Paquet : r-cran-alakazam (1.3.0-1 et autres)

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Paquets similaires :

lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

Alakazam is part of the Immcantation analysis framework for Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing (AIRR-seq) and provides a set of tools to investigate lymphocyte receptor clonal lineages, diversity, gene usage, and other repertoire level properties, with a focus on high-throughput immunoglobulin (Ig) sequencing.

Alakazam serves five main purposes:

 * Providing core functionality for other R packages in the Immcantation
   framework. This includes common tasks such as file I/O, basic DNA
   sequence manipulation, and interacting with V(D)J segment and gene
   annotations.
 * Providing an R interface for interacting with the output of the
   pRESTO and Change-O tool suites.
 * Performing lineage reconstruction on clonal populations of Ig
   sequences and analyzing the topology of the resultant lineage trees.
 * Performing clonal abundance and diversity analysis on lymphocyte
   repertoires.
 * Performing physicochemical property analyses of lymphocyte receptor
   sequences.

Autres paquets associés à r-cran-alakazam

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.17)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc 6 (>= 14)

bibliothèque standard C de GNU v3
dep: r-api-4.0

paquet virtuel fourni par r-base-core
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.56.0)

GNU R string objects representing biological sequences
dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.24.0)

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
dep: r-bioc-iranges (>= 2.22.2)

conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers
dep: r-cran-airr (>= 1.4.1)

GNU R AIRR data representation reference library
dep: r-cran-ape

paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution
dep: r-cran-dplyr (>= 1.0)

GNU R grammar of data manipulation
dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0)

implementation of the Grammar of Graphics
dep: r-cran-igraph (>= 1.5.0)

analyse et visualisation de réseau avec GNU R
dep: r-cran-matrix (>= 1.3-0)

paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses
dep: r-cran-progress

barres de progression pour terminaux pour GNU R
dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12)

GNU R package for Seamless R and C Integration
dep: r-cran-readr

GNU R package to read rectangular text data
dep: r-cran-rlang

Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features
dep: r-cran-scales

Scale functions for visualization
dep: r-cran-seqinr

GNU R biological sequences retrieval and analysis
dep: r-cran-stringi

utilitaires de traitement de chaines de caractères pour GNU R
dep: r-cran-tibble

GNU R Simple Data Frames
dep: r-cran-tidyr (>= 1.0)

GNU R package to easily tidy data

sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-rmarkdown

convert R markdown documents into a variety of formats
sug: r-cran-testthat

GNU R testsuite

Télécharger r-cran-alakazam

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	1.3.0-1 b1	2 360,2 ko	2 852,0 ko	[liste des fichiers]