremoval (2.3.3-3 b1 [arm64], 2.3.3-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes

adapterremoval-examples (2.3.3-3)

découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes – données d'exemple

adms (2.3.7-1 b2)

synthétiseur automatique de modèle de périphérique pour Verilog-AMS

adun-core (0.81-14 b8 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 0.81-14 b4 [riscv64])

simulateur moléculaire

aegean (0.16.0 dfsg-4 b1 [arm64], 0.16.0 dfsg-4 [amd64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x])

boîte d’amalgame d’outils d'analyse de génome

aevol (5.0 ds-4)

modèle numérique de génétique pour lancer des expériences d'évolution in silico

aghermann (1.1.2-5 b3 [riscv64], 1.1.2-5 b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

gestionnaire d'expérimentation de recherche sur le sommeil

aladin (12.060 dfsg-3)

atlas interactif du ciel pour des images et ensembles de données astronomiques

alfa (2.2-1 b3 [arm64], 2.2-1 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

algorithme d'ajustement de ligne automatisé

algotutor (0.8.6-6)

programme d'observation des étapes intermédiaires d'un algorithme

alien-hunter (1.7-10)

Distribution des motifs d'ordre variable (IVOM) pour identifier l'ADN acquis par transfert horizontal

allelecount (4.3.0-3)

algorithmes pour le compte de copies NGS

altree (1.3.2-2 b5 [riscv64], 1.3.2-2 b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation

altree-examples (1.3.2-2)

fichiers d'exemple pour ALTree

amap-align (2.2 git20080214.600fc29 dfsg-2 b1 [arm64, riscv64], 2.2 git20080214.600fc29 dfsg-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

alignement multiple de séquences protéiques par appariement

ampliconnoise (1.29-15 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 1.29-15 [armel, armhf, i386])

suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454

andi (0.14-3 b1)

estimation efficace de distances d'évolution

ants (2.4.3 dfsg-1)

outils de normalisation élaborés pour l'analyse d'images du cerveau

any2fasta (0.4.2-2)

conversion de divers formats de séquences en FASTA

any2fasta-examples (0.4.2-2)

convert various sequence formats to FASTA (example data)

aoflagger (3.4.0-3)

découverte des RFI dans les observations radioastronomiques

apbs (3.4.1-6 b1)

solveur adaptatif de Poisson Boltzmann

apbs-data (3.4.1-6)

fichiers de données pour APBS (solveur adaptatif de Poisson Boltzmann)

apbs-doc (3.4.1-6)

solveur adaptatif de Poisson Boltzmann

apertium-af-nl (0.3.0-3)

paquet factice de transition pour apertium-afr-nld

apertium-afr-nld (0.3.0-3)

données Apertium pour les traductions entre l'afrikaans et le néerlandais

apertium-anaphora (1.1.1-1 b2 [arm64], 1.1.1-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

module de résolution d'anaphores pour Apertium

apertium-apy (0.11.7-2.2)

service APY d'Apertium

apertium-arg-cat (0.3.0-2)

données Apertium pour les traductions entre l'aragonais et le catalan

apertium-bel-rus (0.2.1-2)

données d’Apertium pour les traductions entre le biélorusse et le russe

apertium-br-fr (0.5.1-1)

données linguistiques Apertium pour les traductions entre le breton et le français

apertium-ca-it (1.1.0-1)

paquet factice de transition pour apertium-cat-ita

apertium-cat-ita (1.1.0-1)

données Apertium pour les traductions entre le catalan et l'italien

apertium-cat-srd (1.2.0-1)

données d'Apertium pour les traductions entre le catalan et le sarde

apertium-dan-nor (1.5.0-2)

données Apertium pour les traductions entre le danois et le norvégien

apertium-dev (3.9.4-1 b2)

outils et bibliothèque de développement pour Apertium

apertium-eng-cat (1.0.1-5)

données Apertium pour les traductions entre l'anglais et le catalan

apertium-eng-spa (0.8.1-2)

données Apertium pour les traductions entre l'anglais et l'espagnol

apertium-eo-fr (0.9.1-1)

données Apertium pour les traductions entre l'espéranto et le français

apertium-es-ast (1.1.1-2)

paquet factice de transition pour apertium-spa-ast

apertium-es-it (0.2.1-3)

paquet factice de transition pour apertium-spa-ita

apertium-eval-translator (1.2.1-3)

évaluation de sortie de traduction automatique par rapport à une référence

apertium-fra-cat (1.10.0-1)

données Apertium pour les traductions entre le français et le catalan

apertium-fra-frp (1.1.0-1)

données d’Apertium pour les traductions entre le français et l'arpitan

apertium-get (1.0.0-3)

assistant pour les langues et les pairs d'Apertium et Giellateckno

apertium-hbs-mkd (0.1.1-1)

données Apertium pour les traductions entre le serbo-croate et le macédonien

apertium-hbs-slv (0.5.1-2)

données Apertium pour les traductions entre le serbo-croate et le slovénien

apertium-id-ms (0.1.2-3)

paquet factice de transition pour apertium-ind-zlm

apertium-ind-zlm (0.1.2-3)

données Apertium pour les traductions entre l'indonésien et le malais

apertium-is-sv (0.1.1-2)

Transitional dummy package for apertium-isl-swe

apertium-isl-swe (0.1.1-2)

données Apertium pour les traductions entre l'islandais et le suédois

apertium-lex-tools (0.4.2-2 b4)

module de sélection lexicale basé sur les contraintes

apertium-lex-tools-dev (0.4.2-2 b4)

Development library for Apertium lexical selection module

apertium-mk-bg (0.2.1-2)

Transitional dummy package for apertium-mkd-bul

apertium-mk-en (0.1.3-2)

Transitional dummy package for apertium-mkd-eng

apertium-mkd-bul (0.2.1-2)

données Apertium pour les traductions entre le macédonien et le bulgare

apertium-mkd-eng (0.1.3-2)

données Apertium pour les traductions entre le macédonien et l'anglais

apertium-nno-nob (1.5.0-1)

données linguistiques Apertium pour les traductions entre le norvégien Nynorsk et le norvégien Bokmål

apertium-oci-fra (1.0.0-1)

données de traduction d’Apertium pour la paire occitan-français

apertium-pol-szl (0.2.1-3)

données d’Apertium pour les traductions entre le polonais et le silésien

apertium-por-cat (0.10.1-2)

données Apertium pour les traductions entre le portugais et le catalan

apertium-recursive (1.1.2-1 b2 [arm64], 1.1.2-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

module de transfert structural récursif pour Apertium

apertium-regtest (0.9.1-3)

Regression test suite for Apertium languages and pairs

apertium-rus-ukr (0.2.1-4)

données d’Apertium pour les traductions entre le russe et l'ukrainien

apertium-separable (0.6.1-1 b2 [arm64], 0.6.1-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

réordonnancement de multimots séparables ou non contigus

apertium-spa-arg (0.6.0-2)

données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et l'aragonais

apertium-spa-ast (1.1.1-2)

données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et l'asturien

apertium-spa-ast

paquet virtuel fourni par apertium-spa-ast

apertium-spa-cat (2.2.0-3)

données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et le catalan

apertium-spa-ita (0.2.1-3)

données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et l'italien

apertium-srd-ita (1.3.0-1)

données Apertium pour les traductions entre le sarde et l'italien

apertium-swe-dan (0.8.1-3)

données linguistiques Apertium pour les traductions entre le suédois et le danois

apertium-swe-nor (0.4.0-1)

données Apertium pour les traductions entre le suédois et le norvégien

aragorn (1.2.41-3 b1 [arm64], 1.2.41-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides

arb (6.0.6-8) [non-free]

phylogenetic sequence analysis suite - main program

arb-common (6.0.6-8) [non-free]

phylogenetic sequence analysis suite - common files

arden (1.0-6)

contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle

ariba (2.14.7 ds-5)

identification de résistance antibiotique par assemblage

art-nextgen-simulation-tools (20160605 dfsg-5 b2 [riscv64], 20160605 dfsg-5 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

outils de simulation pour créer des lectures de séquençage synthétiques de nouvelle génération

art-nextgen-simulation-tools-profiles (20160605 dfsg-5)

profils pour les outils de simulation ART

artemis (18.2.0 dfsg-4)

navigateur de génome et outil d'annotation

artfastqgenerator (0.0.20150519-5)

création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence

artfastqgenerator-examples (0.0.20150519-5)

création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence –⋅exemples

asdftool (4.0.0-1)

outil en ligne de commande pour manipuler les fichiers de données scientifiques ASDF

ase (3.23.0-1)

environnement de simulation atomique

assembly-stats (1.0.1 ds-6 b1 [riscv64], 1.0.1 ds-6 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

obtention des statistiques d'assemblage à partir de fichiers FASTA et FASTQ

assemblytics (1.2.1 dfsg-2)

détection et analyse de variantes structurelles à partir d’un assemblage de génome

astap (2024.05.01-1)

solveur astrométrique, empilement d'images, photométrie et visionneur FITS

astap-cli (2024.05.01-1)

solveur astrométrique, version en ligne de commande

astro-tasks (4.1)

mélange exclusif Debian Astronomy (tâches de tasksel)

astromatic (1.3)

collection logicielle d'infrastructure astronomique

astrometry-data-2mass (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader

astrometry-data-2mass-00 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (2'-2.8')

astrometry-data-2mass-01 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (2.8'-4')

astrometry-data-2mass-02 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (4'-5.6')

astrometry-data-2mass-03 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (5.6'-8')

astrometry-data-2mass-04 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (8'-11')

astrometry-data-2mass-05 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (11'-16')

astrometry-data-2mass-06 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (16'-22')

astrometry-data-2mass-07 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (22'-30')

astrometry-data-2mass-08-19 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (30'-2000')

astrometry-data-tycho2 (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net

astrometry-data-tycho2-07 (2-4 b1)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 22 à 30 arcminutes

astrometry-data-tycho2-07-bigendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 22 à 30 arcminutes

astrometry-data-tycho2-07-littleendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 22 à 30 arcminutes

astrometry-data-tycho2-08 (2-4 b1)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 30 à 44 arcminutes

astrometry-data-tycho2-08-bigendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 30 à 44 arcminutes

astrometry-data-tycho2-08-littleendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 30 à 44 arcminutes

astrometry-data-tycho2-09 (2-4 b1)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 44 à 60 arcminutes

astrometry-data-tycho2-09-bigendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 44 à 60 arcminutes

astrometry-data-tycho2-09-littleendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 44 à 60 arcminutes

astrometry-data-tycho2-10-19 (2-4 b1)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 60 à 2000 arcminutes

astrometry-data-tycho2-10-19-bigendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 60 à 2000 arcminutes

astrometry-data-tycho2-10-19-littleendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 60 à 2000 arcminutes

astrometry.net (0.97 dfsg-1)

solveur de plaque photographique astrométrique

astronomical-almanac (5.6-7 b1 [riscv64], 5.6-7 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

almanach astronomique - calcul de positions d'étoiles et de planètes

astropy-utils (7.0.0-1)

outils en ligne de commande d'astropy

atac (0~20150903 r2013-9)

comparaison de génomes d'assemblage en assemblage

ataqv (1.3.1 ds-2 b3 [arm64], 1.3.1 ds-2 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64])

contrôle de qualité et visualisation pour ATAC-seq

atomes (1.1.15-1)

atomic-scale 3D modeling toolbox

atomes-data (1.1.15-1)

atomic-scale 3D modeling toolbox (data)

atropos (1.1.32 dfsg-2 b1)

Outil de taille de lecture NGS spécifique, sensible et rapide

augur (24.4.0-1)

composants pipeline pour l'analyse de virus en temps réel

augustus (3.5.0 dfsg-4 b6 [riscv64], 3.5.0 dfsg-4 b5 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes

augustus-data (3.5.0 dfsg-4)

fichiers de données pour AUGUSTUS

autodock (4.2.6-9 b1 [arm64, riscv64], 4.2.6-9 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine

autodock-getdata (4.2.6-9)

instructions pour collecter des données pour getData

autodock-test (4.2.6-9)

fichiers de test pour AutoDock

autodock-vina (1.2.5-2 b1 [arm64], 1.2.5-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

chargement de petites molécules jusqu'aux protéines

autogrid (4.2.6-9 b1 [arm64, riscv64], 4.2.6-9 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur

autogrid-test (4.2.6-9)

fichiers de test pour AutoGrid

avce00 (2.0.0-9 b1 [arm64, riscv64], 2.0.0-9 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

conversion de couverture vectorielle Arcinfo d’ESRI (binaire) au format E00

avogadro (1.99.0-1 b2 [arm64], 1.99.0-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

système de modélisation et d'imagerie moléculaire

avogadro-utils (1.99.0-5 b3)

système de modélisation et d'imagerie moléculaire –⋅bibliothèque

axe-demultiplexer (0.3.3 dfsg-4 b1)

démultiplexeur de lecture de séquence ADN basé sur les arbres préfixes

bagel (1.2.2-8)

paquet de chimie computationnelle

baitfisher (1.2.7 git20211020.de26d5c dfsg-2)

paquet logiciel de conception de sondes d'enrichissement hybrides

bali-phy (3.6.1 dfsg-3)

inférence bayésienne d’alignement et de phylogénie

bamclipper (1.0.0-3)

Remove gene-specific primer sequences from SAM/BAM alignments

bamkit (0.0.1 git20170413.ccd079d-3)

tools for common BAM file manipulations

bamtools (2.5.2 dfsg-6 b1)

boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

bandage (0.9.0-2 b3 [riscv64], 0.9.0-2 b2 [arm64], 0.9.0-2 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

application de bio-informatique pour navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo

bandage-examples (0.9.0-2)

application de bio-informatique pour navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo – données

barrnap (0.9 dfsg-4)

prédiction ribosomale rapide d'ARN

bart (0.9.00-3)

outils pour l'imagerie par résonance magnétique computationnelle

bart-view (0.3.00-1 b2 [arm64], 0.3.00-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

visualisateur de données multidimensionnelles et de valeur complexe

bbmap (39.13 dfsg-1)

BBTools genomic aligner and other tools for short sequences

bbmap-jni (39.13 dfsg-1)

short read aligner and other bioinformatic tools - JNI library

bcalm (2.2.3-5 b2 [arm64], 2.2.3-5 b1 [amd64, mips64el, ppc64el, riscv64])

de Bruijn compaction in low memory

bcftools (1.20-2 b1 [arm64], 1.20-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

beads (1.1.22-1 b4 [arm64, armel, armhf, riscv64], 1.1.22-1 b3 [amd64, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

détection par électrophorèse bidimensionnelle de tache d’images de gel

beagle (220722-1)

appel de génotype, phasage de génotype et attribution de marqueurs non génotypés

beast-mcmc (1.10.4 dfsg-5)

inférence phylogénétique bayésienne MCMC

beast2-mcmc (2.7.6 dfsg-1)

inférence phylogénétique bayésienne MCMC

bedops (2.4.41 dfsg-2 b1 [arm64], 2.4.41 dfsg-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

opérations génomiques à haute performance

bedtools (2.31.1 dfsg-2 b2 [riscv64], 2.31.1 dfsg-2 b1 [arm64], 2.31.1 dfsg-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

bedtools-test (2.31.1 dfsg-2)

données de test pour le paquet bedtools

belvu (4.44.1 dfsg-7.1 b2)

visualisateur d’alignements de séquences multiples et outil phylogénétique

berkeley-express (1.5.3 dfsg-3 b4 [arm64], 1.5.3 dfsg-3 b3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 1.5.3 dfsg-3 b2 [riscv64])

quantification de streaming pour le séquençage à taux élevé

bio-eagle (2.4.1-3 b3)

phasage d'haplotype au sein d'une cohorte génotypée ou grâce à un panel phasé de référence

bio-eagle-examples (2.4.1-3)

exemples pour bio-eagle

bio-rainbow (2.0.4 dfsg-2 b2 [riscv64], 2.0.4 dfsg-2 b1 [arm64], 2.0.4 dfsg-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

partitionnement et assemblage de séquences courtes pour la bio-informatique

bio-vcf (0.9.5-3)

langage dédié pour le traitement du format VCF

bioawk (1.0-5 b1 [arm64], 1.0-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

extension d’awk pour l’analyse de séquences biologiques

biobambam2 (2.0.185 ds-2)

tools for early stage alignment file processing

biogenesis (0.8-3.2)

programme de vie artificielle pour simuler l’évolution d’organismes

bioperl (1.7.8-1)

outils en Perl pour la bio-informatique

bioperl-run (1.7.3-13)

scripts d'enveloppe BioPerl

biosig-tools (2.6.1-1 b1)

outils de conversion entre différents formats de données médicales

biosquid (1.9g cvs20050121-15.1 b1)

utilitaire d'analyse de séquences biologiques

biosyntax (1.0.0b-6)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – métapaquet

biosyntax-common (1.0.0b-6)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – fichiers communs

biosyntax-example (1.0.0b-6)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – exemple

biosyntax-gedit (1.0.0b-6)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – greffon gedit

biosyntax-less (1.0.0b-6)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – greffon less

biosyntax-vim (1.0.0b-6)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – greffon vim

bitseq (0.7.5 dfsg-6 b2 [riscv64], 0.7.5 dfsg-6 b1 [arm64], 0.7.5 dfsg-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage

bitwise (0.50-1 b2 [arm64], 0.50-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

opérations bit à bit interactives en ncurses

bkchem (0.14.0~pre4 git20211228-5)

éditeur de structures chimiques

blasr (5.3.5 dfsg-6 b3 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el], 5.3.5 dfsg-6 b1 [riscv64])

correspondance de lectures de séquençage de molécules simples

blimps-utils (3.9 ds-3) [non-free]

blocks database improved searcher

blixem (4.44.1 dfsg-7.1 b2)

navigateur interactif d’alignements de séquences

bluebrain-hpc-coding-conventions (1.0.0 git20221201-2)

recommendations de développement C de l’équipe HPC de Blue Brain

bmt (0.6-1.1)

boîte à outils de mesure de performances d'analyse logicielle

bodr (10-3)

dépôt de données Blue Obelisk

bolt-lmm (2.4.1 dfsg-2)

test efficace d’association de modèles mixtes bayésiens sur tout le génome de grandes cohortes

bolt-lmm-example (2.4.1 dfsg-2)

exemples pour bolt-lmm

boolector (1.5.118.6b56be4.121013-1.3 b2 [riscv64], 1.5.118.6b56be4.121013-1.3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

solveur SMT pour les vecteurs de bits et les tableaux

bornagain (22~git20240726093306.cb41cc4 ds3-2)

simulation et adaptation GISAS de rayons X et de neutrons – binaire

bowtie (1.3.1-3 b1 [arm64], 1.3.1-3 [amd64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

bowtie-examples (1.3.1-3)

exemples pour bowtie, l'aligneur de lectures courtes ultra rapide et efficace en mémoire

bowtie2 (2.5.4-1)

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

bowtie2-examples (2.5.4-1)

exemples pour bowtie2

boxshade (3.3.1-14 b2 [riscv64], 3.3.1-14 b1 [arm64], 3.3.1-14 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

bppphyview (0.6.1-5 b1 [arm64], 0.6.1-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

afficheur phylogénétique pour Bio

bppsuite (2.4.1-7 b1 [arm64], 2.4.1-7 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

suite de programmes Bio

bppsuite-examples (2.4.1-7)

exemples pour la suite de programmes Bio

brain2mesh-demos (0.7.9-3)

sample files and demo scripts for Brain2Mesh

brig (0.95 dfsg-3 b2 [riscv64], 0.95 dfsg-3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

générateur d'images circulaires BLAST

btllib-tools (1.4.10 dfsg-1 b2 [riscv64], 1.4.10 dfsg-1 b1 [arm64], 1.4.10 dfsg-1 [amd64, mips64el, ppc64el])

Bioinformatics Technology Lab common code library tools

busco (5.5.0-3)

benchmarking sets of universal single-copy orthologs

bustools (0.43.2 dfsg-1)

manipulation de fichiers BUS pour des ensembles de données de séquençage d’ADN de cellule unique

bwa (0.7.18-1)

dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

c-munipack (2.1.37-1 b1 [arm64], 2.1.37-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

reduction of images carried out by CCD camera

c-munipack-share (2.1.37-1)

reduction of images carried out by CCD camera (share)

c2x (2.41.b ds-2)

conversion entre formats de code de structure électronique DFT

calceph (4.0.1-1 b1)

Planetary ephemeris data access tools

callisto (1.1.0-3 b1 [arm64], 1.1.0-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

démon pour le matériel e-Callisto

camitk-actionstatemachine (5.2.0-2 b3)

application pour rejouer les flux d'actions pour la bibliothèque CamiTK

camitk-config (5.2.0-2 b3)

boîte à outils d'intervention médicale assistée par ordinateur – configuration

camitk-imp (5.2.0-2 b3)

banc de test pour la bibliothèque CamiTK

casacore-data-igrf (12-1)

données de champ de référence géomagnétique international pour casacore

casacore-data-jpl-de200 (2007.07.05 ds.1-1)

éphéméride de développement DE200 du Jet Propulsion Laboratory pour casacore

casacore-data-jpl-de405 (2007.07.05 ds.1-1)

éphéméride de développement DE405 du Jet Propulsion Laboratory pour casacore

casacore-data-lines (0 git2016.11.26-2.1)

table de fréquences de ligne spectrale pour casacore

casacore-data-observatories (0 git2018.12.08-3)

table des coordonnées d'observatoires radio

casacore-data-sources (2-6)

table de coordonnées de sources de référence ICRF2 pour casacore

casacore-data-tai-utc (1.3)

table de différente entre TAI et UTC pour casacore

casacore-tools (3.6.1-3)

outils construits avec CASA

cassbeam (1.1-4 b2 [arm64, riscv64], 1.1-4 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

modélisation des antennes Cassegrain

cassiopee (1.0.9-4 b2 [arm64], 1.0.9-4 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

outil d'indexation et de recherche dans les séquences génomiques

cat-bat (5.3-2)

taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs)

catfishq (1.4.0 ds-1)

concatenates fastq files

cba (0.3.6-6 b5 [mips64el], 0.3.6-6 b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x], 0.3.6-6 b3 [riscv64])

analyse de poutres continues

cbflib-bin (0.9.7 dfsg1-4 b1)

utilitaires de manipulation de fichiers CBF

cbmc (6.1.1-2)

vérificateur de modèle borné pour les programmes C et C

cclib (1.8-1)

analyseurs et algorithmes pour la chimie computationnelle

cct (1:1.0.3-1)

comparaison visuelle de séquences bactériennes, de plasmides, de chloroplastes ou mitochondriales

cct-examples (1:1.0.3-1)

données d’exemple pour tester le paquet cct

cd-hit (4.8.1-4 b1 [arm64, riscv64], 4.8.1-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

cdbfasta (1.00 git20230710.da8f5ba dfsg-1 b1 [arm64, riscv64], 1.00 git20230710.da8f5ba dfsg-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA

centrifuge (1.0.4.2-1)

système rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN

cg3 (1.4.6-1 b3)

outils pour utiliser la troisième édition de Constraint Grammar (CG-3)

cg3-dev (1.4.6-1)

Metapackage providing both CG-3 CLI dev tools and dev library

cgns-convert (3.4.0-5)

système de notation générale CFD — outils de conversion

cgview (0.0.20100111-7)

visionneuse de génome circulaire

ch5m3d (1.2.5 dfsg-3)

création et visualisation de dessins en 3D de molécules simples

changeo (1.3.0-3)

boîte à outils d’affectation clonale de répertoire – Python 3

checkit-tiff (1.4.4-2)

vérificateur de conformité pour les images au format TIFF élémentaire

chemical-structures (2.2.dfsg.0-20)

service web fournissant des structures moléculaires dans des formats ouverts

chemical-structures-data (2.2.dfsg.0-20)

jeu de structures moléculaires dans des formats ouverts

chemonomatopist (0.10.0-1)

derive IUPAC systematic names for chemical structures

chemtool (1.6.14-6 b2 [arm64, riscv64], 1.6.14-6 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

programme de dessin de structures chimiques

chimeraslayer (20101212 dfsg1-6)

détecte les simili-chimères dans les ADN amplifiés via réaction en chaîne par polymérase

chip-seq (1.5.5-3 b1 [arm64, riscv64], 1.5.5-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

outils pour des tâches d’analyse des données ordinaires de ChIP-Seq

chip-seq-data (1.5.5-3)

tools performing common ChIP-Seq data analysis tasks (data)

chromhmm (1.25 dfsg-1)

découverte et caractérisation d’état de chromatine

chromimpute (1.0.3 dfsg-5)

attribution d’épigénome systématique à grande échelle

cif-linguist (0.4.2-5 b2)

transformation de données entre formats et dialectes de CIF

cif-tools (1.0.12-4)

Suite of tools to manipulate, validate and query mmCIF files

cif2hkl (1.4.5 ds1-1)

Convert crystallographic descriptions into HKL F^2 reflection lists

circos (0.69.9 dfsg-2)

outil de dessin pour visualiser des données

circos-tools (0.23-1)

Traceur pour visualisation de données — utilitaires auxiliaires

ckon (0.7.1-5 b5 [arm64], 0.7.1-5 b4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el], 0.7.1-5 b3 [riscv64, s390x])

outil de compilation automatique pour le logiciel d'analyse de données ROOT

clearcut (1.0.9 git20211013.b799afe-1 b1 [arm64, riscv64], 1.0.9 git20211013.b799afe-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace

clonalframe (1.2-11 b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 1.2-11 b2 [riscv64])

inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus

clonalframeml (1.13-1 b1 [arm64], 1.13-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières

clonalorigin (1.0-8 b1)

inférence de recombinaison homologue dans les bactéries grâce à des séquences de génomes entiers

clustalo (1.2.4-8 b1 [arm64], 1.2.4-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines

clustalw (2.1 lgpl-7 b1 [arm64, riscv64], 2.1 lgpl-7 [amd64, mips64el, ppc64el, s390x])

alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

clustalx (2.1 lgpl-9 b2 [arm64, riscv64], 2.1 lgpl-9 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique

cluster3 (1.59 ds-6) [non-free]

Reimplementation of the Eisen-clustering software

cmor-tables (3.3-1.1)

tables MIP pour la bibliothèque de réécriture de sortie de modèle de climat

cnvkit (0.9.10-2)

Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

cod-tools (3.10.0 dfsg-2 b2)

tools for manipulating CIF format files

codonw (1.4.4-8 b1 [arm64], 1.4.4-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

analyse de correspondance d'utilisation de codon

coinor-cbc (2.10.12 ds-1)

solveur de programmes en variables mixtes par branch-and-cut COIN-OR

coinor-clp (1.17.10 ds-1)

solveur de programmation linéaire COIN-OR

coinor-csdp (6.2.0-5 b2)

paquet logiciel de programmation semi-définie – binaires

coinor-libbonmin4t64 (1.8.9-1.1 b2)

COIN-OR mixed integer programming

coinor-libcbc3.1 (2.10.12 ds-1)

solveur de programmes en variables mixtes par branch-and-cut COIN-OR – bibliothèques partagées

coinor-libcgl1 (0.60.9 ds-1)

bibliothèque de génération de coupes COIN-OR

coinor-libclp1 (1.17.10 ds-1)

solveur de programmation linéaire COIN-OR – bibliothèques partagées

coinor-libcoinutils3v5 (2.11.11 ds-1 b1)

COIN-OR collection of utility classes (shared libraries)

coinor-libosi1v5 (0.108.10 ds-1 b1)

interface de solveur ouverte COIN-OR

coinor-libvol1 (1.5.4-4 b1 [arm64, riscv64], 1.5.4-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Coin-or linear programming solver (libraries)

colmap (3.10-1 b1 [arm64], 3.10-1 [amd64, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Structure-from-Motion et Multi-View Stereo

comet-ms (2019015 cleaned1-4.1 b1 [arm64], 2019015 cleaned1-4.1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

moteur de recherche de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS)

concavity (0.1 dfsg.1-5 b1 [arm64, riscv64], 0.1 dfsg.1-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

prédicteur de sites de liaisons de ligands de la protéine à partir de la structure et de la conservation

conda-package-handling (2.3.0-1)

création et extraction de paquets conda de différents formats

condor (23.6.2 dfsg-2)

système distribué de gestion de charge de travail

condor-annex-ec2 (23.6.2 dfsg-2)

distributed workload management system - single node configuration

condor-kbdd (23.6.2 dfsg-2)

système distribué de gestion de charge de travail – configuration d’un simple nœud

condor-test (23.6.2 dfsg-2)

distributed workload management system - single node configuration

condor-upgrade-checks (23.6.2 dfsg-2)

distributed workload management system - single node configuration

condor-vm-gahp (23.6.2 dfsg-2)

distributed workload management system - single node configuration

connectome-workbench (2.0.1-1)

outil de visualisation du cerveau, d'analyse et de découverte

conservation-code (20110309.0-8)

outil de notation de la conservation des séquences de protéines

covtobed (1.3.5 dfsg-2 b1 [arm64, riscv64], 1.3.5 dfsg-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

conversion de « track » de couverture d’un fichier BAM dans un fichier BED

covtobed-examples (1.3.5 dfsg-2)

données d’exemple et scripts pour mindthegap

cpptraj (5.1.0 dfsg-4)

fast, parallelized molecular dynamics trajectory data analysis

cpuinfo (0.0~git20240830.fa1c679-5)

CPU INFOrmation library (binary utilities)

crac (2.5.2 dfsg-6 b1 [arm64, mips64el, ppc64el, riscv64], 2.5.2 dfsg-6 [amd64])

integrated RNA-Seq read analysis

critterding (1.0-beta12.1 dfsg-1)

évolution de la vie artificielle

ctdconverter (2.1-8)

Convert CTD files into Galaxy tool and CWL CommandLineTool files

ctffind (4.1.14-3 b1 [arm64], 4.1.14-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

fast and accurate defocus estimation from electron micrographs

ctsim (6.0.2-6 b6 [mips64el], 6.0.2-6 b5 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x], 6.0.2-6 b4 [riscv64])

Simulateur de tomographie calculée

ctsim-help (6.0.2-6)

fichier d’aide en ligne pour CTSim

cufflinks (2.2.1 dfsg.1-10) [non-free]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

cutadapt (4.7-2)

Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

cutesv (2.1.1-1)

comprehensive discovery of structural variations of genomic sequences

cwl-upgrader (1.2.11-1)

Common Workflow Language standalone document upgrader

cwlformat (2022.02.18-3)

code formatter for Common Workflow Language

cwltest (2.5.20240906231108-1)

cadriciel de test pour le Common Workflow Language

cwltool (3.1.20241024121129-1)

implémentation de la référence du langage Common Workflow

cwltool-doc (3.1.20241024121129-1)

Common Workflow Language reference implementation -- docs

daligner (1.0 git20240119.335105d-3 b1 [arm64], 1.0 git20240119.335105d-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

alignements locaux parmi des lectures longues de séquençages de nucléotide

damapper (0.0 git20240314.b025cf9-1)

long read to reference genome mapping tool

darknet (0.0.0 git20180914.61c9d02e-3)

réseaux neuronaux au code source ouvert en C

dascrubber (1.1-4 b1 [arm64, riscv64], 1.1-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

datalad (1.1.4-1)

data files management and distribution platform

datalad-container (1.2.5-1)

DataLad extension for working with containerized environments

dawg (1.2-4 b2 [arm64], 1.2-4 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

simulate the evolution of recombinant DNA sequences

dazzdb (1.0 git20240115.be65e59-1 b1 [arm64], 1.0 git20240115.be65e59-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

manage nucleotide sequencing read data

dcl-f77 (7.5.1-2)

GFD-DENNOU Club Library (DCL) – version FORTRAN 77

dcm2niix (1.0.20240202-1)

convertisseur de dernière génération DICOM vers NIfTI

dcmtk (3.6.8-6 b1)

utilitaires en ligne de commande de la boîte à outils OFFIS DICOM

dcmtk-data (3.6.8-6)

OFFIS DICOM toolkit data files

debian-astro-logo (4.1)

logo du mélange exclusif Debian Astronomie

deblur (1.1.1-2)

deconvolution for Illumina amplicon sequencing

delly (1.1.8-1 b3 [arm64], 1.1.8-1 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

découverte de variantes structurelles par analyse des lectures

density-fitness (1.0.12-2)

Calculates per-residue electron density scores

dextractor (1.0-6 b2 [riscv64], 1.0-6 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

(d)extractor and compression command library

dh-r (20231212)

outils d’aide de Debian pour empaqueter les bibliothèques R

dialign (2.2.1-13 b1 [arm64], 2.2.1-13 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

alignement de plusieurs séquences par segments

dialign-tx (1.0.2-15 b1 [arm64], 1.0.2-15 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

alignement séquentiel multiple basé sur les segments

dialign-tx-data (1.0.2-15)

alignement de plusieurs séquences par segments – fichiers de données

dials (3.22.1 dfsg3-1)

Diffraction Integration for Advanced Light Sources

diamond-aligner (2.1.9-1)

aligneur de séquence locale accéléré compatible avec BLAST

dimbl (0.17-2 b1 [arm64], 0.17-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

apprentissage automatique distribué

discosnp (1:2.6.2-4)

détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

disulfinder (1.2.11-12 b1 [arm64, riscv64], 1.2.11-12 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

prédiction de pont disulfure et de leur connectivité

disulfinder-data (1.2.11-12)

fichiers de données pour la prédiction de pont disulfure dans les protéines

dlmodelbox (1.1.1-1)

Swiss Army Knife of Deep Learning Models

dmrgpp (6.06-2)

algorithme de Groupe de Renormalisation de la Matrice Densité (DMRG)

dnaclust (3-7 b4 [arm64], 3-7 b3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 3-7 b1 [riscv64])

outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN

dnapi (1.1-3)

prédiction d’adaptateur pour de petits séquençages d’ARN – outils

dnarrange (1.5.3-1)

méthode pour trouver des réarrangements de lectures longues d’ADN relatives à une séquence génomique

doris (5.0.3~beta dfsg-17) [contrib]

Delft object-oriented radar interferometric software

dotter (4.44.1 dfsg-7.1 b2)

comparaison détaillée de deux séquences génétiques

dozzaqueux (3.51-4)

simulateur pour des mélanges chimiques

dozzaqueux-data (3.51-4)

databases for chemical mixtures

dpuser (4.2 dfsg-1)

Interactive language for handling numbers, strings, and matrices

drat-trim (0.0~git20240428.effa1dc-2)

DART-trim satisfiability proof checker (binary utils)

drat-trim-examples (0.0~git20240428.effa1dc-2)

DART-trim satisfiability proof checker (example files)

drawxtl (5.5-6.1 b2 [arm64, riscv64], 5.5-6.1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

visionneur de structures cristallographiques

drop-seq-testdata (3.0.2 dfsg-1)

analyse de données de Drop-seq – données de test

drop-seq-tools (3.0.2 dfsg-1)

analyzing Drop-seq data

drs4eb (5.0.6 git20211217 ds-4 b1 [arm64], 5.0.6 git20211217 ds-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

logiciel pour la carte d’évaluation de DSR4

drslib (0.3.2-1)

Command-line tools for the Data Reference Syntax library

dsdp (5.8-10.1)

logiciel pour la programmation semi-définie positive

dssp (4.4.10-1)

assignation de la structure secondaire de la protéine basée sur la structure en 3D

dwgsim (0.1.14-3)

simulateur de lectures courtes de séquençage

dx (1:4.4.4-18)

OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) : paquet principal

dxf2gcode (20240509-2)

dessins de pièces pour des machines-outils à commande numérique

dxsamples (4.4.0-5)

Programmes d'exemples pour OpenDX Data Explorer

e-mem (1.0.1-5 b1 [arm64, riscv64], 1.0.1-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

calcul efficace des MEM pour de très grands génomes

e00compr (1.0.1-7 b1 [arm64, riscv64], 1.0.1-7 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

programme de lecture et écriture de fichiers compressés E00 d’Arcinfo

ea-utils (1.1.2 dfsg-9 b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 1.1.2 dfsg-9 b2 [riscv64])

command-line tools for processing biological sequencing data

easychem (0.6-9 b2 [arm64, riscv64], 0.6-9 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

trace des molécules et des formules chimiques 2D de haute qualité

ecaccess (4.0.1-1.1)

clients pour accéder aux fonctions du CEPMMT

ecflow-client (5.13.6-1)

outils client pour des flux de travaux météorologiques

ecflow-server (5.13.6-1)

contrôleur de flux de travaux météorologiques – serveur

ecopcr (1.0.1 dfsg-5 b1 [arm64], 1.0.1 dfsg-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

estimate PCR barcode primers quality

ectrans-utils (1.5.0-3)

Spherical Harmonics Transforms library - utilities

edfbrowser (2.12 dfsg-1)

visualisateur pour les fichiers de stockage biomédicaux tels que BDF et EDF

edlib-aligner (1.2.7-6 b2)

edlib sequence alignment tool using edit distance

edtsurf (0.2009-10 b1 [arm64, riscv64], 0.2009-10 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

surfaces de maillage triangulaire pour les structures de protéines

eigensoft (8.0.0 dfsg-2 b1)

reduction of population bias for genetic analyses

elastix (5.1.0-1)

Boîte à outils pour le recalage rigide et non-rigide d'images

elki (0.7.1-10.1)

cadriciel de développement pour des algorithmes d’exploration de données

elki-dev (0.7.1-10.1)

Data mining algorithm development framework - development files

elph (1.0.1-5 b1 [arm64, riscv64], 1.0.1-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

DNA/protein sequence motif finder

embassy-domainatrix (0.1.660-5 b1 [arm64], 0.1.660-5 [amd64, mips64el, ppc64el, riscv64])

commandes supplémentaires EMBOSS pour manipuler un fichier de classification de domaines

embassy-domalign (0.1.660-5 b1 [arm64], 0.1.660-5 [amd64, mips64el, ppc64el, riscv64])

commandes EMBOSS additionnelles pour l'alignement dans le domaine des protéines

embassy-domsearch (1:0.1.660-4 b1 [arm64], 1:0.1.660-4 [amd64, mips64el, ppc64el, riscv64])

commandes supplémentaires EMBOSS pour la recherche dans les domaines de la protéine

emboss (6.6.0 dfsg-15 b1 [arm64], 6.6.0 dfsg-15 [amd64, mips64el, ppc64el, riscv64])

ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne

emboss-data (6.6.0 dfsg-15)

fichiers de données pour le paquet EMBOSS

emboss-explorer (2.2.0-12)

interface web graphique pour EMBOSS

emboss-lib (6.6.0 dfsg-15 b1 [arm64], 6.6.0 dfsg-15 [amd64, mips64el, ppc64el, riscv64])

EMBOSS Libraries

emmax (0~beta.20100307-5 b1 [arm64, riscv64], 0~beta.20100307-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

cartographie génétique en fonction de la structure de la population

engauge-digitizer (12.1 ds.1-1 b2 [arm64, riscv64], 12.1 ds.1-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

extraction interactive des valeurs depuis des images bitmap ou des cartes

ent (1.2debian-3 b1 [arm64, riscv64], 1.2debian-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

programme de test de séquences de nombres pseudo-aléatoires

epics-base (7.0.8.1 dfsg1-6)

EPICS tools

ergo (3.8.2-1.1)

Quantum chemistry program for large-scale calculations

ergo-data (3.8.2-1.1)

Quantum chemistry program for large-scale calculations - data package

eso-midas (23.02pl1.0-3)

ESO-Midas (European Southern Observatory — Munich Image Data Analysis System)

eso-midas-testdata (23.02pl1.0-3)

Test data files for ESO-MIDAS

esorex (3.13.7 ds-1 b1 [arm64, riscv64], 3.13.7 ds-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

outils d’exécution pour des automatismes de l’Observatoire européen austral

estscan (3.0.3-6 b1 [arm64, riscv64], 3.0.3-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

détecteur indépendant du cadre de lecture ouvert pour les séquences codantes d’ADN

etsf-io (1.0.4-5 b2 [arm64, riscv64], 1.0.4-5 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Binary tools to check, merge and read ETSF files

examl (3.0.22-6 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.0.22-6 [armel, armhf, i386])

code Exascale Maximum Likelihood (ExaML) pour l’inférence phylogénétique

exonerate (2.4.0-5 b2 [arm64, riscv64], 2.4.0-5 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

outil générique pour la comparaison de deux séquences

expeyes (5.3.3 repack-1)

infrastructure logicielle et matérielle pour développer des expériences scientifiques

expeyes-clib (5.3.3 repack-1)

infrastructure logicielle et matérielle pour développer des expériences scientifiques

eye (22.1201.1601~ds-1)

semantic web reasoning engine

eyes17 (5.3.3 repack-1)

infrastructure logicielle et matérielle pour développer des expériences scientifiques

eyes17-manuals-en (5.3.1 repack-1)

manuel d’utilisation d’EYES17 – version anglaise

eyes17-manuals-es (5.3.1 repack-1)

Eyes17 User Manuals (Spanish version)

eyes17-manuals-fr (5.3.1 repack-1)

manuel d’utilisation d’EYES17 – version française

eyes17-manuals-ml (5.3.1 repack-1)

Eyes17 User Manuals (Malayalam version)

fast5 (0.6.5-8)

utilities for manipulating Oxford Nanopore Fast5 files

fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-3)

tools for searching collections of biological sequences

fastahack (1.0.0 dfsg-11 b2)

utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

fastani (1.33-3 b2 [riscv64], 1.33-3 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Fast alignment-free computation of whole-genome Average Nucleotide Identity

fastaq (3.17.0-9)

outils de manipulation de fichiers FASTA ou FASTQ

fastdnaml (1.2.2-17 b1 [arm64], 1.2.2-17 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN

fastlink (4.1P-fix100 dfsg-5 b1 [arm64], 4.1P-fix100 dfsg-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

version plus rapide des programmes de généalogie génétique Linkage

fastml (3.11-4 b1 [arm64], 3.11-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

reconstruction d’ancestrales séquences d’acide aminé par maximum de vraisemblance

fastp (0.23.4 dfsg-1 b1 [arm64, riscv64], 0.23.4 dfsg-1 [amd64, armel, armhf, mips64el, ppc64el, s390x])

Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

fastq-pair (1.0-3 b1 [arm64, riscv64], 1.0-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

réécriture des appairages fastq pour que toutes les lectures aient une partenaire et éviter les singletons

fastqc (0.12.1 dfsg-4)

contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

fastqtl (2.184 v7 dfsg-4 b3)

mappage de LCQ (locus de caractères quantitatifs) dans cis pour les phénotypes moléculaires

fasttext (0.9.2 ds-7 b3)

bibliothèque pour l’apprentissage efficace de représentation de mots et de classification de phrases

fasttree (2.1.11-2 b1 [arm64, riscv64], 2.1.11-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

fcc (2.16-1 b1 [riscv64], 2.16-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Script to compile C/C programs and link to Fortran libraries

feedgnuplot (1.62-1)

frontal pour Gnuplot orienté tuyauterie (pipe)

feff85exafs (0.2 dfsg-2 b1 [riscv64], 0.2 dfsg-2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

calculs théoriques au code source ouvert pour EXAFS

ffindex (0.9.9.9-7 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 0.9.9.9-7 [armel, armhf, i386])

index/base de données simple pour d'énormes quantités de petits fichiers

fiat-utils (1.4.1-1 b1)

Fortran IFS and Arpege Toolkit - utilities

figtree (1.4.4-6)

visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique

filtlong (0.2.1-4 b1 [arm64, riscv64], 0.2.1-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

quality filtering tool for long reads of genome sequences

filtlong-data (0.2.1-4)

filtrage de lectures longues selon leur qualité de séquences de génome – données de test

finalcif (137 dfsg-2)

editor for Crystallographic Information Format

firm-phoenix-ware (4.7.5 repack-2)

microprogramme nécessaires pour les systèmes publiés par le projet PHOENIX

fitgcp (0.0.20150429-5)

fitting genome coverage distributions with mixture models

fitscut (1.4.4-6 b1 [arm64], 1.4.4-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Extract cutouts from FITS image format files

fitsh (0.9.4-1 b1 [arm64, riscv64], 0.9.4-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Software package for astronomical image processing

fitspng (2.0-2 b2 [arm64], 2.0-2 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

FITS to PNG converter

fitsverify (4.22 cfitsio4.5.0-5)

paquet factice de transition

fitsverify

paquet virtuel fourni par libcfitsio-bin

fityk (1.3.2-3 b5 [arm64, armhf, mips64el, riscv64], 1.3.2-3 b4 [amd64, armel, i386, ppc64el, s390x])

ajustement de courbes et analyse de données non linéaires d’usage général

flash (1.2.11-2 b1 [arm64, riscv64], 1.2.11-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Fast Length Adjustment of SHort reads

flexbar (1:3.5.0-5 b1 [arm64, riscv64], 1:3.5.0-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

flextra (5.0-17 b1 [riscv64], 5.0-17 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el])

modèle de trajectoire pour tracer les phénomènes de transport aérien

flye (2.9.5 dfsg-1)

assembleur de novo pour les lectures de séquençage de molécule unique utilisant un graphe de répétitions

fml-asm (0.1 git20190320.b499514-1 b2)

outil pour l’assemblage Illumina de lectures courtes pour de petites régions

foma (1:0.10.0 s311.20240712-1)

outils pour construire des automates à états finis

form (4.3.1 git20240409 ds-2 b1)

système de manipulation symbolique

fractalnow (0.8.2-5 b2 [arm64, riscv64], 0.8.2-5 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

générateur rapide et avancé de fractales

free42-nologo (3.1.10 ds-1)

Free42 est une réimplémentation du calculateur HP-42S

freecad (0.21.2 dfsg1-6)

programme extensible et au code source ouvert de CFAO

freecad-common (0.21.2 dfsg1-6)

Extensible Open Source CAx program - common files

freecad-python3 (0.21.2 dfsg1-6 b1)

programme extensible et au code source ouvert de CFAO – binaires en Python 3

freecontact (1.0.21-14)

prédicteur rapide de contact de protéine

freesasa (2.1.2-4 b1 [arm64, riscv64], 2.1.2-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Solvent Accessible Surface Area of biomolecules

frog (0.32-2 b1)

analyseur et étiqueteur pour les langages naturels – environnement d’exécution

frogdata (0.22-1)

Data files for Frog

fsa (1.15.9 dfsg-6 b1 [arm64, riscv64], 1.15.9 dfsg-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences

fsm-lite (1.0-8 b1 [arm64, riscv64], 1.0-8 [amd64, mips64el, ppc64el, s390x])

frequency-based string mining (lite)

ftools-fv (5.5.3 dfsg-1)

outil pour afficher et éditer des fichiers au format FITS

ftools-pow (5.5.3 dfsg-1 b1)

outil de tracé de courbe et d’interface d’affichage d’image

funtools (1.4.8-1.1 b2)

Minimal buy-in FITS utility package

fxt-tools (0.3.13-4.1 b1)

bibliothèque de traçage multifil

galileo (0.5.1-11)

utilitaire pour synchroniser solidement un périphérique Fitbit avec le service web de Fitbit

galileo-daemon (0.5.1-11)

utilitaire pour synchroniser solidement un périphérique Fitbit – démon

galvani (0.38-1)

reads data from a device with graphical plots and evaluation

garlic (1.6-3 b1 [amd64, arm64, riscv64], 1.6-3 [armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

logiciel de visualisation de biomolécules

gasic (0.0.r19-8)

genome abundance similarity correction

gasic-examples (0.0.r19-8)

genome abundance similarity correction (example data)

gatb-core (1.4.2 dfsg-13 b2)

boite à outils génomique avec le graphe de de Bruijn

gatb-core-testdata (1.4.2 dfsg-13)

boite à outils génomique avec le graphe de de Bruijn – données de test

gausssum (3.0.2-2)

analyse et affichage de sorties Gaussian, GAMESS…

gbrowse (2.56 dfsg-12)

navigateur de génome générique GMOD

gbrowse-calign (2.56 dfsg-12 b3)

outil auxiliaire CAlign

gbrowse-data (2.56 dfsg-12)

données d’échantillon pour utiliser GBrowse

gbutils (6.3-1 b2 [riscv64], 6.3-1 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

utilities for command line econometrics

gdal-bin (3.9.3 dfsg-1 b1)

Bibliothèque d'abstraction de données géospatiales - outils

gdal-data (3.9.3 dfsg-1)

Geospatial Data Abstraction Library - Data files

gdal-plugins (3.9.3 dfsg-1 b1)

Geospatial Data Abstraction Library - Plugins

gdl-astrolib (2022.09.12 dfsg-2)

Low-level astronomy software for GDL

gdl-mpfit (1.85 2017.01.03-4)

Robust non-linear least squares curve fitting for GDL

gdpc (2.2.5-16 b2 [arm64, riscv64], 2.2.5-16 b1 [amd64, mips64el, ppc64el])

Visualisateur de simulations de dynamique moléculaire

gdpc-examples (2.2.5-16)

fichiers d’exemples pour le programme gdpc

gelemental (2.0.2-1.1 b2)

visionneuse de tableau périodique des éléments

gemma (0.98.5 dfsg-2 b2 [riscv64], 0.98.5 dfsg-2 b1 [amd64, arm64, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Genome-wide Efficient Mixed Model Association

gemma-doc (0.98.5 dfsg-2)

Example folder for GEMMA

gemmi (0.6.5 ds-2 b1 [arm64], 0.6.5 ds-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

bibliothèque pour la biologie structurale – exécutable

genometester (4.0 git20200511.91cecb5 dfsg-1 b1 [arm64, riscv64], 4.0 git20200511.91cecb5 dfsg-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

boîte à outils pour réaliser des opérations d’ensembles sur des listes de k-mères

genomethreader (1.7.3 dfsg-10 b2 [arm64, mips64el], 1.7.3 dfsg-10 b1 [amd64, armel, armhf, i386, ppc64el, riscv64, s390x])

outil logiciel pour le calcul de prédictions de structure de gène

genometools (1.6.5 ds-2.2)

boîte à outils polyvalente d'analyse du génome

genometools-common (1.6.5 ds-2.2)

shared data files for GenomeTools

gentle (1.9.5~alpha2 dfsg1-2)

suite pour le clonage de molécule et l’analyse de séquence

geographiclib-tools (2.4-1 b1)

bibliothèque C pour résoudre des problèmes géodésiques –⋅outils

geotiff-bin (1.7.3-1 b1)

bibliothèque GeoTIFF (geografic enabled TIFF) – outils

gerris (20131206 dfsg-21 b1)

solveur hydrodynamique Gerris

getdata (0.2-4)

management of external databases

gff2aplot (2.0-15 b1 [arm64], 2.0-15 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript

gff2ps (0.98l-6)

Produit des graphiques PostScript à partir de fichiers GFF

gffread (0.12.7-8)

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

gfsview-batch (20121130 dfsg-8.1 b4)

visualisateur graphique de fichiers de simulation avec Gerris – traitement par lot

gftl-dev (1.3.0 is-really-1.2.7-1)

Containers and iterators for Fortran

gftl-shared-dev (1.0.7-2 b1 [riscv64], 1.0.7-2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Common gFTL containers of Fortran intrinsic types

ggd-utils (1.0.0 ds-1 b12 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 1.0.0 ds-1 b7 [riscv64])

programs for use in ggd

ghkl (5.1.2-2)

application de contrôle de calculs de diffractomètre

ghmm (0.9~rc3-10)

General Hidden-Markov-Model library - tools

ginga (5.2.0-1)

Astronomical image viewer

gjh-asl-json (0.0 git20210628.867c5da-1 b1 [arm64, riscv64], 0.0 git20210628.867c5da-1 [amd64, mips64el, ppc64el, s390x])

gjh solver, like solver from AMPL Library

glam2 (1064-10)

motifs de protéines lacunaires de séquences non alignées

glgrib-data (1.0-4)

affichage des champs GRIB2 utilisant OpenGL – données pour glgrib

glgrib-egl (1.0-4 b2)

Render geophysical fields encoded in GRIB edition 2 using OpenGL

glgrib-glfw (1.0-4 b2)

Interactive display for geophysical fields encoded in GRIB2

glgrib-shaders (1.0-4)

Display GRIB2 fields using OpenGL (shaders for glgrib)

glgrib-testdata (1.0-4)

Display GRIB2 fields using OpenGL (test data for glgrib)

glgrib-tk (1.0-4 b2)

Display GRIB2 fields using OpenGL (Perl/Tk interface)

gliese (3.0.95-3) [non-free]

stellar data set from the Third Catalogue of Nearby Stars

glueviz (1.17.1 dfsg-2)

visualisation de données liées

gmap (2024-11-20 ds-1)

alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

gmt (6.5.0 dfsg-3 b2)

outils de cartographie générique

gmt-common (6.5.0 dfsg-3)

outils de cartographie générique – fichiers indépendants de l’architecture

gmt-dcw (2.2.0-1)

Digital Chart of the World (DCW) for GMT

gmt-gshhg (2.3.7-6)

Global Self-consistent Hierarchical High-resolution Geography (GSHHG)

gmt-gshhg-full (2.3.7-6)

trait de côte de haute résolution pour GMT (Generic Mapping Tools)

gmt-gshhg-high (2.3.7-6)

traits de côte dans une haute résolution pour GMT (Generic Mapping Tools)

gmt-gshhg-low (2.3.7-6)

traits de côte en basse résolution pour GMT (Generic Mapping Tools)

gmtsar (6.5 ds-2)

InSAR processing system based on Generic Mapping Tools - metapackage

gmtsar-core (6.5 ds-2 b1 [arm64], 6.5 ds-2 [amd64, i386, ppc64el, s390x])

InSAR processing system based on Generic Mapping Tools - core

gmtsar-data (6.5 ds-2)

InSAR processing system based on Generic Mapping Tools - data

gmtsar-scripts (6.5 ds-2)

InSAR processing system based on Generic Mapping Tools - scripts

gnuastro (0.23-2 b1)

programmes GNU Astronomy Utilities

goby-java (3.3.1 dfsg2-11)

next-generation sequencing data and results analysis tool

gpaw-data (24.1.0-1)

gpaw datasets/setups

gperiodic (3.0.3-2)

Table périodique des éléments

gpx (2.6.8-1 b1 [arm64, riscv64], 2.6.8-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

post-traitement de conversion gcode vers x3g

grabix (0.1.7-4 b1 [arm64, riscv64], 0.1.7-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

wee tool for random access into BGZF files

graphlan (1.1.3-6)

circular representations of taxonomic and phylogenetic trees

grass (8.4.0-1)

système de gestion et d’analyse de ressources géographiques – SIG GRASS

grass-core (8.4.0-1)

composants centraux du SIG GRASS

grass-gui (8.4.0-1)

interfaces utilisateur graphiques pour le SIG GRASS

gravit (0.5.1 dfsg-6 b2 [arm64, riscv64], 0.5.1 dfsg-6 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

simulateur de gravité à couper le souffle

gravit-data (0.5.1 dfsg-6)

fichiers de données pour Gravit

gri (2.12.27-1.2)

langage pour l'illustration scientifique

grinder (0.5.4-6)

simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques

gromacs (2024.4-1 b1)

Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation

gromacs-data (2024.4-1)

simulateur de dynamique moléculaire GROMACS – données et documentation

groops (0 git20240830 ds-1 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 0 git20240830 ds-1 [armhf, i386]) [non-free]

software toolkit for gravity field recovery and GNSS processing

groops-gui (0 git20240830 ds-1 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 0 git20240830 ds-1 [armhf, i386]) [non-free]

software toolkit for gravity field recovery and GNSS processing (GUI)

gsort (0.1.4-3 b18 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 0.1.4-3 b7 [riscv64])

sort genomic data

gubbins (3.4-1)

phylogenetic analysis of genome sequences

gvb (1.4-1.1)

visual simulator of 1 and 2-dimensional vibrations

gwama (2.2.2 dfsg-5 b1 [arm64, riscv64], 2.2.2 dfsg-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Genome-Wide Association Meta Analysis

gwyddion (2.67-1)

outil d'analyse et de visualisation de données SPM (« Scanning Probe Microscopy »)

gwyddion-common (2.67-1)

fichiers indépendants de l’architecture pour Gwyddion, outil d’analyse SPM

h5utils (1.13.2-1 b2 [arm64, riscv64], 1.13.2-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

outils de visualisation de fichiers HDF5

harminv (1.4.2-1 b1 [arm64, riscv64], 1.4.2-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

extraction of complex frequencies and amplitudes from time series

harvest-tools (1.3-8 b6 [armel, armhf], 1.3-8 b5 [arm64], 1.3-8 b4 [amd64, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 1.3-8 b3 [riscv64])

archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »

hdf-compass (0.7~b15-1)

visualisateur pour les formats HDF5 et apparentés

hdf5-filter-plugin (0.0~git20221111.49e3b65-4 b2 [arm64, riscv64], 0.0~git20221111.49e3b65-4 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

filtres externes pour HDF5 : LZ4, BZip2, Bitshuffle

hdf5-filter-plugin-blosc-serial (0.0~git20220616.9683f7d-5 b2 [arm64, riscv64], 0.0~git20220616.9683f7d-5 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

bibliothèque de compression sans perte, de réarrangement et de blocs

hdf5-filter-plugin-zfp-serial (1.1.1-2 b2 [arm64], 1.1.1-2 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64])

Compression plugin for the HDF5 library using ZFP compression

hdf5-helpers (1.10.10 repack-5 b1)

HDF5 – assistants

hdf5-tools (1.10.10 repack-5 b1)

HDF5 – outils d'exécution

herisvm (0.9.0-2)

outils d’apprentissage automatique pour des algorithmes de classification

heudiconv (1.3.2-1)

DICOM converter with support for structure heuristics

hfst-ospell (0.5.4-1 b2)

Spell checker library and tool based on HFST

hhsuite (3.3.0 ds-8 b2 [riscv64], 3.3.0 ds-8 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el])

recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM

hhsuite-data (3.3.0 ds-8)

recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM – données

hinge (0.5.0-7 b3 [arm64], 0.5.0-7 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64])

assembleur de lectures longues de génome basé sur des « pivots »

hisat2 (2.2.1-5 b1 [arm64], 2.2.1-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

hmmer (3.4 dfsg-2 b1 [arm64], 3.4 dfsg-2 [amd64, i386])

profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

hmmer2 (2.3.2 dfsg-12 b1)

profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

hodie (1.5.0-4 b1 [arm64], 1.5.0-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

affichage de la date en latin

horae (071~svn537 ds1-1) [contrib]

interactive graphical processing and analysis of EXAFS data

hpcc (1.5.0-4 b1)

mesureur de performance HPC Challenge

htcondor (23.6.2 dfsg-2)

paquet factice de transition

htcondor-annex-ec2 (23.6.2 dfsg-2)

paquet factice de transition

htcondor-test (23.6.2 dfsg-2)

paquet factice de transition

htcondor-upgrade-checks (23.6.2 dfsg-2)

paquet factice de transition

hyphy-common (2.5.63 dfsg-1)

test statistique en utilisant des phylogénies – fichiers communs

hyphy-mpi (2.5.63 dfsg-1 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 2.5.63 dfsg-1 [armel, armhf, i386])

Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)

hyphy-pt (2.5.63 dfsg-1 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 2.5.63 dfsg-1 [armel, armhf, i386])

Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)

idba (1.1.3-8 b1 [arm64, riscv64], 1.1.3-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

idba-extra (1.1.3-8 b1 [arm64, riscv64], 1.1.3-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

iterative De Bruijn Graph short read assemblers (extra tools)

ifeffit (2:1.2.11d-12.6 b1)

programme interactif d’analyse de XAFS

igblast (1.19.0-1 b2 [arm64, riscv64], 1.19.0-1 b1 [amd64, mips64el, ppc64el, s390x])

Immunoglobulin and T cell receptor variable domain sequence analysis

igor (1.4.0 dfsg-5 b1)

infers V(D)J recombination processes from sequencing data

igv (2.18.5 dfsg-1)

visualiseur génomique intégratif

illustrate (0.0 git20200923.217db48-2 b2 [arm64], 0.0 git20200923.217db48-2 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

cartoonish representations of large biological molecules

imagej (1.54g-1)

programme de traitement d’image ciblant les images de microscopie

imview (1.1.9h-4 b3 [arm64], 1.1.9h-4 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Application de visualisation et d'analyse d'images

indelible (1.03-6 b1 [arm64], 1.03-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

powerful and flexible simulator of biological evolution

indi-aagcloudwatcher-ng (1.7 20230106180155-1 b1 [arm64, riscv64], 1.7 20230106180155-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour l’appareil Cloud Watcher d’AAG

indi-aok (2.0 20221222093242-1 b2 [arm64, riscv64], 2.0 20221222093242-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour AOK Skywalker

indi-apogee (1.9 20221223184417-2 b1 [arm64], 1.9 20221223184417-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

INDI driver for Apogee CCDs and Filter Wheels

indi-armadillo-platypus (1.0 20221226082641-2 b2 [arm64], 1.0 20221226082641-2 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

pilote INDI pour Armadillo et Platypus de Lunatico Astronomia

indi-asi (2.2 20221225102500-1) [contrib]

INDI Driver for ZWO Optics ASI cameras

indi-astrolink4 (0.1 20221223182627-1 b1 [arm64, riscv64], 0.1 20221223182627-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

INDI driver for Astrolink 4.0 devices

indi-astromechfoc (0.2 20221223181816-1 b1 [arm64, riscv64], 0.2 20221223181816-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour « Canon Lens Controller » d’Astromechanics

indi-avalon (1.12 20221223132122-1 b1 [arm64, riscv64], 1.12 20221223132122-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour les montures d’Avalon Instruments

indi-beefocus (0.1 20221222010828-1 b1 [arm64, riscv64], 0.1 20221222010828-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote d’INDI pour Bee Focus

indi-bresserexos2 (1.0 20221223130124-1 b2 [arm64, riscv64], 1.0 20221223130124-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour la monture de télescope Exos II GoTo

indi-dreamfocuser (2.1 20221223125100-1 b1 [arm64, riscv64], 2.1 20221223125100-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

INDI driver for DeamFocuser focuser

indi-dsi (0.4 20221223123028-2 b1 [arm64], 0.4 20221223123028-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

INDI driver for Meade DSI Pro I/II/III

indi-eqmod (1.0 20230126190232-1 b2 [arm64, riscv64], 1.0 20230126190232-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour EQMod

indi-ffmv (0.3 20221223120905-2 b2 [arm64], 0.3 20221223120905-2 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

pilote INDI pour les appareils photographiques « Point Grey Firefly MV »

indi-fishcamp (1.1-2) [contrib]

INDI driver for Fishcamp Engineering CCD

indi-fli (1.5 20221225141318-1 b1 [arm64, riscv64], 1.5 20221225141318-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

INDI driver for FLI CCD & Focuser

indi-gige (0.1 20221223115700-2 b1 [arm64], 0.1 20221223115700-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

INDI driver for GigE machine vision cameras

indi-gphoto (3.2 20221221172841-2 b3 [arm64], 3.2 20221221172841-2 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

INDI driver for GPhoto (DSLR) Cameras

indi-gpsd (0.5 20221222000619-1 b4 [arm64], 0.5 20221222000619-1 b3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

pilote INDI pour le démon GPS gpsd

indi-gpsnmea (0.2 20221223114018-1 b1 [arm64, riscv64], 0.2 20221223114018-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour les transmissions GPS NMEA

indi-inovaplx (1.4 20221221105828-2) [contrib]

INDI driver for iNova PLX Cameras

indi-limesdr (1.4 20221223110308-1 b2 [arm64, riscv64], 1.4 20221223110308-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

INDI driver for LimeSDR (LMS7) Receiver

indi-maxdomeii (1.3 20221223105522-1 b1 [arm64, riscv64], 1.3 20221223105522-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour le système de contrôle MaxDome II

indi-mgen (0.1 20221222184336-1 b1 [arm64, riscv64], 0.1 20221222184336-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

INDI driver for Lacerta MGen Autoguider

indi-mi (1.8-1) [contrib]

INDI driver for cameras made by Moravian Instruments

indi-nexdome (1.5 20221222183051-1 b1 [arm64, riscv64], 1.5 20221222183051-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour NextDome

indi-nightscape (1.0.6 20221222181314-2 b2 [arm64], 1.0.6 20221222181314-2 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

INDI driver for Celestron Nightscape 8300

indi-orion-ssg3 (0.1 20221222180647-2 b2 [arm64], 0.1 20221222180647-2 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

pilote INDI pour les appareils photographiques StarShoot G3 et G4 d’Orion

indi-pentax (1.0 20221221102411-2) [contrib]

INDI driver for Pentax cameras

indi-playerone (0.9 20230105184731-3) [contrib]

INDI driver for cameras made by Playerone

indi-rtklib (1.0 20221222172722-1 b1 [arm64, riscv64], 1.0 20221222172722-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

INDI driver for precise positioning with RTKLIB

indi-sbig (2.1 20221220234924-4) [contrib]

INDI driver for SBIG cameras

indi-shelyak (1.0 20221222171819-1 b1 [arm64, riscv64], 1.0 20221222171819-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

INDI driver for Shelyak and Alpy Spectrograph

indi-spectracyber (1.3 20221222164952-1 b2 [arm64, riscv64], 1.3 20221222164952-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour le spectromètre de raie à 21 cm

indi-starbook (0.8 20221222163625-1 b2 [arm64, riscv64], 0.8 20221222163625-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour les contrôleurs de télescope Starbook de Vixen

indi-starbook-ten (0.1-2 b3 [arm64], 0.1-2 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

pilote INDI pour les contrôleurs de télescope Starbook Ten de Vixen

indi-sx (1.16 20221222162728-2 b2 [arm64], 1.16 20221222162728-2 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

INDI driver for Starlight Xpress CCD and Filter Wheel

indi-talon6 (2.0 20221222160901-1 b1 [arm64, riscv64], 2.0 20221222160901-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

INDI driver for Talon6 Roll Off Roof

indi-webcam (1.0 20221222161740-1 b2)

INDI Driver for web cameras

indi-weewx-json (1.0-1 b2 [amd64, arm64, riscv64], 1.0-1 b1 [armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour la station météorologique WeeWX

indigo-utils (1.2.3-3.1 b1 [arm64, riscv64], 1.2.3-3.1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Organic Chemistry Toolkit Utilities

infernal (1.1.5-2)

inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

inhomog (0.1.9.2-1 b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 0.1.9.2-1 b2 [riscv64])

kinematical backreaction and average scale factor evolution

inkscape-speleo (1.8-4)

Inkscape plugin to help draw surveys

inkscape-survex-export (2.0-1)

greffon d’Inkscape pour numériser les impressions de levé

insilicoseq (2.0.1-1)

simulateur de séquençage produisant des lectures Illumina réalistes

ipig (0.0.r5-4 b1 [riscv64], 0.0.r5-4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

intégration de PSM dans des visualisations de navigateur de génome

iqtree (2.0.7 dfsg-1 b2)

logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance

iraf (2.18.1~rc1-2)

Image Reduction and Analysis Facility

iraf-dev (2.18.1~rc1-2)

Image Reduction and Analysis Facility (development files)

iraf-fitsutil (2024.07.06-1)

FITS utilities for IRAF

iraf-mscred (5.05 2018.07.09-3 b1)

CCD mosaic reduction package for IRAF

iraf-noao (2.18.1~rc1-2)

paquet d’IRAF du NOAO pour la réduction de données

iraf-noao-dev (2.18.1~rc1-2)

IRAF NOAO data reduction package (development files)

iraf-rvsao (2.8.5-2 b1)

IRAF package to obtain radial velocities from spectra

iraf-sptable (1.0~pre20180612-3 b1)

IRAF package for Tabular Spectra

iraf-st4gem (1.0 ds-3)

Selected tools from the Space Telescope Science Data Analysis System

iraf-wcstools (3.9.7-1.1)

prise en charge du WCS d’une image FITS – paquet pour IRAF

iraf-xdimsum (2003.01.24-2)

Deep Infrared Mosaicing Software

irstlm (6.00.05-5)

boîte à outils de modélisation de langage IRST

ismrmrd-schema (1.8.0-2)

schema for ISMRMRD

ismrmrd-tools (1.8.0-2 b5)

command-line tools for ISMRMRD

iso2mesh-demos (1.9.8 ds-1)

fichiers d’échantillon et scripts de démo pour la boite à outils Iso2Mesh

iso2mesh-tools (1.9.8 ds-1)

3D mesh generation and repairing utilities

iva (1.0.11 ds-6)

assemblage itératif de séquences virales

ivar (1.4.3 dfsg-2 b1 [arm64], 1.4.3 dfsg-2 [amd64, i386, mips64el, riscv64])

fonctions largement utiles pour le séquençage de virus basé sur les amplicons

jaligner (1.0 dfsg-11)

algorithme de Smith-Waterman avec l'amélioration de Gotoh

jalview (2.11.4.0 dfsg-3)

éditeur d'alignement multiple

jblas (1.2.5 dfsg-1 b1 [riscv64], 1.2.5 dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

bibliothèque rapide d'algèbre linéaire pour Java

jbmc (6.1.1-2)

bounded model checker for Java programs

jellyfish (2.3.1-4)

count k-mers in DNA sequences

jellyfish-examples (2.3.1-4)

count k-mers in DNA sequences (examples for testing)

jellyfish1 (1.1.11-9 b1 [arm64, riscv64], 1.1.11-9 [amd64, mips64el, ppc64el])

count k-mers in DNA sequences

jemboss (6.6.0 dfsg-15)

interface graphique pour EMBOSS

jmodeltest (2.1.10 dfsg-12)

sélection par calculs intensifs de modèle de substitution de nucléotide

jmol (16.2.33 dfsg-1)

visualisateur moléculaire

jnifti-demos (0.6-3)

sample files and demo scripts for JNIfTI toolbox

jsamp (1.3.9-1)

Java Simple Application Messaging Protocol tool for VO

jube (2.7.1-2)

JUBE Benchmarking Environment

jupyter-notebook (6.4.13-5)

notebook interactif de Jupyter

kalign (1:3.4.0-1 b1)

Alignement séquentiel multiple global et progressif

kallisto (0.48.0 dfsg-4 b3 [mips64el], 0.48.0 dfsg-4 b2 [arm64, riscv64], 0.48.0 dfsg-4 b1 [amd64, ppc64el, s390x])

quantification RNA-seq presque optimale

kallisto-examples (0.48.0 dfsg-4)

near-optimal RNA-Seq quantification (example data)

kalzium (4:23.08.5-1 b1 [arm64], 4:23.08.5-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

outil de table périodique et de chimie

kalzium-data (4:23.08.5-1)

fichiers de données pour Kalzium

kaptive (2.0.8-1)

obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies

kaptive-data (2.0.8-1)

données de référence pour Kaptive pour l’assemblage de génome de Klebsielles

kaptive-example (2.0.8-1)

données d’exemples pour kaptive pour des assemblages du génome de klebsiella

kineticstools (0.6.1 git20220223.1326a4d dfsg-3)

détection de modification d’ADN

kineticstools-data (0.6.1 git20220223.1326a4d dfsg-3)

détection de modifications d’ADN – fichiers de données

king-probe (02.21-1 b1 [arm64, riscv64], 02.21-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

évaluation et visualisation de compacité interatomique de protéines

kissat (4.0.1-3)

Keep it simple and clean bare metal SAT solver

kissplice (2.6.7-1)

détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN

kleborate (2.4.1-3)

tool to screen Klebsiella genome assemblies

kleborate-examples (2.4.1-3)

outil pour filtrer des assemblages de génome de klebsiella – exemple de données

klustakwik (3.0.2 ds-2 b1 [arm64, riscv64], 3.0.2 ds-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

classement automatique des échantillons (pics) dans des regroupements

kma (1.4.15-1)

mapping genomic sequences to raw reads directly against redundant databases

kmc (3.2.4 dfsg-1 b1)

décompte de k-mers dans des séquences de génome

kmer (0~20150903 r2013-9)

suite of tools for DNA sequence analysis

kmer-examples (0~20150903 r2013-9)

sample data for kmer suite of tools for DNA sequence analysis

kmerresistance (2.2.0-4 b1 [arm64, riscv64], 2.2.0-4 [amd64, mips64el, ppc64el, s390x])

correlates mapped genes with the predicted species of WGS samples

konclude (0.7.0 1138 git20220514~dfsg-1 b2 [arm64, riscv64], 0.7.0 1138 git20220514~dfsg-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

raisonneur de logique descriptive basé sur les tableaux pour le web sémantique

kraken (1.1.1-4 b1 [arm64, riscv64], 1.1.1-4 [amd64, mips64el, ppc64el])

assigning taxonomic labels to short DNA sequences

kraken2 (2.1.3-1 b1 [arm64, riscv64], 2.1.3-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

taxonomic classification system using exact k-mer matches

kst (2.0.8-6 b2)

outil scientifique de tracé de données

kstars (5:3.6.2-2 b7 [armel, armhf], 5:3.6.2-2 b5 [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 5:3.6.2-2 b4 [riscv64])

planétarium de bureau, planification d’observations et contrôle de télescope

kstars-data (5:3.6.2-2)

fichiers de données pour le planétarium KStars

kstars-data-extra-tycho2 (1.1r1-9.1) [non-free]

Tycho-2 star catalog for KStars

lagan (2.0-10 b1 [arm64], 2.0-10 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

alignement global de séquences génomiques par paire, hautement paramétrable

lamarc (2.1.10.1 dfsg-7 b5 [arm64, mips64el], 2.1.10.1 dfsg-7 b4 [amd64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x], 2.1.10.1 dfsg-7 b3 [riscv64])

analyse de vraisemblance avec l’algorythme de Metropolis en utilisant la théorie de la coalescence

lamassemble (1.7.2-2)

fusion de lectures « longues » d’ADN chevauchantes en séquences consensus

lambda-align (1.0.3-6 b1 [arm64, riscv64], 1.0.3-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

aligneur local pour des données biologiques massives

lambda-align2 (2.0.1-3)

Local Aligner for Massive Biological DatA - v2

last-align (1542-1 b1)

comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

lastz (1.04.22-2 b1 [arm64, riscv64], 1.04.22-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

pairwise aligning DNA sequences

lastz-examples (1.04.22-2)

pairwise aligning DNA sequences (examples and test scripts)

lbt (1.2.2-7 b1 [arm64, riscv64], 1.2.2-7 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Convertit des formules LTL en automates Büchi

leaff (0~20150903 r2013-9)

biological sequence library utilities and applications

lefse (1.1.2-2)

determine features of organisms, clades, taxonomic units, genes

libatlas-ecmwf-utils (0.40.0-1)

Numerical weather prediction and climate modelling library - utilities

libbio-db-hts-perl (3.01-5)

Perl interface to the HTS library

libbio-tools-phylo-paml-perl (1.7.3-4)

Bioperl interface to the PAML suite

libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl (1.7.4-4)

Bioperl interface to Clustal W

libca4.14.4 (7.0.8.1 dfsg1-6)

EPICS channel access client library

libcg3-1 (1.4.6-1 b3)

Runtime for CG-3

libchemicaltagger-java (1.6.2-4)

tool for semantic text-mining in chemistry

libcom3.23.1 (7.0.8.1 dfsg1-6)

EPICS common library

libdlpack-dev (1.0-1)

Open In Memory Tensor Structure

libeccodes-data (2.39.0-1)

GRIB and BUFR enecoding/encoding software library - data

libeckit-utils (1.28.3-1 b1)

C toolkit for ECMWF tools and applications - development files

libfaiss-dev (1.9.0-5 b1)

efficient similarity search and clustering of dense vectors

libfckit-utils (0.13.2-1)

Library Fortran toolkit for interoperating Fortran with C/C

libgoby-io-java (3.3.1 dfsg2-11)

IO API for goby

libhdf5-jni (1.10.10 repack-5 b1)

native library used by libhdf5-java

libideep-dev (0.0~git20240814.41d636c-1)

Intel's mkldnn/dnnl wrapper for pytorch

libinchi-bin (1.07.1 dfsg-6)

International Chemical Identifier (InChI) algorithm (executable)

libjgrapht-java (1.5.2-1)

Java library of graph theory data structures and algorithms

libjgrapht-java

paquet virtuel fourni par libjgrapht0.8-java

liblemon-utils (1.3.1 dfsg-6 b2)

Library for Efficient Modeling and Optimization in Networks (utilities)

liblinear-tools (2.3.0 dfsg-5 b2)

applications autonomes pour LIBLINEAR

libmcpl-dev (1.3.2-3.1 b1 [arm64, riscv64], 1.3.2-3.1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Monte Carlo Particle Lists - development files

libmcpl1 (1.3.2-3.1 b1 [arm64, riscv64], 1.3.2-3.1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Monte Carlo Particle Lists - library

libmstoolkit-tools (82-7.2)

libraries for manipulating mass spectrometry data - tools

libocas-tools (0.97 dfsg-8 b2)

applications autonomes mettant en œuvre le solveur OCAS

libonnx-dev (1.16.2-1 b1)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (dev)

libonnx-testdata (1.16.2-1)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (test data)

libonnx1t64 (1.16.2-1 b1)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (libs)

libopm-simulators-bin (2024.10 ds-3 b1)

Parallel porous media / reservoir simulators -- applications

libopm-upscaling-bin (2024.10 ds-1 b1)

Porous media upscaling tools -- applications

liboscar4-java (5.2.0 dfsg-2)

automated annotation of chemistry in scientific articles

libphitsmcpl1 (1.3.2-3.1 b1 [arm64, riscv64], 1.3.2-3.1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Monte Carlo Particle Lists - PHITS library

libpluto-jpl-eph-dev (0.0~git20180228-1.1 b1 [arm64, riscv64], 0.0~git20180228-1.1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

development files to interact with JPL ephemeres data

libpluto-lunar-dev (0.0~git20180825.e34c1d1-1 b1 [amd64, arm64, riscv64], 0.0~git20180825.e34c1d1-1 [armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

development files for astronomical Lunar library

libqgis-customwidgets (3.34.13 dfsg-1)

composants graphiques personnalisés de QGIS pour QT Designer

libsigmf (1.0.2-3)

SigMF data format handling library

libsilo-bin (4.11-6.1 b1)

Utilities to manipulate libsilo files

libsmiles-scripts-java (0.2.0 dfsg1-6)

command line tools to handle SMILES descriptors - Java libraries

libsmiles-scripts-perl (0.2.0 dfsg1-6)

command line tools to handle SMILES descriptors - Perl libraries

libssm-bin (1.4.0-2 b3)

macromolecular superposition library - binaries

libsswmcpl1 (1.3.2-3.1 b1 [arm64, riscv64], 1.3.2-3.1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Monte Carlo Particle Lists - SSW library

libtrexio0 (2.2.3-3 b2)

TREX I/O library for efficient data I/O in quantum chemistry.

libuhd4.7.0-dpdk-tests (4.7.0.0 ds1-2 b1)

universal hardware driver for Ettus Research products - DPDK tests

libvcflib-tools (1.0.9 dfsg1-3 b2)

C library for parsing and manipulating VCF files (tools)

libvdjtools-java (1.2.1 git20190311 repack-2) [non-free]

Java library of vdjtools

libxgboost-dev (2.1.2-1)

Scalable and Flexible Gradient Boosting (Development)

libxgboost-predictor-java (0.3.1 dfsg-2)

Java implementation of XGBoost predictor for online prediction tasks

libxgboost0 (2.1.2-1)

Scalable and Flexible Gradient Boosting (Shared lib)

libxy-bin (1.6-3.1 b4)

xylib – utilitaires

libyade (2024.08a-4 b1)

plateforme pour la méthode des éléments distincts — bibliothèques

lighter (1.1.3-1)

fast and memory-efficient sequencing error corrector

litl-tools (0.1.9-13 b2)

Lightweight Trace Library - tools

llm (0.19.1-1) [contrib]

CLI utility and Python library for interacting with Large Language Models

loki (2.4.7.4-10 b1 [arm64, riscv64], 2.4.7.4-10 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

analyse de déséquilibre de liaison avec des chaînes de Markov

looktxt (1.4.1-3 b1 [arm64, riscv64], 1.4.1-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

conversion de fichier de format libre en format de données scientifiques

looptools (2.16-1 b1 [riscv64], 2.16-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

évaluation d’intégrale de diagramme de Feynman à une boucle

lorene (0.0.0~cvs20161116 dfsg-1.3)

framework for numerical relativity

lorene-codes-src (0.0.0~cvs20161116 dfsg-1.3)

source files of LORENE-based codes

ltrsift (1.0.2-10 b1 [arm64], 1.0.2-10 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

post-traitement et classification de rétrotransposons LTR

lttoolbox-dev (3.7.6-1 b2)

Development tools and library for lttoolbox

lucy (1.20-5 b1 [arm64], 1.20-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

DNA sequence quality and vector trimming tool

lumpy-sv (0.3.1 dfsg-7 b2 [riscv64], 0.3.1 dfsg-7 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el])

general probabilistic framework for structural variant discovery

lumpy-sv-examples (0.3.1 dfsg-7)

cadriciel probabiliste générique pour la découverte de variations structurelles – données

lutefisk (1.0.7 dfsg-7 b1 [arm64, riscv64], 1.0.7 dfsg-7 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

interprétation de novo d’un spectre de CID de peptide

lxi-tools (2.7-1 b2 [arm64, riscv64], 2.7-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

interface logicielle pour LXI (LAN eXtensions for Instrumentation)

m2kcli (0.9.0-3)

ADI tool for interfacing with the ADALM2000

macs (3.0.2-1 b1)

analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

macsyfinder (2.1.4-1)

detection of macromolecular systems in protein datasets

maffilter (1.3.1 dfsg-6 b1 [arm64], 1.3.1 dfsg-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

maffilter-examples (1.3.1 dfsg-6)

process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

mafft (7.505-1 b1 [arm64, riscv64], 7.505-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

malt (0.5.2-3)

sequence alignment and analysis tool to process sequencing data

mandelbrot-solver (3.2.1-10.1 b2)

Solver for Mandelbrot polynomials based on MPSolve

mapdamage (2.2.2 dfsg-1)

tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences

mapsembler2 (2.2.4 dfsg1-4 b1 [arm64], 2.2.4 dfsg1-4 [amd64, ppc64el, s390x])

bioinformatics targeted assembly software

maq (0.7.1-10)

correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence

maqview (0.2.5-12)

graphical read alignment viewer for short gene sequences

mash (2.3 dfsg-6 b2 [riscv64], 2.3 dfsg-6 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, s390x])

estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

matlab-brain2mesh (0.7.9-3) [contrib]

automated brain tetrahedral mesh generation toolbox for MATLAB

matlab-gdf (0.1.3-11.1) [contrib]

IO library for the GDF -- Matlab interface

matlab-iso2mesh (1.9.8 ds-1) [contrib]

3D surface and volumetric mesh generator for MATLAB

matlab-jnifti (0.6-3) [contrib]

fast NIfTI-1/2 reader and NIfTI-to-JNIfTI converter for MATLAB

matlab-jsonlab (2.9.8-1) [contrib]

native JSON/UBJSON/MassagePack encoder/decoder for MATLAB

matlab-zmat (0.9.9 ds.1-3) [contrib]

in-memory data compression for MATLAB

maude (3.4-1 b1 [arm64], 3.4-1 [amd64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

cadriciel logique de haute performance

mauve-aligner (2.4.0 4736-6)

multiple genome alignment

mayavi2 (4.8.2-4)

paquet de visualisation scientifique de données 2D ou 3D

mbpoll (1.5.2-1)

command line utility to communicate with ModBus slave (RTU or TCP)

mbt (3.10-3 b1)

générateur d’étiquetage basé sur la mémoire et étiqueteur

mbtserver (0.16-2 b1 [arm64], 0.16-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

extensions de serveur pour l’étiqueteur MBT

mcaller (1.0.3 git20210624.b415090-3)

recherche de méthylation dans les lectures de nanopore

mcpl (1.3.2-3.1 b1 [arm64, riscv64], 1.3.2-3.1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Monte Carlo Particle Lists - libraries and tools

mcstas (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation

mcstas-clusterscripts (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - parallelization scripts

mcstas-comps (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - components

mcstas-manuals (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - documentation

mcstas-mccodelib (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - Python code library

mcstas-mcdisplay-mantid (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - Mantid instrument display

mcstas-mcdisplay-matlab (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - Matlab/Octave instrument display

mcstas-mcdisplay-matplotlib (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - Matplotlib instrument display

mcstas-mcdisplay-pyqtgraph (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - pyqtgraph instrument display

mcstas-mcdisplay-webgl (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - WebGL instrument display

mcstas-mcdisplay-webgl-classic (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - WebGL instrument display

mcstas-mcdoc (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - documentation browser

mcstas-mcgui (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - GUI

mcstas-mcplot-matlab (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - Matlab/Octave plotting frontend

mcstas-mcplot-matplotlib (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - Matplotlib plotting frontend

mcstas-mcplot-pyqtgraph (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - pyqtgraph plotting frontend

mcstas-mcplot-svg (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - SVG plotting frontend

mcstas-mcresplot (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - resolution function plotter

mcstas-mcrun (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - runner

mcstas-suite-python (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

Neutron ray-trace simulation - full simulation suite

mcxtrace (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation

mcxtrace-clusterscripts (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - parallelization scripts

mcxtrace-comps (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

simulation de lancer de rayons X – composants

mcxtrace-manuals (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - documentation

mcxtrace-mccodelib (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - Python code library

mcxtrace-mxdisplay-matlab (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - Matlab/Octave instrument display

mcxtrace-mxdisplay-matplotlib (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - Matplotlib instrument display

mcxtrace-mxdisplay-pyqtgraph (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - pyqtgraph instrument display

mcxtrace-mxdisplay-webgl (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - WebGL instrument display

mcxtrace-mxdisplay-webgl-classic (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

simulation de lancer de rayons X – afficheur WebGL d’instrument

mcxtrace-mxdoc (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - documentation browser

mcxtrace-mxgui (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - GUI

mcxtrace-mxplot-matlab (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - Matlab/Octave plotting frontend

mcxtrace-mxplot-matplotlib (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - Matplotlib plotting frontend

mcxtrace-mxplot-pyqtgraph (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - pyqtgraph plotting frontend

mcxtrace-mxplot-svg (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - SVG plotting frontend

mcxtrace-mxrun (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - runner

mcxtrace-suite-python (3.5 0.0~git20240801183257.cdaa431 ds5-2)

X-ray ray-trace simulation - full simulation suite

mecat2 (0.0 git20200428.f54c542 ds-4)

ultra-fast and accurate de novo assembly tools for SMRT reads

meep (1.25.0-4)

paquet logiciel pour la simulation FDTD

megadepth (1.2.0-4 b2 [arm64, riscv64], 1.2.0-4 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

megahit (1.2.9-5)

ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler

megan-ce (6.21.1 dfsg-4)

interactive tool to explore and analyse microbiome sequencing data

melting (5.2.0-2)

calcule la température de fusion de duplex d'acide nucléique

merkaartor (0.20.0 ds-1)

éditeur de carte pour OpenStreetMap.org

meryl (0~20150903 r2013-9)

in- and out-of-core kmer counting and utilities

metabat (2.15-4 b1)

robust statistical framework for reconstructing genomes from metagenomic data

metaeuk (7-bba0d80 ds-1)

sensitive, high-throughput gene discovery and annotation for metagenomics

metaeuk-examples (7-bba0d80 ds-1)

optional resources for the metaeuk package

metaphlan (4.0.4-1)

Metagenomic Phylogenetic Analysis

metaphlan2-data (2.6.0 ds-4)

paquet de données pour l’analyse phylogénétique métagénomique

metastudent (2.0.1-10)

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence

metastudent-data (2.0.1-8)

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data files

metastudent-data-2 (1.0.0-6)

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data #2

metview (5.23.1-1)

visualisation des données et environnement d’analyse interactifs

metview-data (5.23.1-1)

données nécessaires à l’environnement d’analyse de données, Metview

mhap (2.1.3 dfsg-3)

locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

microbegps (1.0.0-7)

outil d’investigation pour le profilage taxonomique de données métagénomiques

microbiomeutil (20101212 dfsg1-6)

utilitaires d'analyse de microbiome

microbiomeutil-data (20101212 dfsg1-6)

Reference 16S sequences and NAST-alignments used by microbiomeutil tools

microhope (5.3.3 repack-1)

cadriciel matériel et logiciel pour apprendre les microcontrôleurs

minc-tools (2.3.00 dfsg-10 b2 [arm64, riscv64], 2.3.00 dfsg-10 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Outils pour le format MNI d'imagerie médicale

minexpert2 (9.6.0-1)

visualisation et fouille de données de spectrométrie de masse MS^n – exécutable

minia (3.2.6-4 b2 [arm64], 3.2.6-4 b1 [amd64, mips64el, ppc64el, riscv64])

assembleur de lectures courtes de séquences biologiques

miniasm (0.3 dfsg-4 b1 [arm64, riscv64], 0.3 dfsg-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

assembleur de novo très rapide pour des lectures longues de séquences d’ADN bruitées

minicondor (23.6.2 dfsg-2)

distributed workload management system - single node configuration

minihtcondor (23.6.2 dfsg-2)

paquet factice de transition

minimac4 (4.1.6-1)

Fast Imputation Based on State Space Reduction HMM

minimap (0.2-8 b2)

correspondances approximatives de longues séquences biologiques telles que les lectures d’ADN

minimap2 (2.27 dfsg-1 b3 [arm64], 2.27 dfsg-1 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

minisat (1:2.2.1-8 b1 [arm64], 1:2.2.1-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

solveur SAT rapide et léger

minisat (1.0-5)

solveur de contraintes pseudo booléennes

mipe (1.1-9)

Outil de sauvegarde de données dérivées de PCR

mira-assembler (4.9.6-11 b1 [arm64], 4.9.6-11 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale

mira-rfam-12s-rrna (4.9.6-11)

extract of RFAM 12 rRNA database

mirtop (0.4.28-2)

annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming

missfits (2.8.0-5 b1 [arm64, riscv64], 2.8.0-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Basic maintenance and packaging tasks on FITS files

mitools (2.0.5-7)

visualisation, conversion et opérations basiques pour des données d’images médicales

mlpack-bin (4.5.1-1)

intuitive, fast, scalable C machine learning library (binaries)

mmb (4.0.0 dfsg-5)

model the structure and dynamics of macromolecules

mmb-common (4.0.0 dfsg-5)

model the structure and dynamics of macromolecules (common files)

mmmulti (0.1-3)

memory backed multimap

mmseqs2 (15-6f452 ds-2 b2 [riscv64], 15-6f452 ds-2 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el])

recherche et partitionnement de protéines ultra rapide et sensible

mmseqs2-examples (15-6f452 ds-2)

optional resources for the mmseqs2 package

mocassin (2.02.73.2-1 b1 [arm64, riscv64], 2.02.73.2-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

MOnte CArlo SimulationS of Ionised Nebulae

mocassin-benchmarks (2.02.73.2-1)

benchmarks for the photoionisation code MOCASSIN

mocassin-data (2.02.73.2-1)

atomic and optical data for the photoionisation code MOCASSIN

mocassin-examples (2.02.73.2-1)

Examples for the photoionisation code MOCASSIN

molds (0.3.1-2 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 0.3.1-2 [armhf, i386])

Semi-empirical electronic structure and molecular dynamics

molequeue (0.9.0-1 b3 [amd64], 0.9.0-1 b2 [arm64, riscv64], 0.9.0-1 b1 [armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

intégration dans le bureau de ressources informatiques de haute performance

mona (1.4-18-1 b2 [arm64], 1.4-18-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

démonstration automatique de théorèmes

montage (6.0 dfsg-10 b1)

Toolkit for assembling FITS images into mosaics

montage-gridtools (6.0 dfsg-10 b1)

Create files to run montage on the grid

mopac (22.1.1-2 b1 [arm64], 22.1.1-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Molecular Orbital PACkage (MOPAC)

mopac7-bin (1.15-7)

bibliothèque de chimie quantique semi-empirique – fichiers binaires

mothur (1.48.1-1 b1 [arm64], 1.48.1-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome

mpb (1.11.1-6 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 1.11.1-6 [armel, armhf, i386])

Photonic-Bands du MIT

mpb-mpi (1.11.1-6 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 1.11.1-6 [armel, armhf, i386])

programme Photonic-Bands du MIT, version parallèle (mpich)

mpb-scm (1.11.1-6)

programme Photonic-Bands du MIT – fichiers d’initialisation

mpgrafic (0.3.19-1 b6 [s390x], 0.3.19-1 b5 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el], 0.3.19-1 b4 [riscv64])

MPI version of N-body initial conditions grafic package

mpsolve (3.2.1-10.1 b2)

résolveur de polynômes multiprécision – version en ligne de commande

mptp (0.2.5-1)

single-locus species delimitation

mrbayes (3.2.7a-7 b2 [arm64], 3.2.7a-7 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Bayesian Inference of Phylogeny

mrbayes-mpi (3.2.7a-7 b2 [arm64], 3.2.7a-7 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

inférence bayésienne de phylogenèse – version MPI

mricron (1.2.20211006 dfsg-6)

conversion, visualisation et analyse d’images de résonance magnétique

mricron-data (1.2.20211006 dfsg-6)

data files for MRIcron

mrpt-apps (1:2.14.7 ds-1)

boîte à outils pour la programmation robotique – applications graphiques et console

mrpt-common (1:2.14.7 ds-1)

boîte à outils pour la programmation robotique – exemples de fichier et d’ensembles de données

mrtrix3 (3.0.4-1 b2 [arm64], 3.0.4-1 b1 [amd64])

tractographie de la substance blanche par IRM pondérée en diffusion

mseed2sac (2.3 ds1-1 b1 [arm64, riscv64], 2.3 ds1-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Convert MiniSEED time series data to SAC

mssstest (3.0-7) [non-free]

Normalisation of disease scores for patients with Multiple Sclerosis

multiqc (1.21 dfsg-2)

output integration for RNA sequencing across tools and samples

mumax3 (3.10-9) [contrib]

GPU-accelerated micromagnetic simulator

mummer (3.23 dfsg-8 b1 [arm64, riscv64], 3.23 dfsg-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Alignement de séquence efficace de génomes complets

munipack (0.6.1-1)

Astronomical photometry software package

munipack-cli (0.6.1-1 b8 [armhf], 0.6.1-1 b7 [arm64, armel, mips64el], 0.6.1-1 b6 [amd64, i386, ppc64el, s390x], 0.6.1-1 b4 [riscv64])

Command line interface of Munipack

munipack-core (0.6.1-1 b8 [armhf], 0.6.1-1 b7 [arm64, armel, mips64el], 0.6.1-1 b6 [amd64, i386, ppc64el, s390x], 0.6.1-1 b4 [riscv64])

Core routines of Munipack

munipack-gui (0.6.1-1 b8 [armhf], 0.6.1-1 b7 [arm64, armel, mips64el], 0.6.1-1 b6 [amd64, i386, ppc64el, s390x], 0.6.1-1 b4 [riscv64])

interface graphique pour Munipack

murasaki (1.68.6-14 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 1.68.6-14 [armel, armhf, i386])

homology detection tool across multiple large genomes

murasaki-common (1.68.6-14)

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

murasaki-mpi (1.68.6-14 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 1.68.6-14 [armel, armhf, i386])

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

muscle (1:5.1.0-1 b1 [arm64, riscv64], 1:5.1.0-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

programme d'alignements multiples de séquences de protéine

muscle3 (3.8.1551-3 b1 [arm64], 3.8.1551-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

multiple alignment program of protein sequences

mustang (3.2.4-1 b1 [arm64, riscv64], 3.2.4-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

alignement structurel multiple de protéines

mustang-testdata (3.2.4-1)

alignements structuraux multiples de protéines – données de test

nanolyse (1.2.0-4 b1 [riscv64], 1.2.0-4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

remove lambda phage reads from a fastq file

nanook (1.33 dfsg-5)

pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data

nanook-examples (1.33 dfsg-5)

pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data (examples)

nanopolish (0.14.0-1 b2 [arm64, riscv64], 0.14.0-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el])

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

nanosv (1.2.4 git20190409.c1ae30c-7)

structural variant caller for nanopore data

nast-ier (20101212 dfsg1-6 b1 [arm64], 20101212 dfsg1-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

NAST-based DNA alignment tool

nautic (1.5-6 b5 [arm64, mips64el], 1.5-6 b4 [amd64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x], 1.5-6 b3 [riscv64])

calcul de la position de l’observateur en navigation astronomique

ncbi-acc-download (0.2.8-3)

download genome files from NCBI by accession

ncbi-blast (2.16.0 ds-6 b1)

suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

ncbi-blast -legacy (2.16.0 ds-6)

script d’appel de legacy de BLAST du NCBI

ncbi-cn3d (3.0.20170106 dfsg2-5)

afficheur en trois dimensions de molécules biologiques

ncbi-entrez-direct (19.2.20230331 dfsg-3 b4 [riscv64], 19.2.20230331 dfsg-3 b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

NCBI Entrez utilities on the command line

ncbi-epcr (2.3.12-1-10 b1 [arm64], 2.3.12-1-10 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN

ncbi-rrna-data (6.1.20170106 dfsg2-5)

grandes bases de données BLAST d'ARN ribosomique distribuées avec le kit de développement du NCBI

ncbi-seg (0.0.20000620-7)

tool to mask segments of low compositional complexity in amino acid sequences

ncbi-tools-bin (6.1.20170106 dfsg2-5)

bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte

ncbi-tools-x11 (6.1.20170106 dfsg2-5)

bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires⋅X

ncl-tools (2.1.21 git20210811.b1213a7-6)

outil pour traiter avec les fichiers NEXUS

nco (5.2.9-1)

opérateurs en ligne de commandes pour analyser des fichiers netCDF

ncoils (2002-9 b1 [arm64, riscv64], 2002-9 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

prédiction de structure secondaire de superhélice

ncview (2.1.11 ds-1)

navigateur graphique X11 pour les fichiers au format NetCDF

neat (2.3.2-2 b3 [amd64, arm64, armel, i386, mips64el, s390x], 2.3.2-2 b2 [armhf, ppc64el, riscv64])

Nebular Empirical Analysis Tool – outil d’analyse empirique de nébuleuse

neobio (0.0.20030929-6)

calcul d'alignements de séquences d'acides aminés et de nucléotides

netcdf-bin (1:4.9.2-7)

Programmes pour lire et écrire des fichiers NetCDF

neurodebian (0.42.2)

neuroscience-oriented distribution - repository configuration

neurodebian-archive-keyring (0.42.2)

distribution orientée neurosciences – clés GnuPG d’archive

neurodebian-desktop (0.42.2)

neuroscience-oriented distribution - desktop integration

neurodebian-dev (0.42.2)

neuroscience-oriented distribution - development tools

neurodebian-freeze (0.42.2)

outil nd_freeze pour geler les sources APT à utiliser dans des instantanés

neurodebian-popularity-contest (0.42.2)

neuroscience-oriented distribution - popcon integration

neuron (8.2.2-7 b1 [amd64, arm64, ppc64el, riscv64, s390x], 8.2.2-7 [armel, armhf, i386])

environnement de simulation pour des modèles de calcul de neurones

neuron-dev (8.2.2-7 b1 [amd64, arm64, ppc64el, riscv64, s390x], 8.2.2-7 [armel, armhf, i386])

Neuron simulation environment - Development files

nexus-tools (4.4.3-6 b2 [arm64, riscv64], 4.4.3-6 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

format scientifique Nexus de fichiers de données – applications

ngmlr (0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-2 b2 [arm64], 0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-2 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

njplot (2.4-9 b2 [arm64, riscv64], 2.4-9 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

programme de dessin d’arbre phylogénétique

nmodl (0.6-2 b4 [arm64], 0.6-2 b3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Code generation engine for the NEURON modeling language

norsnet (1.0.17-7)

tool to identify unstructured loops in proteins

norsp (1.0.6-7)

predictor of non-regular secondary structure

nrn-mod2c (0.9 git220919-2 b1 [arm64, riscv64], 0.9 git220919-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

NMODL to C converter for CoreNEURON

ntcard (1.2.2 dfsg-9)

Streaming algorithm to estimate cardinality in genomics datasets

nthash (2.3.0 dfsg-2)

Methods to evaluate runtime and uniformity tests for hashing methods

numdiff (5.9.0-1 b1 [amd64, arm64, riscv64], 5.9.0-1 [armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

comparaison de fichiers similaires avec des champs numériques

nutsqlite (2.0.6-4)

Dietary nutrition analysis software

nxtrim (0.4.3 dfsg-3 b1 [arm64, riscv64], 0.4.3 dfsg-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Optimized trimming of Illumina mate pair reads

oar-common (2.5.10-2 b1 [arm64], 2.5.10-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

paquet commun pour l’ordonnanceur OAR

oar-node (2.5.10-2 b1 [arm64], 2.5.10-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

paquet d’ordonnanceur OAR de Node

oar-server (2.5.10-2 b1 [arm64], 2.5.10-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

OAR batch scheduler server package

oar-server-mysql (2.5.10-2 b1 [arm64], 2.5.10-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

paquet de dorsal pour le serveur MySQL d’ordonnancement de tâches

oar-server-pgsql (2.5.10-2 b1 [arm64], 2.5.10-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

paquet de dorsal pour le serveur PostgreSQL d’ordonnancement de tâches

oar-user (2.5.10-2 b1 [arm64], 2.5.10-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

OAR batch scheduler user package

oar-user-mysql (2.5.10-2 b1 [arm64], 2.5.10-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

OAR batch scheduler MySQL user backend package

oar-user-pgsql (2.5.10-2 b1 [arm64], 2.5.10-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

OAR batch scheduler PostgreSQL user backend package

oar-web-status (2.5.10-2)

OAR batch scheduler visualization tool package

objcryst-fox (2022.1-1 b6 [arm64], 2022.1-1 b5 [amd64, ppc64el, s390x], 2022.1-1 b3 [riscv64])

FOX – Free Objects for Xtallography

occt-draw (7.8.1 dfsg1-3)

Open CASCADE Technology command interpreter and graphical test system

octave-bart (0.9.00-3)

liaisons Octave pour BART

octave-biosig (2.6.1-1 b1)

liaisons Octave à la bibliothèque BioSig

octave-brain2mesh (0.7.9-3)

automated brain tetrahedral mesh generation toolbox for Octave

octave-gdf (0.1.3-11.1 b1)

bibliothèque IO pour GDF – interface pour Octave

octave-iso2mesh (1.9.8 ds-1)

3D surface and volumetric mesh generator for Octave

octave-jnifti (0.6-3)

lecteur rapide NIfTI-1/2 et convertisseur NIfTI vers JNIfTI

octave-jsonlab (2.9.8-1)

native JSON/UBJSON/MassagePack encoder/decoder for Octave

octave-psychtoolbox-3 (3.0.19.14.dfsg1-1)

toolbox for vision research -- Octave bindings

octave-zmat (0.9.9 ds.1-3)

in-memory data compression for Octave

octomap-tools (1.9.7 dfsg-4)

Tools for 3D occupancy grid mapping

octovis (1.9.7 dfsg-4)

outil de visualisation pour OctoMap

odil (0.12.2-5)

C 11 library for the DICOM standard (application)

odin (2.0.5-7)

développement, simulation et exécution de séquences de résonance magnétique

ogdi-bin (4.1.1 ds-5)

bibliothèque OGDI ( interface de magasins de données géographiques libre) – utilitaires

ompl-plannerarena (1.6.0 ds1-1)

bibliothèque plannerarena pour OMPL (Open Motion Planning Library)

onnxruntime-tools (1.19.2 dfsg-2)

cross-platform inference and training ML accelerator (tools)

ont-fast5-api (4.1.1 dfsg-4 b1)

simple interface to HDF5 files of the Oxford Nanopore .fast5 file format

open3d-gui (0.18.0 ds-6)

Transitional dummy package for open3d-viewer

open3d-tools (0.18.0 ds-6)

Library for 3D data processing - tools

open3d-viewer (0.18.0 ds-6)

Library for 3D data processing - viewer GUI

open3d-viewer-data (0.18.0 ds-6)

Library for 3D data processing - viewer GUI resources

openbabel (3.1.1 dfsg-11 b1)

boîte à outils de chimie – interface en ligne de commande

openbabel-gui (3.1.1 dfsg-11 b1)

boite à outils logicielle dans le domaine de la chimie − interface graphique

opendrop (3.3.2-2 b2 [amd64, ppc64el, s390x], 3.3.2-2 b1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, riscv64])

fully-featured pendant drop tensiometry software

openfoam (1912.200626-3 b1)

Open source toolbox for Computational Fluid Dynamics (CFD) - binaries

openfoam-examples (1912.200626-3)

Open source toolbox for Computational Fluid Dynamics (CFD) - examples

openmotor (0.5.0-3)

simulateur de balistique intérieure pour l’expérimentation des moteurs-fusées

openms (2.6.0 cleaned1-4)

package for LC/MS data management and analysis

openms-common (2.6.0 cleaned1-4)

package for LC/MS data management and analysis - shared data

openstructure (2.9.0-2)

cadriciel de calcul libre pour la bioinformatique structurale

opentelemetry-proto (1.3.2-2)

OpenTelemetry protocol specification and proto files

openturns-common (1.23-5)

generic tool to treat and quantify uncertainties (common files)

openuniverse (1.0beta3.1 dfsg-7.1 b2 [arm64, riscv64], 1.0beta3.1 dfsg-7.1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

simulateur d'univers 3D

openuniverse-common (1.0beta3.1 dfsg-7.1)

fichiers de données du simulateur en 3D de l’univers

optgeo (2.25-4)

simulateur d'optique géométrique

opticalraytracer (9.6-4)

Virtual lens/mirror design workshop

optimir (1.2-2)

intégration de variations génétiques dans l’alignement de miARN

orthanc (1.12.4 dfsg-4 b1)

Lightweight, RESTful DICOM server for medical imaging

orthanc-dicomweb (1.17 dfsg-1 b4)

greffon d’extension d’Orthanc avec prise en charge de WADO et DICOMweb

orthanc-gdcm (1.8 dfsg-1 b1)

DICOM transcoder/decoder for Orthanc using GDCM (notably for JPEG2k)

orthanc-imagej (1.2 dfsg-4)

ImageJ plugin to import images from Orthanc

orthanc-mysql (5.0 dfsg-1 b5)

Plugins to use MySQL or MariaDB as a database back-end to Orthanc

orthanc-neuro (1.1 dfsg-1 b3)

Neuroimaging plugin for Orthanc

orthanc-postgresql (5.0 dfsg-3)

Plugins to use PostgreSQL as a database back-end to Orthanc

orthanc-python (4.3 ds-1 b2)

Develop plugins for Orthanc using the Python programming language

orthanc-webviewer (2.9 dfsg-1 b2)

Web viewer of medical images for Orthanc

orthanc-wsi (2.1 dfsg-1)

Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)

oscar (1.5.3-1 b1 [arm64], 1.5.3-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

outil d’analyse du trouble du sommeil – OSCAR

osra (2.1.3-3 b3 [riscv64], 2.1.3-3 b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

optical structure recognition

otf-trace (1.12.5 dfsg-8 b5)

Open Trace Format support library - development files

otf2-tools (3.0.3-3.1 b1)

Open Trace Format support library - tools

packmol (1:20.14.3-1 b1 [arm64], 1:20.14.3-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Initial configurations for Molecular Dynamics Simulations

paje.app (1.98-1.2)

outil générique de visualisation (diagramme de GANTT et autres)

pal2nal (14.1-3)

converts proteins to genomic DNA alignment

paleomix (1.3.8-2)

pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data

paml (4.9j dfsg-5 b1 [arm64], 4.9j dfsg-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

PAML – analyse de phylogenèse par maximum de vraisemblance

paraclu (10-1 b1 [arm64, riscv64], 10-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Parametric clustering of genomic and transcriptomic features

parafly (0.1.0-5)

parallel command processing using OpenMP

parallel-fastq-dump (0.6.7-3)

parallel fastq-dump wrapper

parsinsert (1.04-15 b1 [riscv64], 1.04-15 [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

insertion parcimonieuse de séquences non classifiées dans des arbres phylogénétiques

parsinsert-testdata (1.04-15)

données de test pour parsinsert

parsnp (2.0.6 dfsg-1)

rapid core genome multi-alignment

patman (1.2.2 dfsg-8 b2 [arm64], 1.2.2 dfsg-8 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

rapid alignment of short sequences to large databases

pbbamtools (2.4.0 dfsg-1 b4)

processing Pacific Biosciences binary alignment/map files

pbdagcon (0.3 git20180411.c14c422 dfsg-9)

sequence consensus using directed acyclic graphs

pbhoney (15.8.24 dfsg-8)

recherche de variation structurelle génomique

pbjelly (15.8.24 dfsg-8)

genome assembly upgrading tool

pbsim (1.0.3 git20180330.e014b1d dfsg-3 b1 [arm64, riscv64], 1.0.3 git20180330.e014b1d dfsg-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

simulateur pour les lectures de séquences de PacBio

pdb-tools (2.5.1-2)

outils pour manipuler et éditer les fichiers PDB

pdb2pqr (3.6.1 dfsg-1)

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

perlprimer (1.2.4-2)

Conception graphique d'amorce de PCR

perm (0.4.0-8 b2 [arm64], 0.4.0-8 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds

persalys (16.1 ds-1 b1 [arm64], 16.1 ds-1 [amd64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

interface graphique pour le traitement d’incertitudes et la gestion de dispersions

pftools (3.2.12-1)

construction et recherche de profils généralisés de protéine et d’ADN

phast (1.7 dfsg-1)

phylogenetic analysis with space/time models

phipack (0.0.20160614-5 b1 [arm64, riscv64], 0.0.20160614-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

PHI test and other tests of recombination

phybin (0.3-6 b1 [riscv64], 0.3-6 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

binning/clustering newick trees by topology

phylip (1:3.697 dfsg-4 b1 [arm64], 1:3.697 dfsg-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

paquet de programmes pour déduire les phylogénies

phylonium (1.7-3 b1 [arm64], 1.7-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Fast and Accurate Estimation of Evolutionary Distances

phyml (3:3.3.20220408-4 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3:3.3.20220408-4 [armel, armhf, i386])

estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

physamp (1.1.0-5 b1 [arm64], 1.1.0-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

sample sequence alignment corresponding to phylogeny

phyutility (2.7.3 dfsg-4 b1 [riscv64], 2.7.3 dfsg-4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices

phyx (1.3.2 ds-1)

UNIX-style phylogenetic analyses on trees and sequences

picard-tools (3.1.1 dfsg-1)

outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

picopore (1.2.0-3)

lossless compression of Nanopore files

picosat (965-2 b1 [arm64, riscv64], 965-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

solveur SAT avec gestion de démonstrations et « core »

pigx-rnaseq (0.1.1-1)

pipeline pour des analyses de séquençage d’ARN distribuées et avec des points de contrôle

piler (0~20140707-4 b1 [arm64], 0~20140707-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

genomic repeat analysis

pilercr (1.06 dfsg-5 b1 [arm64, riscv64], 1.06 dfsg-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

software for finding CRISPR repeats

pilon (1.24-3)

automated genome assembly improvement and variant detection tool

pinfish (0.1.0 ds-4 b3)

outils pour l’annotation de génomes en utilisant des données transcriptomiques de lectures longues

pinfish-examples (0.1.0 ds-4)

exemples et données de test pour pinfish

pique (1.0-7)

software pipeline for performing genome wide association studies

pirs (2.0.2 dfsg-12 b1 [arm64, riscv64], 2.0.2 dfsg-12 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

pirs-examples (2.0.2 dfsg-12)

profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (example data)

pirs-profiles (2.0.2 dfsg-12)

profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)

pizzly (0.37.3 ds-9 b1 [arm64, riscv64], 0.37.3 ds-9 [amd64, mips64el, ppc64el, s390x])

identification de fusions de gènes dans des données de séquençage d’ARN

pkg-r-autopkgtest (20231212)

Script for the automatic testing of R packages

pktools (2.6.7.6 ds-6 b2)

utilitaires complémentaires pour GDAL pour un traitement efficace d'images matricielles

placnet (1.04-1)

Plasmid Constellation Network project

planetary-system-stacker (0.8.32~git20230901.01f3625-2)

create a sharp image of a planetary system object (moon, sun, planets)

planets (0.1.13-23)

simulation gravitationnelle de corps planétaires

plasmidid (1.6.5 dfsg-2)

outil d’identification de plasmide, basé sur les mappages et aidé par des assemblages

plasmidseeker (1.3 dfsg-3 b1)

identification of known plasmids from whole-genome sequencing reads

plast (2.3.2 dfsg-10 b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 2.3.2 dfsg-10 b2 [riscv64])

Parallel Local Sequence Alignment Search Tool

plast-example (2.3.2 dfsg-10)

Parallel Local Sequence Alignment Search Tool (example data)

plastimatch (1.9.4 dfsg.1-3)

reconstruction d’images médicales et recalage

plink (1.07 dfsg-4 b2 [arm64], 1.07 dfsg-4 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

outils d'analyse d'associations sur le génome entier

plink1.9 (1.90~b7.2-231211-1)

outils d'analyse d'associations sur le génome entier

plink2 (2.00~a5.8-231123 dfsg-1 b2 [riscv64], 2.00~a5.8-231123 dfsg-1 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

whole-genome association analysis toolset

pluto-jpl-eph (0.0~git20180228-1.1 b1 [arm64, riscv64], 0.0~git20180228-1.1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

command line handling of JPL ephemeres data

pluto-lunar (0.0~git20180825.e34c1d1-1 b1 [amd64, arm64, riscv64], 0.0~git20180825.e34c1d1-1 [armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

routines de prédictions de positions dans le système solaire

pnetcdf-bin (1.14.0-2)

Programs for reading and writing parallel NetCDF files

poa (2.0 20060928-9 b1 [arm64], 2.0 20060928-9 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences

populations (1.2.33 svn0120106 dfsg-7 b1 [arm64], 1.2.33 svn0120106 dfsg-7 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

logiciel de génétique de populations

porechop (0.2.4 dfsg-6 b1 [arm64], 0.2.4 dfsg-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

adapter trimmer for Oxford Nanopore reads

poretools (0.6.0 dfsg-7)

toolkit for nanopore nucleotide sequencing data

poretools-data (0.6.0 dfsg-7)

toolkit for nanopore nucleotide sequencing data -- sample datasets

praat (6.4.24 dfsg-1)

programme pour l'analyse et la synthèse de la parole

prank (0.0.170427 dfsg-3 b1 [arm64, riscv64], 0.0.170427 dfsg-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

predictnls (1.0.20-8)

prédiction et analyse de signaux de localisation nucléaire de protéines

prime-phylo (1.0.11-13 b1)

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

primer3 (2.6.1-5)

outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN

primer3-examples (2.6.1-5)

tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification (examples)

prinseq-lite (0.20.4-6)

PReprocessing and INformation of SEQuence data (lite version)

prinseq-lite-examples (0.20.4-6)

PReprocessing and INformation of SEQuence data (example data)

proalign (0.603-5 b1 [riscv64], 0.603-5 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

logiciel d'alignements de multiples séquences probabilistes

probabel (0.5.0 dfsg-6)

Toolset for Genome-Wide Association Analysis

probabel-examples (0.5.0 dfsg-6)

Example files for ProbABEL

probalign (1.4-10 b1 [arm64, riscv64], 1.4-10 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition

probcons (1.12-14 b1 [arm64, riscv64], 1.12-14 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste

probcons-extra (1.12-14 b1 [arm64, riscv64], 1.12-14 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Programmes optionnels pour le paquets probcons

proda (1.0-14 b1 [arm64], 1.0-14 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Alignement multiple de séquences protéiques

prodigal (1:2.6.3-6 b1 [arm64, riscv64], 1:2.6.3-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

profbval (1.0.22-8)

prédicteur des résidus de protéine flexibles/rigides à partir d'une séquence

profisis (1.0.11-7)

prédiction des sites d'interaction protéine-protéine à partir d'une séquence

profnet-bval (1.0.22-8 b1 [arm64, riscv64], 1.0.22-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

architecture de réseaux de neurones pour profbval

profnet-chop (1.0.22-8 b1 [arm64, riscv64], 1.0.22-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

architecture de réseaux de neurones pour profchop

profnet-con (1.0.22-8 b1 [arm64, riscv64], 1.0.22-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

architecture de réseaux de neurones pour profcon

profnet-isis (1.0.22-8 b1 [arm64, riscv64], 1.0.22-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

architecture de réseaux de neurones pour profisis

profnet-md (1.0.22-8 b1 [arm64, riscv64], 1.0.22-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

architecture de réseaux de neurones pour le paquet metadisorder

profnet-norsnet (1.0.22-8 b1 [arm64, riscv64], 1.0.22-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

neural network architecture for norsnet

profnet-prof (1.0.22-8 b1 [arm64, riscv64], 1.0.22-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

architecture de réseau neuronal pour profacc

profnet-snapfun (1.0.22-8 b1 [arm64, riscv64], 1.0.22-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

neural network architecture for snapfun

profphd-net (1.0.22-8 b1 [arm64, riscv64], 1.0.22-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

architecture de réseaux de neurones pour le paquet profphd

profphd-utils (1.0.10-7 b1 [arm64, riscv64], 1.0.10-7 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

utilitaires d’assistance de profphd, convert_seq et filter_hssp

proftmb (1.1.12-11 b2 [riscv64], 1.1.12-11 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

per-residue prediction of bacterial transmembrane beta barrels

progressivemauve (1.2.0 4713 dfsg-5 b4 [arm64], 1.2.0 4713 dfsg-5 b3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

multiple genome alignment algorithms

proj-bin (9.5.1-1)

bibliothèque de projection cartographique (outils)

prokka (1.14.6 dfsg-6)

rapid annotation of prokaryotic genomes

proteinortho (6.3.1 dfsg-1 b1 [arm64], 6.3.1 dfsg-1 [amd64, ppc64el, riscv64, s390x])

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

prottest (3.4.2 dfsg-8)

selection of best-fit models of protein evolution

pscan-chip (1.1-3 b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 1.1-3 b2 [riscv64])

ChIP-based identifcation of TF binding sites

pscan-chip-data (1.1-3)

auxiliary data for PScan-ChIP

pscan-tfbs (1.2.2-4 b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 1.2.2-4 b2 [riscv64])

search for transcription factor binding sites

psfex (3.24.2-2)

Point Spread Function model extractor

psortb (3.0.6 dfsg-4 b1)

outil de prédiction de localisation bactérienne

psychtoolbox-3-common (3.0.19.14.dfsg1-1)

toolbox for vision research -- arch/interpreter independent part

psychtoolbox-3-lib (3.0.19.14.dfsg1-1)

toolbox for vision research -- arch-specific parts

pullseq (1.0.2-5 b1 [arm64], 1.0.2-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Extract sequence from a fasta or fastq

purify (4.1.0-1 b1)

Collection of routines for radio interferometric imaging

pycoqc (2.5.2 dfsg-3)

calcul de métriques et génération de tracés interactifs de chimie quantique

pyensembl (2.3.13-1)

installs data from the Ensembl genome database

pyfai (2024.05-3)

Fast Azimuthal Integration scripts

pyfastx (2.1.0-3)

fast random access to sequences from FASTA/Q file - command

pymca (5.9.3 dfsg-1)

applications et boite à outils pour l’analyse de fluorescence de rayons X – scripts

pymca-data (5.9.3 dfsg-1)

fichiers de données indépendantes de l'architecture pour PyMca

pymoctool (0.5.2-2)

Python Multi-Order Coverage maps tool for Virtual Observatory

pymol (3.0.0 dfsg-1)

système de graphismes moléculaires

pymol-data (3.0.0 dfsg-1)

data files for PyMOL

pyomop (4.3.0-1)

outil pour Common Data Model d’OMOP d’OHSDI

pysatellites (2.7-4)

simulation de lancement de satellites

python-drizzle-testdata (2.0.0-1)

Dithered image combination for Python (Test data)

python-escript-doc (5.6-9)

Documentation for Escript/Finley

python-pairix-examples (0.3.8-1)

1D/2D indexing and querying with a pair of genomic coordinates (examples)

python3-airr (1.5.0-1)

Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences

python3-alignlib (0.1.1 dfsg-2 b8 [arm64], 0.1.1 dfsg-2 b7 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 0.1.1 dfsg-2 b4 [riscv64])

edit and Hamming distances for biological sequences

python3-bioframe (0.4.1-1)

library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

python3-bornagain (22~git20240726093306.cb41cc4 ds3-2)

simulation et adaptation GISAS de rayons X et de neutrons – Python 3

python3-cif2cell (2.1.0 dfsg-1)

prepare CIF files for electronic structure calculations

python3-cykhash (2.0.0-3 b3 [arm64], 2.0.0-3 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

enveloppe de cython pour « khash-sets/maps » pour une implémentation efficace de « isin » et « unique »

python3-cyvcf2 (0.31.1-2 b1)

VCF parser based on htslib (Python 3)

python3-datacache (1.4.1-2)

assistants pour le téléchargement d’ensembles de données de manière transparente

python3-datalad-next (1.4.1-1)

DataLad extension for new features and improved user experience

python3-dcmstack (0.9-3)

DICOM to NIfTI conversion - python3 package

python3-deeptools (3.5.5 dfsg-1)

platform for exploring biological deep-sequencing data

python3-deeptoolsintervals (0.1.9-3 b11 [arm64], 0.1.9-3 b10 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 0.1.9-3 b4 [riscv64])

gestion de style GTF de séquences, intervalles associés, annotations

python3-dials (3.22.1 dfsg3-1)

Diffraction Integration for Advanced Light Sources - Python3

python3-dnapilib (1.1-3)

adapter prediction for small RNA sequencing - library

python3-emperor (1.0.3 ds-9.1)

visualizing high-throughput microbial community data

python3-escript (5.6-9 b1 [amd64, arm64, ppc64el, riscv64, s390x], 5.6-9 [armel, armhf])

Escript/Finley finite elements Python3 system (OpenMP MPI)

python3-escript-mpi (5.6-9 b1 [amd64, arm64, ppc64el, riscv64, s390x], 5.6-9 [armel, armhf])

(OpenMP MPI)

python3-faiss (1.9.0-5 b1)

Python 3 module for efficient similarity search and clustering of dense vectors

python3-freesas (2024.9.0-1)

Python libraries for small angle scattering tools

python3-geneimpacts (0.3.7-5)

wraps command line tools to assess variants in gene sequences

python3-gfapy (1.2.3 dfsg-3)

flexible and extensible software library for handling sequence graphs

python3-gffutils (0.13-1)

Work with GFF and GTF files in a flexible database framework

python3-gtfparse (1.3.0 ds-1)

parser for gene transfer format (aka GFF2)

python3-harmonypy (0.0.9-3)

is a data integration algorithm

python3-jupyter-sphinx (0.3.2-2)

Jupyter Sphinx Extension - Python3

python3-louvain (0.16-1)

community graph analysis implementing Louvain method

python3-mmtf (1.1.3-1)

encodage binaire de structures biologiques – Python 3

python3-mpiplus (0.0.2 ds-1)

cadriciel de Python avec GPU pour le calcul d’énergie libre alchimique – Python 3

python3-navarp (1.6.0-4)

outil de navigation pour les données ARPES – Python 3

python3-noise (1.2.3-4 b7 [arm64], 1.2.3-4 b6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 1.2.3-4 b4 [riscv64])

Perlin noise for image generation

python3-onnx (1.16.2-1 b1)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (Python)

python3-parmed (4.2.2 dfsg-3 b2 [arm64], 4.2.2 dfsg-3 b1 [amd64, ppc64el])

parameter and topology file editor and molecular mechanical simulator

python3-pdbtools (2.5.1-2)

outils pour éditer et manipuler des fichiers PDB – paquet de Python 3

python3-peptidebuilder (1.1.0-3)

generate atomic oligopeptide 3D structure from sequence

python3-pomegranate (0.14.8-7)

modélisation probabiliste rapide, flexible et facile à utiliser

python3-prodigy (2.2.5-1)

Protein Binding Affinity Prediction (Python 3)

python3-propka (3.5.1-2)

heuristic pKa calculations with ligands (Python 3)

python3-py2bit (0.3.2-1)

access to 2bit files

python3-pyaml-env (1.2.1-2)

Python3 YAML configuration with environment variables parsing

python3-pybel (0.15.5-1)

Biological Expression Language

python3-pybigwig (0.3.23 dfsg-1 b1)

Python 3 module for quick access to bigBed and bigWig files

python3-pyimagetool (1.0-2)

Image Tool for multidimensional analysis (Python 3)

python3-pymbar (4.0.3-2)

Python implementation of the multistate Bennett acceptance ratio (MBAR)

python3-pynlpl (1.2.9-1)

bibliothèque PyNLPl pour le traitement automatique des langues – Python 3

python3-pyobjcryst (2024.2.1-1)

liaisons de la bibliothèque orientée objet de cristallographie – Python 3

python3-pyvista (0.44.1-10)

Python3 high-level API to the Visualization Toolkit (VTK)

python3-pyvkfft (2024.1.4 ds1-2)

Binding to the OpenCL backends of VkFFT - Python3

python3-pyvkfft-cuda (2024.1.4 ds1-3) [contrib]

Binding to the CUDA backends of VkFFT - Python3

python3-pyxrd (0.8.4-4)

modeling of X-ray diffraction (XRD) patterns of disordered lamellar structures

python3-seqcluster (1.2.9 ds-4) [contrib]

analysis of small RNA in NGS data

python3-tinyalign (0.2.2-1 b4 [arm64], 0.2.2-1 b3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

numerical representation of differences between strings

python3-truncnorm (0.0.2-2)

Moments for truncated multivariate normal distributions for Python

python3-weblogo (3.8.0-2)

sequence logo generator

python3-xeus-python-shell (0.15.10 ~0.6.1-2)

Native jupyter kernel for python (python library)

python3-xgboost (2.1.2-1)

Scalable and Flexible Gradient Boosting (Python3)

python3-xraydb (4.5.3-2)

X-ray Reference Data (Python 3)

python3-xrt (1.6.0 ds1-1)

lancer de rayons X et propagation d’ondes – Python 3

pyzo (4.15.0-1)

interactive editor for scientific Python

q2templates (2024.5.0 ds-1)

Design template package for QIIME 2 Plugins

qcat (1.1.0-7)

demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files

qcat-examples (1.1.0-7)

demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files (examples)

qcumber (2.3.0-2)

quality control of genomic sequences

qemu-web-desktop (24.07.12 ds1-2)

Remote desktop service with virtual machines in a browser (DARTS).

qfits-tools (6.2.0-9 b1)

outils pour manipuler des fichiers FITS

qfitsview (4.2 dfsg-1)

visualisateur de fichier FITS basé sur DPUSER

qgis (3.34.13 dfsg-1)

système d'information géographique –⋅SIG

qgis-api-doc (3.34.13 dfsg-1)

documentation de l'API de QGIS

qgis-common (3.34.13 dfsg-1)

QGIS –⋅données indépendantes de l'architecture

qgis-plugin-grass (3.34.13 dfsg-1)

greffon GRASS pour QGIS

qgis-plugin-grass-common (3.34.13 dfsg-1)

greffon GRASS pour QGIS –⋅données indépendantes de l'architecture

qgis-provider-grass (3.34.13 dfsg-1)

fournisseur GRASS pour QGIS

qgis-providers (3.34.13 dfsg-1)

fournisseurs de collections de données pour QGIS

qgis-providers-common (3.34.13 dfsg-1)

fournisseur de collections de données pour QGIS –⋅fichiers indépendants de l'architecture

qgis-server (3.34.13 dfsg-1)

serveur pour QGIS fournissant divers services de l’OGC

qgis-server-bin (3.34.13 dfsg-1)

serveur pour QGIS fournissant divers services de l’OGC – exécutables

qgis-server-common (3.34.13 dfsg-1)

QGIS server providing various OGC services (data)

qgis-server-dummy (3.34.13 dfsg-1)

serveur QGIS fournissant divers services d’OGC – paquet factice

qgis-server-landingpage (3.34.13 dfsg-1)

serveur QGIS fournissant divers services d’OGC – page de renvoi

qgis-server-wcs (3.34.13 dfsg-1)

serveur QGIS fournissant divers services de l’OGC – WCS

qgis-server-wfs (3.34.13 dfsg-1)

serveur pour QGIS fournissant divers services de l’OGC – WFS

qgis-server-wfs3 (3.34.13 dfsg-1)

serveur QGIS fournissant divers services d’OGC – WFS 3

qgis-server-wms (3.34.13 dfsg-1)

serveur pour QGIS fournissant divers services de l’OGC – WMS

qgis-server-wmts (3.34.13 dfsg-1)

serveur pour QGIS fournissant divers services de l’OGC – WMTS

qgis3-survex-import (1.3-1)

QGIS3 plugin to read survex 3d files, for cave surveying

qmapshack (1.17.1-1 b5 [amd64], 1.17.1-1 b4 [arm64, armhf], 1.17.1-1 b3 [i386, mips64el])

cartographie GPS (GeoTiff et vectorielle) et gestion d’appareils GPS

qmc (0.94-4.1 b1 [arm64, riscv64], 0.94-4.1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Outil de simplification Quine McClusky

qrisk2 (0.1.20150729-6)

calculateur de risque de maladies cardiovasculaires

qthid-fcd-controller (4.1-6 b3 [arm64], 4.1-6 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

contrôleur pour le dongle de Funcube

qtltools (1.3.1 dfsg-4 b3)

Tool set for molecular QTL discovery and analysis

qttinysa (0.10.6-1)

QT Gui for a tiny SA Spectrum Analyser

quantum-espresso-data-sssp (1.3.0-2)

Standard solid-state pseudopotentials (SSSP) library

quicktree (2.5-6 b1 [arm64, riscv64], 2.5-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

algorithme Neighbor-Joining pour les phylogénies

quorum (1.1.2-2 b2 [mips64el, ppc64el, riscv64], 1.1.2-2 b1 [arm64], 1.1.2-2 [amd64])

QUality Optimized Reads of genomic sequences

qutemol (0.4.1~cvs20081111-15 b4 [arm64, mips64el, riscv64], 0.4.1~cvs20081111-15 b3 [amd64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x])

visualisation interactive de macromolécules

r-cran-alakazam (1.3.0-1 b1 [arm64, riscv64], 1.3.0-1 [amd64, mips64el, ppc64el, s390x])

lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

r-cran-sdmtools (1.1-221.2-1 b2 [arm64], 1.1-221.2-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Species Distribution Modelling Tools

r-cran-shazam (1.2.0-1)

Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis

r-cran-tigger (1.1.0-1)

Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data

racon (1.5.0-3 b1 [arm64, riscv64], 1.5.0-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

radiant (2.8.1 dfsg-2)

explore hierarchical metagenomic data with zoomable pie charts

ragout (2.3-5 b1 [arm64], 2.3-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

ragout-examples (2.3-5)

Reference-Assisted Genome Ordering UTility (example data)

rambo-k (1.21 dfsg-4)

Read Assignment Method Based On K-mers

rampler (2.1.1-1 b1 [arm64, riscv64], 2.1.1-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

module for sampling genomic sequences

rapmap (0.15.0 dfsg-4 b1)

rapid sensitive and accurate DNA read mapping via quasi-mapping

rapmap-dev (0.15.0 dfsg-4)

rapmap - rapid sensitive and accurate DNA read mapping (some headers)

rapmap-example-data (0.15.0 dfsg-4)

example data for rapmap - rapid sensitive and accurate DNA read mapping

rasmol (2.7.6.0-3 b2 [arm64, riscv64], 2.7.6.0-3 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

visualisation de macromolécules biologiques

raster3d (3.0-7-2 b1)

outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules

rate4site (3.0.0-8 b1 [arm64, riscv64], 3.0.0-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

detector of conserved amino-acid sites

rawtran (1.1-1 b6 [arm64], 1.1-1 b5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el], 1.1-1 b4 [ppc64el, s390x], 1.1-1 b2 [riscv64])

RAW photo to FITS converter

raxml (8.2.13 dfsg-1 b2 [riscv64], 8.2.13 dfsg-1 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

rdp-classifier (2.10.2-7)

extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s

readseq (1-15 b1 [arm64], 1-15 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

conversion entre formats de séquences

reapr (1.0.18 dfsg-6 b1 [arm64], 1.0.18 dfsg-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

outil universel pour l’évaluation d’assemblage de génomes

recan (0.5 dfsg-1)

tracé de distances génétiques l’analyse de recombinaison d’évènements

refmac-dictionary (5.41-3)

dictionary for macromolecular refinement and model building

relion (3.1.3-4 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.1.3-4 [armel, armhf, i386])

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

relion-gui (3.1.3-4 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.1.3-4 [armel, armhf, i386])

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy (gui apps)

repeatmasker-recon (1.08-8 b1 [arm64], 1.08-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

finds repeat families from biological sequences

reprof (1.0.1-8)

prédicteur de structure secondaire de protéines et d'accessibilité

resfinder (4.4.2-2)

identify acquired antimicrobial resistance genes

resfinder-db (0.0 git20220524.fa32d9a-1)

base de données de Resfinder composée d’une base soigneusement choisie de gènes de résistance acquis

resfinder-example (4.4.2-2)

identify acquired antimicrobial resistance genes (example data)

rna-star (2.7.11b dfsg-2)

aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

rnahybrid (2.1.2-8 b2 [riscv64], 2.1.2-8 b1 [arm64], 2.1.2-8 [amd64, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

prédiction rapide et efficace des complexes microARN/cible

roary (3.13.0 dfsg-2)

pipeline de pangénome autonome et très rapide

rocketcea (1.2.1-1)

NASA Chemical Equilibrium, wrapped in Python

rockhopper (2.0.3 dfsg2-4)

system for analyzing bacterial RNA-seq data

roguenarok (1.0.1-3 b1 [arm64, riscv64], 1.0.1-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

versatile and scalable algorithm for rogue taxon identification

rsem (1.3.3 dfsg-3 b2 [arm64, riscv64], 1.3.3 dfsg-3 b1 [amd64, mips64el, ppc64el, s390x])

RNA-Seq by Expectation-Maximization

rtax (0.984-8)

classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S

ruby-getspg (2.5.0-1 b1)

C library for crystal symmetry determination - Ruby bindings

ruby-rgfa (1.3.1 dfsg-2)

parse, edit and write GFA format graphs in Ruby

runcircos-gui (0.0 git20200528.82dda8c-1 b2 [arm64, riscv64], 0.0 git20200528.82dda8c-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

outil graphique pour exécuter circos

sac2mseed (1.13 ds1-1 b2 [arm64], 1.13 ds1-1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Convert SAC waveform data to MiniSEED

saga (9.6.2 dfsg-1)

système d’analyses automatisées géoscientifiques

saga-common (9.6.2 dfsg-1)

SAGA GIS architecture independent files

saint (2.5.0 dfsg-4 b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 2.5.0 dfsg-4 b2 [riscv64])

Significance Analysis of INTeractome

salmid (0.1.23-5)

rapid Kmer based Salmonella identifier from sequence data

salmon (1.10.2 ds1-1 b4)

wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

samblaster (0.1.26-4 b1 [arm64, riscv64], 0.1.26-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

marks duplicates, extracts discordant/split reads

samclip (0.4.0-4)

filter SAM file for soft and hard clipped alignments

samtools (1.20-3 b1 [arm64], 1.20-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

samtools-test (1.20-3)

test files for the samtools package

saods9 (8.6 repack-4)

outil d’affichage d’image pour l’astronomie

saoxmlrpc (8.6 repack-4)

Tcl XML-RPC implementation from SAO

sasview (5.0.6-5)

Small Angle Scattering Analysis suite

sat4j (2.3.5-0.3)

bibliothèque de solveurs SAT en Java

savi (1.6.0-1 b1 [arm64, riscv64], 1.6.0-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

représentation de constellations satellitaires

savvy-util (2.1.0-3)

conversion tool for SAV file format

sbmltoolbox (4.1.0-5.1)

libsbml toolbox for octave and matlab

scamp (2.10.0-4)

Compute astrometric and photometric solutions

science-config (1.14.7)

paquet de configuration pour le projet Debian Science

science-dataacquisition-dev (1.14.7)

Debian Science data acquisition development packages

science-electronics (1.14.7)

paquet de transition pour l’électronique de Debian Science

science-engineering-dev (1.14.7)

Debian Science Engineering-dev packages

science-highenergy-physics (1.14.7)

Debian Science High Energy Physics packages

science-highenergy-physics-dev (1.14.7)

Debian Science High Energy Physics development packages

science-machine-learning (1.14.7)

paquets pour l’apprentissage automatique de Debian Science

science-mathematics-dev (1.14.7)

Debian Science Mathematics-dev packages

science-meteorology-dev (1.14.7)

Debian Science Meteorology-dev packages

science-nanoscale-physics (1.14.7)

paquets Debian pour les nanosciences

science-nanoscale-physics-dev (1.14.7)

paquets de développement Debian pour les nanosciences

science-neuroscience-cognitive (1.14.7)

paquets pour les neurosciences cognitives de Debian Science

science-neuroscience-modeling (1.14.7)

paquets de Debian Science pour la modélisation de systèmes neuronaux

science-physics-dev (1.14.7)

Debian Science Physics-dev packages

science-robotics-dev (1.14.7)

Debian Robotics development packages

science-tasks (1.14.7)

tâches de Debian Science pour tasksel

science-viewing-dev (1.14.7)

Debian Science development of visualisation applications

scoary (1.6.16-10)

pangenome-wide association studies

scram (0.16.2-3 b3 [arm64], 0.16.2-3 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

outil d’analyse probabiliste de risque

scram-gui (0.16.2-3 b3 [arm64], 0.16.2-3 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

frontal graphique pour SCRAM

scrappie (1.4.2-8 b6 [amd64, arm64, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 1.4.2-8 b3 [riscv64])

basecaller for Nanopore sequencer

scrm (1.7.4-1 b1 [arm64, riscv64], 1.7.4-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

simulator of evolution of genetic sequences

scythe (0.994 git20141017.20d3cff-5 b1 [arm64], 0.994 git20141017.20d3cff-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

élagage bayésien d’adaptateurs pour des lectures de séquence

seaview (1:5.0.5-2 b2 [arm64, riscv64], 1:5.0.5-2 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

secrecy (0.0.5 ds-4 b1)

outil pour gérer les clés de libsecrecy et les fichiers chiffrés

seer (1.1.4-8)

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

segemehl (0.3.4-5 b2 [arm64, riscv64], 0.3.4-5 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

associations de lectures courtes avec des trous

sentencepiece (0.2.0-1 b3 [arm64], 0.2.0-1 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Unsupervised text tokenizer and detokenizer

seq-gen (1.3.4-2 b1 [riscv64], 1.3.4-2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x]) [non-free]

simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences

seqan-apps (2.4.0 dfsg-16 b1 [arm64], 2.4.0 dfsg-16 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

C library for the analysis of biological sequences

seqan-needle (1.0.3 ds-1)

pre-filter for the counting of very large collections of nucleotide sequences

seqan-raptor (3.0.1 ds-5 b1 [arm64, riscv64], 3.0.1 ds-5 [amd64, mips64el, ppc64el])

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

seqan-raptor-doc (3.0.1 ds-5)

HTML & PDF documentation for seqan-raptor and its APIs

seqcluster (1.2.9 ds-4) [contrib]

analysis of small RNA in NGS data

seqkit (2.8.2 ds-2)

cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation

seqkit-examples (2.8.2 ds-2)

examples for seqkit: toolkit for FASTA/Q file manipulation

seqmagick (0.8.6-3)

imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO

seqprep (1.3.2-9 b1 [arm64], 1.3.2-9 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

stripping adaptors and/or merging paired reads of DNA sequences with overlap

seqprep-data (1.3.2-9)

ensemble de données d’exemple pour seqprep – pour tests uniquement

seqsero (1.0.1 dfsg-6)

Salmonella serotyping from genome sequencing data

seqtk (1.4-2 b1 [arm64, riscv64], 1.4-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

seriation (0.1 git20210125.fc7b8cb-1 b1 [arm64, riscv64], 0.1 git20210125.fc7b8cb-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

finds a suitable linear order for a set of objects

seriation-data (0.1 git20210125.fc7b8cb-1)

test data for seriation

sga (0.10.15-7 b1)

de novo genome assembler that uses string graphs

shapeit4 (4.2.2 dfsg-1 b4 [arm64], 4.2.2 dfsg-1 b3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

fast and accurate method for estimation of haplotypes (phasing)

shasta (0.12.0-1 b2 [arm64], 0.12.0-1 b1 [amd64])

nanopore whole genome assembly (binaries and scripts)

shelxle (1.0.1552-1 b2 [amd64, arm64, riscv64], 1.0.1552-1 b1 [i386, mips64el, ppc64el, s390x])

interface graphique pour SHELXL

shiny-server (1.5.20.1002-3)

put Shiny web apps online

shovill (1.1.0-9)

assemblage de génomes d’isolats bactériens à partir de lectures paired-end Illumina

shovill-examples (1.1.0-9)

Test Data for shovill

sibelia (3.0.7 dfsg-3 b1 [arm64, riscv64], 3.0.7 dfsg-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

comparative genomics tool

sibelia-examples (3.0.7 dfsg-3)

comparative genomics tool (example data)

sibsim4 (0.20-5 b1 [arm64, riscv64], 0.20-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Alignement de séquences d'ARN sur une séquence d'ADN

sickle (1.33 git20150314.f3d6ae3-2 b1 [arm64, riscv64], 1.33 git20150314.f3d6ae3-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

outil de réduction adaptative à des fenêtres pour des fichiers FASTQ utilisant la qualité

sightcalibrator (24.1.0-1)

Camera calibration software

sightviewer (24.1.0-1)

DICOM viewer

sigma-align (1.1.3-9 b1 [arm64], 1.1.3-9 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

alignement de multiples séquences d'ADN non codant

sigviewer (0.6.4-3 b2 [arm64, armel, armhf, riscv64], 0.6.4-3 b1 [amd64, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

visionneur graphique pour biosignaux tels que EEG, EMG et ECG

silx (2.1.2 dfsg-1)

boite à outils pour l’analyse de données de rayons X – exécutables

sim4 (0.0.20121010-8 b1 [arm64, riscv64], 0.0.20121010-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique

sim4db (0~20150903 r2013-9)

alignement par lot d’épissages de séquences de cDNA pour un génome cible

simka (1.5.3-8 b1)

comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets

simkamin (1.5.3-8)

approximate comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets

simrisc (16.02.00-1)

simulation model for breast/lung cancer risk

siril (1.2.4-1)

outil de traitement d'images astronomiques

siril-common (1.2.4-1)

architecture-independent files for siril

ska (1.0 dfsg-4)

Split Kmer Analysis

skesa (2.4.0-6 b3 [arm64], 2.4.0-6 b2 [amd64])

strategic Kmer extension for scrupulous assemblies

skewer (0.2.2-6 b2 [arm64], 0.2.2-6 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

post-processing of high-throughput DNA sequence reads

skycat (3.1.2 starlink1~b dfsg-9)

Image visualization and access to catalogs and data for astronomy

slang-xfig (0.2.0~.138-1 b1)

tracés et dessins avec fig2dev d’Xfig en utilisant S-lang

smalt (0.7.6-13 b1 [arm64], 0.7.6-13 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Sequence Mapping and Alignment Tool

smalt-examples (0.7.6-13)

Sequence Mapping and Alignment Tool (examples)

smiles-scripts (0.2.0 dfsg1-6)

command line tools to handle SMILES descriptors

smithwaterman (0.0 git20160702.2610e25-12 b2)

determination de régions similaires entre deux chaines de séquences génomiques

smrtanalysis (0~20210112)

software suite for single molecule, real-time sequencing

snakemake (7.32.4-6)

pythonic workflow management system

snap (2013-11-29-11 b1 [arm64, riscv64], 2013-11-29-11 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

location of genes from DNA sequence with hidden markov model

snap-aligner (2.0.3 dfsg-2 b1 [arm64], 2.0.3 dfsg-2 [amd64, mips64el, ppc64el, riscv64])

Scalable Nucleotide Alignment Program

snaphu (2.0.7-1) [non-free]

Statistical-Cost, Network-Flow Algorithm for 2D Phase Unwrapping

sniffles (2.2-1)

structural variation caller using third-generation sequencing

snp-sites (2.5.1-2 b2)

code binaire pour le paquet snp-sites

snpomatic (1.0-7 b1 [arm64], 1.0-7 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »

soapaligner (2.20-5)

aligner of short reads of next generation sequencers

soapdenovo (1.05-6)

méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire une ébauche d’assemblage de novo

soapdenovo2 (242 dfsg-4)

méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo

soapsnp (1.03-5 b1 [arm64, riscv64], 1.03-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

resequencing utility that can assemble consensus sequence of genomes

solvate (1.0-3) [non-free]

arranges water molecules around protein structures

solvate-doc (1.0-3) [non-free]

Documentation for solvate

sortmerna (4.3.7-1 b2)

tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

source-extractor (2.28.0 ds-2)

extracteur de sources dans des images astronomiques

sp800-90b-entropy-assessment (1.1.8-3)

Estimating the quality of a source of entropy

spaced (1.2.0-201605 dfsg-4 b1 [arm64], 1.2.0-201605 dfsg-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

alignment-free sequence comparison using spaced words

spades (3.15.5 dfsg-8)

assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

spaln (3.0.2 dfsg-2 b1)

alignement de transcriptions selon les épissures pour l’ADN génomique

spaln-data (3.0.2 dfsg-2)

splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA (data)

spass (3.9-1.1 b1 [riscv64], 3.9-1.1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

démonstrateur automatique de théorème pour la logique du premier ordre avec égalité

spatialite-bin (5.1.0a-1 b3 [arm64, riscv64], 5.1.0a-1 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

extension géospatiale pour SQLite – outils

spd (1.3.0-1.1 b1 [arm64, riscv64], 1.3.0-1.1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Synchrotron image corrections and azimuthal integration

splash (3.11.1-1)

outil de visualisation pour la simulation de l’hydrodynamique des particules lissées

spoa (4.1.4-2 b1)

SIMD partial order alignment tool

sprai (0.9.9.23 dfsg1-3)

single-pass sequencing read accuracy improver

spread-phy (1.0.7 dfsg-5)

analyze and visualize phylogeographic reconstructions

spview (2.0.2-1)

Spectrum Viewer

sra-toolkit (3.0.9 dfsg-7)

utilities for the NCBI Sequence Read Archive

srst2 (0.2.0-13)

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

ssake (4.0.1-2)

application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN

ssake-examples (4.0.1-2)

example data for SSAKE, a genomic assembler of short reads

sspace (2.1.1 dfsg-7)

scaffolding pre-assembled contigs after extension

ssshtest (0.0 git20220105.0d6df3d-1)

stupid simple (ba)sh testing

ssw-align (1.1-15 b1)

aligneur Smith-Waterman basé sur libssw

stacks (2.68 dfsg-1)

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

staden (2.0.0 b11-5 b1 [arm64], 2.0.0 b11-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

DNA sequence assembly (Gap4/Gap5), editing and analysis tools

staden-common (2.0.0 b11-5)

Architecture independent files for Staden

staden-io-lib-examples (1.15.0-1.1)

programs for manipulating DNA sequencing files (usage examples)

staden-io-lib-utils (1.15.0-1.1 b2)

programs for manipulating DNA sequencing files

stardata-common (0.8 nmu1 b1 [riscv64], 0.8 nmu1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

cadriciel commun de gestion des paquets pour l’astronomie

starpu-contrib-examples (1.4.5 dfsg-2 b2) [contrib]

Task scheduler for heterogeneous multicore machines - exs

starpu-examples (1.4.5 dfsg-4 b1)

Task scheduler for heterogeneous multicore machines - exs

stellarium (24.3-1)

générateur de ciel photo-réaliste en temps réel

stellarium-data (24.3-1)

fichiers de données pour stellarium

step (4:22.12.3-1 b4 [riscv64], 4:22.12.3-1 b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

simulateur interactif pour la physique de KDE

stiff (2.4.0-7 b2 [arm64], 2.4.0-7 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

conversion d’images scientifiques FITS dans le format TIFF

stilts (3.5.1-2)

Starlink Tables Infrastructure Library Tool Set

stringtie (2.2.1 ds-3 b2 [arm64], 2.2.1 ds-3 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

assemble short RNAseq reads to transcripts

subarch-select (0.2-1)

Select among binaries based upon x86 microarchitecture support

subread (2.0.7 dfsg-1)

boite à outils pour le traitement de données de séquençage de nouvelle génération

subread-data (2.0.7 dfsg-1)

fichiers de données pour le paquet subread

suitename (0.4.130509 git20210223.ebb1325-1 b1 [arm64, riscv64], 0.4.130509 git20210223.ebb1325-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

categorize each suite in an RNA backbone

sumo (1.18.0 dfsg-4)

Simulation of Urban MObility (SUMO)

surankco (0.0.r5 dfsg-4)

Supervised Ranking of Contigs in de novo Assemblies

surpyvor (0.5-2)

modification of VCF files with SURVIVOR

survex (1.4.14-2)

logiciel de relevé et de cartographie de grotte

survex-aven (1.4.14-2)

visionneur de levé de grotte sophistiqué pour Survex

survivor (1.0.7-4 b1 [riscv64], 1.0.7-4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

tool set for simulating/evaluating SVs

svim (2.0.0-3)

appelant de routines pour variations structurelles pour des lectures longues de séquençage

swarm (3.1.5 dfsg-2 b1 [arm64], 3.1.5 dfsg-2 [amd64, ppc64el])

méthode de regroupement robuste et rapide pour des études basées sur les amplicons

swarp (2.41.5-1 b4 [arm64], 2.41.5-1 b3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, s390x], 2.41.5-1 b2 [ppc64el, riscv64])

Resample and co-add together FITS images

swe-standard-data (4.0-20221111-2)

Swiss Ephemeris library (standard set of ephemeris files).

sweed (3.2.1 dfsg-6)

estimation des SNP pour leur apport évolutionnaire

t-coffee (13.45.0.4846264 really13.41.0.28bdc39 dfsg-1 b1 [arm64, riscv64], 13.45.0.4846264 really13.41.0.28bdc39 dfsg-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

alignement multiple de séquences

t-coffee-examples (13.45.0.4846264 really13.41.0.28bdc39 dfsg-1)

exemples annotés pour l'utilisation de T-Coffee

tabix (1.20 ds-2)

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

tandem-mass (1:201702011-1 b1 [amd64, riscv64], 1:201702011-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

logiciel de spectrométrie de masse pour l’identification de protéines

tantan (51-1)

masqueur de répétitions en tandem peu complexes pour bioséquences

tclfitsy (8.6 repack-4)

extension Tcl pour FITS

terraintool (1.19-1)

création de modèles de terrain au format survex ou therion à partir de données SRTM ou NASADEM

theli (3.1.4-2)

pipeline de réduction des données d’images d’astronomie

therion (6.3.1-2)

levé de cavité souterraine – logiciel de dessin en 2D et 3D

therion-viewer (6.3.1-2)

levé de grotte – visualisateur 3D pour les modèles de Therion

theseus (3.3.0-14 b1)

superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance

theseus-examples (3.3.0-14)

superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance – exemples

thesias (3.1.1-3)

test des effets d’haplotypes dans les études d’associations

threeb (0.0~git20220106110332.a3144e0-6 b2 [riscv64], 0.0~git20220106110332.a3144e0-6 b1 [amd64, i386, s390x], 0.0~git20220106110332.a3144e0-6 [armel, armhf])

3B Microscopy Analysis Software - command-line tool

threeb-imagej (0.0~git20220106110332.a3144e0-6 b2 [riscv64], 0.0~git20220106110332.a3144e0-6 b1 [amd64, i386, s390x], 0.0~git20220106110332.a3144e0-6 [armel, armhf])

3B Microscopy Analysis Software - ImageJ plugin

tiddit (3.6.1 dfsg-1 b4 [arm64], 3.6.1 dfsg-1 b3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64])

structural variant calling

tigr-glimmer (3.02b-6 b2 [arm64], 3.02b-6 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Détection de gènes dans des archées et des bactéries

timbl (6.9-2 b1)

apprentissage automatique – Tilburg Memory Based Learner

timblserver (1.18-3 b1)

extensions de serveur pour TiMBL

tiny-dnn (1.0.0a3 ds-4)

header only deep learning framework in C

tippecanoe (2.53.0-1 b1 [arm64], 2.53.0-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

build vector tilesets from large collections of GeoJSON features

tksao (8.6 repack-4)

Tk widgets for astronomical imaging and data visualization

tm-align (20190822 dfsg-3)

alignement structurel de protéines

tnseq-transit (3.3.4-1)

statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions

tombo (1.5.1-7)

identification of modified nucleotides from raw nanopore sequencing data

topcat (4.10.2-1)

Tool for OPerations on Catalogues And Tables

tophat-recondition (1.4-3)

post-processor for TopHat unmapped reads

topp (2.6.0 cleaned1-4 b3)

ensemble de programmes implémentant The OpenMS Proteomic Pipeline

topparser (1.3-3)

Conversion utility from pockettopo to therion, for cave surveying

toppic (1.5.3 dfsg1-1 b3 [arm64, riscv64], 1.5.3 dfsg1-1 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

caractérisation et identification des protéoformes (approche descendante) – programmes

toppic-common (1.5.3 dfsg1-1)

Top-down proteoform identification and characterization (common data)

toppred (1.10-10 b1 [arm64, riscv64], 1.10-10 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

transmembrane topology prediction

tortoize (2.0.11-1 b2 [riscv64], 2.0.11-1 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Application to calculate ramachandran z-scores

trace2dbest (3.0.1-2)

bulk submission of chromatogram data to dbEST

trace2dbest-doc (3.0.1-2)

Documentation and sample files for trace2dbest

tracetuner (3.0.6~beta dfsg-3 b1 [arm64, riscv64], 3.0.6~beta dfsg-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

interpretation of DNA Sanger sequencing data

transdecoder (5.7.1-2)

recherche de séquences codantes dans des séquences de transcriptions d’ARN

transfuse (0.5.8-1 b5 [arm64], 0.5.8-1 b4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 0.5.8-1 b3 [riscv64])

Runs formatted documents through transformations/translation

transrate-tools (1.0.0-5 b1 [riscv64], 1.0.0-5 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

assistant pour Transrate

transtermhp (2.09-5 b1 [arm64, riscv64], 2.09-5 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

trouve les terminateurs de transcription dans les génomes bactériens

travis (220729-1 b1 [arm64, riscv64], 220729-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

analyse et visualisation de trajectoires

tree-ppuzzle (5.3~rc16 dfsg-12 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 5.3~rc16 dfsg-12 [armel, armhf, i386])

Reconstruction d'arbres phylogéniques par ressemblance maximum

tree-puzzle (5.3~rc16 dfsg-12 b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 5.3~rc16 dfsg-12 [armel, armhf, i386])

reconstruction d’arbres phylogénétiques par la vraisemblance maximale

treeview (1.2.0 dfsg-2)

réimplémentation en Java de TreeView de Michael Eisen

treeviewx (0.5.1 git20100823.7e4d0e9-4 b5 [arm64, mips64el], 0.5.1 git20100823.7e4d0e9-4 b4 [amd64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x], 0.5.1 git20100823.7e4d0e9-4 b3 [riscv64])

affiche et imprime les arbres phylogénétiques

trf (4.09.1-6 b1 [arm64, riscv64], 4.09.1-6 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

locate and display tandem repeats in DNA sequences

trf-examples (4.09.1-6)

locate and display tandem repeats in DNA sequences (examples)

triangle-bin (1.6-6) [non-free]

High-quality 2-D mesh generator -- binary programs

trim-galore (0.6.10-1)

automate quality and adapter trimming for DNA sequencing

trimmomatic (0.39 dfsg-2)

outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

trinculo (0.96 dfsg-4 b2 [arm64], 0.96 dfsg-4 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

toolkit to carry out genetic association for multi-category phenotypes

trinityrnaseq (2.15.2 dfsg-1)

assemblage de novo de séquences d’Arn

trinityrnaseq-examples (2.15.2 dfsg-1)

assemblage de novo de séquences d’Arn – fichiers de test et d’exemple

trnascan-se (2.0.12 ds-1) [non-free]

detection of transfer RNA genes in genomic sequence

trnascan-se-common (2.0.12 ds-1) [non-free]

detection of transfer RNA genes in genomic sequence (common files)

tunnelx (20190701-1)

logiciel pour le levé de caverne

tvc (5.0.3 git20151221.80e144e dfsg-5 b3)

genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

twms (0.07z git20201202 bb7c3f8-2.1)

minuscule service de cartographie web

twopaco (1.0.0 dfsg-1 b1 [arm64, riscv64], 1.0.0 dfsg-1 [amd64, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

construction des graphes de de Bruijn à partir de plusieurs génomes complets

uc-echo (1.12-19 b1 [arm64], 1.12-19 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

algorithme de correction d'erreurs pour les lectures courtes réalisées à partir de NGS

ucto (0.30-3 b1)

analyseur lexical pour Unicode

uctodata (0.9.1-1)

fichiers de données pour Ucto

ucx-utils (1.17.0 ds-3)

Utilities for the UCX messaging library

ugene (51.0 dfsg-2)

integrated bioinformatics toolkit

ugene-data (51.0 dfsg-2)

required data for UGENE - integrated bioinformatics toolkit

uhd-doc (4.7.0.0 ds1-2)

universal hardware driver for Ettus Research products - doc

uhd-host (4.7.0.0 ds1-2 b1)

pilote matériel universel pour les produits Ettus Research – applications hôtes

umis (1.0.9-2)

tools for processing UMI RNA-tag data

umis-examples (1.0.9-2)

outils pour traiter les données de marqueurs d’ARN – exemples

uncalled (2.3 ds-3)

Utility for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA

unicycler (0.5.1 dfsg-1.1)

pipeline d’assemblage hybride pour des génomes bactériens

unicycler-data (0.5.1 dfsg-1.1)

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)

unifrac-tools (1.4-3 b3)

high-performance phylogenetic diversity calculations (binaries)

unihedron-device-manager (1.0.0.337-1 b1)

gestionnaire de périphériquec d’Unihedron (UDM)

unikmer (0.20.0-1 b3)

Toolkit for nucleic acid k-mer analysis

units-filter (4.2.1-1 b2 [riscv64], 4.2.1-1 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

analyseur d'expressions concernant des valeurs physiques

units-master (4.2.1-1)

convertisseur d’unité puissant avec une interface graphique

varna (3-93 ds-7)

appliquette de visualisation d’ARN

varscan (2.4.3 dfsg-4) [non-free]

variant detection in next-generation sequencing data

vcfanno (0.3.5 ds-2 b3)

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

vcfanno-examples (0.3.5 ds-2)

examples for vcfanno: annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

vcftools (0.1.16-3 b2 [arm64], 0.1.16-3 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

ensemble d'outils pour travailler avec les fichiers VCF

vdjtools (1.2.1 git20190311 repack-2) [non-free]

framework for post-analysis of B/T cell repertoires

velvet (1.2.10 dfsg1-9)

assembleur de séquences d'acides nucléiques pour de très courtes lectures

velvet-example (1.2.10 dfsg1-9)

données d’exemples pour l’assembleur génomique Velvet

velvet-long (1.2.10 dfsg1-9)

assembleur de séquences d’acide nucléique pour des très courtes lectures, version longue

velvet-tests (1.2.10 dfsg1-9)

données de test pour l’assembleur de séquences Velvet

velvetoptimiser (2.2.6-5)

optimisation automatique de paramètres pour Velvet, assembleur génomique de type de novo

veryfasttree (4.0.4 dfsg-1)

Speeding up the estimation of phylogenetic trees from sequences

veusz (3.6.2-1.1)

application de préparations scientifique 2D et 3D en mode graphique

vienna-rna (2.6.4 dfsg-1 b1 [s390x], 2.6.4 dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, mips64el, ppc64el, riscv64]) [non-free]

RNA sequence analysis

virulencefinder (2.0.5-2)

identify virulence genes in total or partial sequenced isolates of bacteria

virulencefinder-examples (2.0.5-2)

example data for virulencefinder

visp-images-data (3.6.0-1)

bibliothèque pour asservissement visuel – ensembles de données de référence

vitables (3.0.2-4)

outil graphique pour éditer ou parcourir des fichiers PyTables et HDF5

vmatch (2.3.1 dfsg-9 b1 [arm64, riscv64], 2.3.1 dfsg-9 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

large scale sequence analysis software

voro (0.5 revert-to-0.4.6 dfsg1-1 b1 [arm64, riscv64], 0.5 revert-to-0.4.6 dfsg1-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

library for the computation of the Voronoi diagram

voro -examples (0.5 revert-to-0.4.6 dfsg1-1)

library for the computation of the Voronoi diagram (examples)

voronota (1.22.3149-2 b1 [arm64, riscv64], 1.22.3149-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Voronoi diagram-based tool to find atom contacts

votca (2024.1-1)

Molecular dynamics analysis - coarse-graining and charge transport

votca-data (2024.1-1)

VOTCA molecular dynamics analysis - basis sets and scripts

votca-tutorials (2024.1-1)

VOTCA molecular dynamics analysis - tutorials

vsearch (2.29.1-1)

outil pour le traitement de séquences métagénomiques

vsearch-examples (2.29.1-1)

données de test pour l’outil vsearch de traitement de séquences métagénomiques

vt (0.57721 ds-3 b2 [arm64, riscv64], 0.57721 ds-3 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

toolset for short variant discovery in genetic sequence data

vt-examples (0.57721 ds-3)

toolset for short variant discovery in genetic sequence data (examples)

wcslib-tools (8.4 ds-1)

Command line tools utilizing wcslib

wcstools (3.9.7-1.1 b1)

gestion du WCS d’une image FITS

weightwatcher (1.12 dfsg-3 b1 [arm64, riscv64], 1.12 dfsg-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

association de cartes et polygones pour le traitement d’images astronomiques

weka (3.6.14-4)

algorithmes d'apprentissage automatique pour l’exploration de données

wham-align (0.1.5-8 b1 [arm64, riscv64], 0.1.5-8 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

méthode Wisconsin d’alignement à haut débit

wigeon (20101212 dfsg1-6)

réimplémentation de l'utilitaire de détection d'anomalies de l'ADN 16S Pintail

wise (2.4.1-25)

comparaison de biopolymères, tels les séquences d'ADN et de protéines

wsclean (3.4-3 b1)

imageur générique rapide à grand champ pour l’interférométrie

wtdbg2 (2.5-10)

assembleur de séquences de novo pour les lectures longues bruitées

wtdbg2-examples (2.5-10)

Examples for wtdbg - de novo sequence assembler

wxastrocapture (1.8.1 git20140821.796e1a1 dfsg-2 b5 [mips64el], 1.8.1 git20140821.796e1a1 dfsg-2 b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x], 1.8.1 git20140821.796e1a1 dfsg-2 b3 [riscv64])

Windows linuX Astronomy Capture

x13as (1.1-b61-1) [non-free]

seasonal adjustment software for modeling time series

xbs (0-12)

modèles 3D et animations de molécules

xcas (1.9.0.93 dfsg2-3)

système de calcul formel – calculateur graphique et en console

xcrysden (1.6.2-4 b1 [arm64, riscv64], 1.6.2-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

visualisation de structure cristalline et moléculaire

xcrysden-data (1.6.2-4)

visualisation de structure cristalline et moléculaire – fichiers de données

xdrawchem (1:1.11.1-2)

éditeur de structures chimiques et de réactions

xeus-python-dev (0.15.10 ~0.6.1-2 b3 [arm64], 0.15.10 ~0.6.1-2 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Native jupyter kernel for python (headers)

xfoil (6.99.dfsg 1-3 b2 [arm64], 6.99.dfsg 1-3 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

programme d’analyse et de conception de profil d'élément aérodynamique subsonique

xgterm (2.2~rc1 dfsg-5)

émulateur de terminal pour une utilisation avec IRAF

ximtool (2.2~rc1 dfsg-5)

Interactive image display program for the X Window System

xmds2 (3.1.0 dfsg2-10)

simulateur extensible multidimensionnel

xmpsolve (3.2.1-10.1 b2)

résolveur multiprécision de polynômes – version graphique

xpa-tools (2.1.20-3)

outils pour une communication ininterrompue entre des programmes Unix

xplot (1.19-9.1 b2 [riscv64], 1.19-9.1 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

simple traceur de données en coordonnées cartésiennes sur un écran

xplot-xplot.org (0.90.7.1-4 b1 [amd64, arm64, riscv64], 0.90.7.1-4 [armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Outil rapide pour tracer et visualiser de nombreuses données

xpore (2.1-2)

Nanopore analysis of differential RNA modifications

xppaut (6.11b 1.dfsg-1.1 b1 [riscv64], 6.11b 1.dfsg-1.1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

résolution de différentes sortes d’équation avec Phase Plane Plus Auto

xpython (0.15.10 ~0.6.1-2 b3 [arm64], 0.15.10 ~0.6.1-2 b2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

Native jupyter kernel for python (binary)

xtb (6.7.0-1 b1 [arm64], 6.7.0-1 [amd64, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

semiempirical extended tight-binding program package

xyscan (4.66-1 b1 [arm64], 4.66-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

pilleur de données pour les scientifiques

yade (2024.08a-4 b1)

plateforme pour la modélisation d'élément discret

yaha (0.1.83-3 b1 [arm64, riscv64], 0.1.83-3 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

find split-read mappings on single-end queries

yale (5.0.95-3) [non-free]

stellar data set from the Yale Bright Star Catalog

yanagiba (1.0.0-5)

filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore

yanosim (0.1-5 b1 [riscv64], 0.1-5 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el])

simulateur de lectures pour des ensembles de données DRS de nanopore

yorick (2.2.04 dfsg1-14)

langage interprété et graphiques scientifiques

yorick-av (0.0.6-1 b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x], 0.0.6-1 b2 [riscv64])

production de vidéos dans divers formats depuis Yorick

yorick-cubeview (2.2-2.2)

afficheur de données 3D FITS spécialisé en imagerie spectrale

yorick-curses (0.1-7)

Interface avec la bibliothèque (n)curses pour le langage Yorick

yorick-data (2.2.04 dfsg1-14)

bibliothèque interprétée pour le langage Yorick

yorick-dev (2.2.04 dfsg1-14)

fichiers de développement pour le langage interprété Yorick

yorick-gl (1.1 cvs20070922 dfsg-7)

gestion graphique OpenGL 3D pour le langage Yorick

yorick-gy (0.0.5-3)

introspection GObject et interfaces Gtk pour Yorick

yorick-hdf5 (0.8.0-9)

Interface avec le format de fichiers HDF5 pour le langage Yorick

yorick-imutil (0.5.7-4)

routines de manipulations d'images rapides pour le langage Yorick

yorick-mira (1.1.0 git20170124.3bd1c3~dfsg1-2)

reconstruction d'image d'interferométrie optique avec Yorick

yorick-ml4 (0.6.0-6)

prise en charge du format de fichier Matlab pour le langage Yorick

yorick-mpeg (0.1-4 b1 [arm64, riscv64], 0.1-4 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

gestion de la sortie MPEG pour le langage Yorick

yorick-optimpack (1.3.2 dfsg 1.4.0-1 b1 [arm64, riscv64], 1.3.2 dfsg 1.4.0-1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

optimisation pour des problèmes de grande échelle pour le langage Yorick

yorick-soy (1.4.0-3 b2 [arm64], 1.4.0-3 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x])

opérations sur les matrices creuses pour le langage Yorick

yorick-svipc (0.16-7 b1)

communication interprocessus pour Yorick – mémoire partagée…

yorick-yeti (6.4.0-2)

module utilitaire pour le langage Yorick

yorick-yeti-fftw (6.4.0-2)

greffon FFT pour le langage Yorick

yorick-yeti-regex (6.4.0-2)

expressions rationnelles POSIX pour le langage Yorick

yorick-yeti-tiff (6.4.0-2)

lecture du format d’image TIFF pour le langage Yorick

yorick-ygsl (1.2.1-1 b6 [mips64el], 1.2.1-1 b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x], 1.2.1-1 b2 [riscv64])

greffon pour des fonctions GSL spéciales, pour le langage Yorick

yorick-ynfft (1.0.4-2)

transformation de Fourier rapide non uniforme pour Yorick

yorick-yutils (1.5.2-2)

divers utilitaires pour le langage Yorick

yorick-z (1.2.0 cvs20080115-5.1 b2 [arm64, mips64el, riscv64], 1.2.0 cvs20080115-5.1 b1 [amd64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x])

prise en charge de zlib, jpeg et png par le langage Yorick

z3 (4.13.3-1)

justificateur de théorème de Microsoft Research

z88 (15 dfsg-1)

programme d'analyse d'éléments finis - exécution

z88-data (15 dfsg-1)

programme d'analyse d'éléments finis - données

zegrapher (3.1.1-4 b2 [arm64, riscv64], 3.1.1-4 b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

tracé de courbes planes pour des fonctions et des suites mathématiques

zfp (1.0.1-4 b3)

tableaux compressés de nombres en virgule flottante à taux fixe – exécutable

ztex-bmp (20120314-2 b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386], 20120314-2 [ppc64el])

analyseur universel de macro