Paquet : tabix (1.21 ds-0 exp2)

Liens pour tabix

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source htslib :

Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [github.com]

Paquets similaires :

Paquet « expérimental »

Avertissement : ce paquet appartient à la distribution expérimentale. Cela signifie qu'il peut être instable ou bogué et peut éventuellement causer des pertes de données. Assurez-vous de consulter le journal des modifications (changelog) et les autres documentations existantes avant de l'utiliser.

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

Tabix indexe des fichiers où certaines colonnes indiquent les coordonnées de séquence : nom (habituellement un chromosome), départ et fin. Le fichier de données d'entrée doit être trié en fonction du positionnement et compressé par bgzip (fourni dans ce paquet), qui a une interface similaire à celle de gzip. Après indexation, tabix est en mesure de récupérer rapidement les lignes de données par coordonnées chromosomiques. La récupération rapide des données fonctionne aussi sur le réseau si une URI est donnée comme nom de fichier.

Ce paquet a été compilé à partir du code source de HTSlib et fournit les outils bgzip, htsfile et tabix.

Étiquettes: Mis en œuvre en: C, Rôle: Programme, Sciences: science::calculation, use::calculating, Format pris en charge: HTML, Hypertext Markup Language, Fonctionne avec: Texte

Autres paquets associés à tabix

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libbz2-1.0

Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)
dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
dep: libdeflate0 (>= 1.0)

compression et décompression de tampon complet rapide basée sur DEFLATE
dep: libhtscodecs2 (>= 1.3.0)

Custom compression for CRAM and others
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha 20120614)

librairie de compression au format XZ
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger tabix

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	487,7 ko	2 703,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	483,6 ko	2 328,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	449,0 ko	2 316,0 ko	[liste des fichiers]
armel	411,2 ko	2 089,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	414,3 ko	1 517,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	466,6 ko	2 305,0 ko	[liste des fichiers]
i386	528,3 ko	2 629,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	432,5 ko	2 081,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	440,5 ko	2 685,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	499,5 ko	3 148,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	517,1 ko	3 084,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	497,4 ko	1 920,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	472,1 ko	2 504,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	500,4 ko	2 060,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	406,8 ko	3 163,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	485,2 ko	2 281,0 ko	[liste des fichiers]