Paquet : chromhmm-example (1.25 dfsg-1)

découverte et caractérisation d’état de chromatine – exemple

ChromHMM est un logiciel pour apprendre et caractériser des états de chromatine. ChromHMM peut intégrer plusieurs jeux de données de chromatine tels que des données ChIP-seq de diverses modifications d’histones pour découvrir les motifs majeurs de réapparition combinatoire ou spatiale de marques. ChromHMM est basé sur un modèle de Markov caché (HMM) multivarié qui modélise explicitement la présence ou l’absence de chaque marque de chromatine. Le modèle qui en résulte peut ensuite servir à annoter systématiquement un génome dans un ou plusieurs types de cellules. En calculant automatiquement les enrichissements d’états pour des jeux de données fonctionnels et d’annotations de grande taille, ChromHMM facilite la caractérisation biologique de chaque état. ChromHMM produit également des fichiers avec des cartes sur tout le génome d’annotations d’état de chromatine qui peuvent être directement visualisés dans un navigateur de génome.

Ce paquet fournit un exemple pour travailler avec ChromHMM.

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