Paquet : ngmlr (0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde et autres)

Liens pour ngmlr

Ressources Debian :

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Responsable :

Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)

Ressources externes :

Page d'accueil [github.com]

Paquets similaires :

Paquet « expérimental »

Avertissement : ce paquet appartient à la distribution expérimentale. Cela signifie qu'il peut être instable ou bogué et peut éventuellement causer des pertes de données. Assurez-vous de consulter le journal des modifications (changelog) et les autres documentations existantes avant de l'utiliser.

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Autres paquets associés à ngmlr

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, riscv64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc 6 (>= 11) [non riscv64]

bibliothèque standard C de GNU v3

dep: libstdc 6 (>= 13.1) [riscv64]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger ngmlr

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	674,0 ko	1 303,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	673,6 ko	1 157,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	653,2 ko	1 173,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	648,4 ko	1 112,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	649,1 ko	1 008,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	680,5 ko	1 184,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	721,5 ko	1 631,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	664,0 ko	1 180,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	657,1 ko	1 260,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	677,1 ko	1 301,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	677,3 ko	1 237,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde b1	669,4 ko	1 078,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	654,8 ko	1 173,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	696,3 ko	1 173,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	651,9 ko	1 753,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.2.7 git20210816.a2a31fb dfsg-4~0exp0simde	672,1 ko	1 136,0 ko	[liste des fichiers]